177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4053 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_4053  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 		 157 aa  316  7e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.448271  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3777  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 		 157 aa  316  7e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3409  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  53.33 
 
 		 161 aa  152  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0284727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  51.66 
 
 		 152 aa  139  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  53.03 
 
 		 158 aa  137  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  53.03 
 
 		 158 aa  137  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0439  cytochrome C biogenesis protein  54.24 
 
 		 158 aa  133  9e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  47.06 
 
 		 153 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3447  cytochrome C biogenesis protein  51.16 
 
 		 166 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.345462  normal  0.0741818 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0900  cytochrome C biogenesis protein  44.97 
 
 		 153 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198735  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  50.75 
 
 		 151 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0433  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  58.88 
 
 		 147 aa  127  5.0000000000000004e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1128  cytochrome C biogenesis protein  50 
 
 		 161 aa  127  7.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2004  cytochrome C biogenesis protein  56.07 
 
 		 165 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.850592 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  61.39 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  46.51 
 
 		 157 aa  126  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4994  cytochrome C biogenesis protein  60.82 
 
 		 154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039683 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1194  cytochrome C biogenesis protein  62.37 
 
 		 187 aa  124  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1291  cytochrome C biogenesis protein  52.59 
 
 		 151 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.364845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2634  cytochrome c maturation protein, CcmH  51.85 
 
 		 151 aa  124  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3978  cytochrome C biogenesis protein  48.85 
 
 		 150 aa  124  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.297703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  56.07 
 
 		 170 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0636  cytochrome C biogenesis protein  49.25 
 
 		 151 aa  122  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1440  cytochrome C biogenesis protein  58.06 
 
 		 195 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1170  cytochrome C biogenesis protein  57.14 
 
 		 151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1658  cytochrome C biogenesis protein  45.52 
 
 		 162 aa  117  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242206  normal  0.600328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2153  cytochrome C biogenesis protein  66.67 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.181702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2233  cytochrome C biogenesis protein  52.78 
 
 		 176 aa  116  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2133  cytochrome C biogenesis protein  60.47 
 
 		 165 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663387  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1837  cytochrome C biogenesis protein  56.57 
 
 		 166 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0302505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4165  cytochrome C biogenesis protein  58.7 
 
 		 156 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3074  cytochrome c-type biogenesis protein cycL precursor  62.65 
 
 		 162 aa  110  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1405  cytochrome C biogenesis protein  48.85 
 
 		 153 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.469945  normal  0.0182581 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4430  cytochrome C biogenesis protein  56.99 
 
 		 152 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.797701 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1400  cytochrome C biogenesis protein  48.85 
 
 		 153 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287486  normal  0.0562024 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1680  cytochrome C biogenesis protein  48.09 
 
 		 153 aa  108  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  0.456751 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.55 
 
 		 133 aa  106  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.55 
 
 		 133 aa  106  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1657  cytochrome C biogenesis protein  55.68 
 
 		 159 aa  105  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.282242 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  39.31 
 
 		 155 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  39.34 
 
 		 160 aa  103  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.57 
 
 		 155 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  40.16 
 
 		 162 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  45.28 
 
 		 156 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3890  cytochrome C biogenesis protein  40.94 
 
 		 151 aa  101  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0293402  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  31.85 
 
 		 159 aa  102  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  39.44 
 
 		 182 aa  101  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  38.52 
 
 		 159 aa  100  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  45.28 
 
 		 156 aa  100  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.04 
 
 		 167 aa  100  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  52.38 
 
 		 133 aa  100  9e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  34.97 
 
 		 157 aa  99  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  38.16 
 
 		 155 aa  99.4  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2930  cytochrome C biogenesis protein  43.52 
 
 		 157 aa  99  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.344333 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2856  cytochrome C biogenesis protein  47.73 
 
 		 163 aa  98.6  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  38.02 
 
 		 155 aa  98.2  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  43.43 
 
 		 160 aa  97.4  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  43.14 
 
 		 164 aa  97.1  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  33.33 
 
 		 160 aa  96.3  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  37.1 
 
 		 159 aa  95.5  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  35.26 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  34.23 
 
 		 159 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  34.23 
 
 		 159 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  34.23 
 
 		 159 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  34.23 
 
 		 159 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  38.52 
 
 		 151 aa  94.4  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  33.77 
 
 		 180 aa  94.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3384  cytochrome C biogenesis protein  41.38 
 
 		 157 aa  94.4  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3992  cytochrome C biogenesis protein  39.34 
 
 		 178 aa  94  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  39.44 
 
 		 161 aa  92.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1209  C-type cytochrome biogenesis protein  51.81 
 
 		 154 aa  91.7  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  39.57 
 
 		 156 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  33.96 
 
 		 158 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4282  cytochrome c biogenesis protein  35.19 
 
 		 160 aa  90.9  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100149  normal  0.0369592 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  43.9 
 
 		 153 aa  90.9  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  49.45 
 
 		 201 aa  90.5  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  37.5 
 
 		 170 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  37.5 
 
 		 170 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  33.96 
 
 		 158 aa  88.6  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  35.16 
 
 		 210 aa  88.6  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  32.7 
 
 		 158 aa  89  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  34.84 
 
 		 156 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  37.39 
 
 		 149 aa  88.2  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  38.06 
 
 		 157 aa  88.2  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  39.83 
 
 		 164 aa  85.9  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1551  cytochrome C biogenesis protein  50.63 
 
 		 179 aa  85.5  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.280563 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4772  cytochrome C biogenesis protein  46.6 
 
 		 163 aa  85.5  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  38.6 
 
 		 168 aa  85.1  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  30.97 
 
 		 156 aa  85.1  4e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  35.4 
 
 		 161 aa  85.1  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  45.54 
 
 		 156 aa  84  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  42.39 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  41.49 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  41.49 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03067  Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  36.19 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  42.39 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  42.39 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  41.49 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  42.39 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  41.49 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>