177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1837 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1837  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 		 166 aa  332  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0302505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2004  cytochrome C biogenesis protein  65.43 
 
 		 165 aa  203  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.850592 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3447  cytochrome C biogenesis protein  66.88 
 
 		 166 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.345462  normal  0.0741818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2133  cytochrome C biogenesis protein  68.15 
 
 		 165 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663387  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  53.7 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  55 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1440  cytochrome C biogenesis protein  65.77 
 
 		 195 aa  158  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  57.14 
 
 		 153 aa  158  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0900  cytochrome C biogenesis protein  53.5 
 
 		 153 aa  155  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198735  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0636  cytochrome C biogenesis protein  59.26 
 
 		 151 aa  155  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  60.43 
 
 		 152 aa  155  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1194  cytochrome C biogenesis protein  63.16 
 
 		 187 aa  154  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  56.62 
 
 		 151 aa  151  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4994  cytochrome C biogenesis protein  68.63 
 
 		 154 aa  149  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039683 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1405  cytochrome C biogenesis protein  57.59 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.469945  normal  0.0182581 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3074  cytochrome c-type biogenesis protein cycL precursor  67.14 
 
 		 162 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2233  cytochrome C biogenesis protein  54.19 
 
 		 176 aa  145  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1680  cytochrome C biogenesis protein  56.33 
 
 		 153 aa  144  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  0.456751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1658  cytochrome C biogenesis protein  59.56 
 
 		 162 aa  143  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242206  normal  0.600328 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  51.75 
 
 		 158 aa  142  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  54.68 
 
 		 157 aa  141  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4165  cytochrome C biogenesis protein  68.82 
 
 		 156 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1400  cytochrome C biogenesis protein  61.48 
 
 		 153 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287486  normal  0.0562024 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0439  cytochrome C biogenesis protein  49.64 
 
 		 158 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0433  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  58.77 
 
 		 147 aa  133  9.999999999999999e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4430  cytochrome C biogenesis protein  65.93 
 
 		 152 aa  132  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.797701 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1128  cytochrome C biogenesis protein  51.43 
 
 		 161 aa  130  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1170  cytochrome C biogenesis protein  51.47 
 
 		 151 aa  130  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3409  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  55.96 
 
 		 161 aa  128  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0284727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2634  cytochrome c maturation protein, CcmH  51.77 
 
 		 151 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3777  cytochrome C biogenesis protein  51.54 
 
 		 157 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4053  cytochrome C biogenesis protein  51.54 
 
 		 157 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.448271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1291  cytochrome C biogenesis protein  51.06 
 
 		 151 aa  123  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.364845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2153  cytochrome C biogenesis protein  50.35 
 
 		 158 aa  121  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.181702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  46.43 
 
 		 170 aa  120  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3890  cytochrome C biogenesis protein  45.99 
 
 		 151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0293402  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  45.22 
 
 		 157 aa  111  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  40.99 
 
 		 156 aa  111  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1657  cytochrome C biogenesis protein  45.06 
 
 		 159 aa  108  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.282242 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3978  cytochrome C biogenesis protein  41.04 
 
 		 150 aa  108  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.297703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  38.51 
 
 		 158 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  37.89 
 
 		 158 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  38.85 
 
 		 156 aa  105  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  38.31 
 
 		 159 aa  104  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  40.38 
 
 		 155 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  41.94 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  37.18 
 
 		 160 aa  103  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2930  cytochrome C biogenesis protein  44.76 
 
 		 157 aa  102  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.344333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  38.61 
 
 		 155 aa  102  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  50.46 
 
 		 201 aa  101  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  42.4 
 
 		 167 aa  100  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  45.8 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1559  cytochrome C-type biogenesis protein  37.58 
 
 		 192 aa  99.4  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000529963  normal  0.148029 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  37.74 
 
 		 158 aa  99  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  41.43 
 
 		 155 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4282  cytochrome c biogenesis protein  38.31 
 
 		 160 aa  99  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100149  normal  0.0369592 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2856  cytochrome C biogenesis protein  39.42 
 
 		 163 aa  98.2  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  41.55 
 
 		 156 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  49.45 
 
 		 133 aa  96.7  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  49.45 
 
 		 133 aa  96.7  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  35.17 
 
 		 160 aa  96.7  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  35.03 
 
 		 160 aa  96.3  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  32.91 
 
 		 159 aa  95.5  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  44.25 
 
 		 182 aa  94.7  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  42.42 
 
 		 155 aa  95.1  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  34.78 
 
 		 161 aa  95.1  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  41.67 
 
 		 158 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  37.66 
 
 		 159 aa  94  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1741  cytochrome C biogenesis protein  36.02 
 
 		 188 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0074582  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  33.99 
 
 		 161 aa  93.2  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  35.4 
 
 		 155 aa  93.2  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  46.43 
 
 		 149 aa  92.4  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  40.6 
 
 		 157 aa  93.2  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  44.66 
 
 		 151 aa  92.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  36.6 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  36.6 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  36.6 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  36.6 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  36.54 
 
 		 153 aa  91.7  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3992  cytochrome C biogenesis protein  43.93 
 
 		 178 aa  90.9  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  49.61 
 
 		 153 aa  90.5  9e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  50 
 
 		 133 aa  90.5  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  42 
 
 		 136 aa  90.5  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  35.61 
 
 		 180 aa  90.1  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1413  cytochrome C biogenesis protein  40.16 
 
 		 162 aa  89.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.638624  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  41.58 
 
 		 164 aa  89.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  42.86 
 
 		 156 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  42.86 
 
 		 156 aa  89  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3384  cytochrome C biogenesis protein  37.18 
 
 		 157 aa  89  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1514  cytochrome C biogenesis protein  54.55 
 
 		 143 aa  87.8  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.730771 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06069  C-type cytochrome biogenesis protein  52.38 
 
 		 143 aa  87.4  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000842806  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00858  C-type cytochrome biogenesis protein  52.38 
 
 		 143 aa  87.4  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00749926  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  42.72 
 
 		 164 aa  85.1  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1551  cytochrome C biogenesis protein  47.57 
 
 		 179 aa  84.7  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.280563 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1953  cytochrome C biogenesis protein  37.69 
 
 		 160 aa  84.7  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.570726  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  33.07 
 
 		 149 aa  84  9e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  31.82 
 
 		 168 aa  84  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  36.8 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  38.79 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  38.79 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>