177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4654 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  100 
 
 
160 aa  331  2e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  79.25 
 
 
159 aa  272  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  81.46 
 
 
155 aa  261  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4282  cytochrome c biogenesis protein  85 
 
 
160 aa  259  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100149  normal  0.0369592 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  71.7 
 
 
159 aa  249  8.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  66.67 
 
 
159 aa  233  7e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  66.67 
 
 
159 aa  233  7e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  66.67 
 
 
159 aa  233  7e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  66.67 
 
 
159 aa  233  7e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  67.32 
 
 
160 aa  229  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  68.92 
 
 
167 aa  216  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0268  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  71.7 
 
 
159 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  62.66 
 
 
159 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0231  cytochrome C biogenesis protein  72.33 
 
 
159 aa  203  6e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000238711  normal  0.102863 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0236  cytochrome C biogenesis protein  72.33 
 
 
159 aa  203  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000279584  hitchhiker  0.00000000902528 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0236  cytochrome C biogenesis protein  71.7 
 
 
159 aa  201  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000158363  unclonable  0.00000000004354 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  42.58 
 
 
156 aa  144  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  43.23 
 
 
155 aa  141  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  45.32 
 
 
155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  42.28 
 
 
156 aa  137  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  39.35 
 
 
158 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  38.06 
 
 
158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  40.38 
 
 
168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  39.35 
 
 
162 aa  128  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  39.49 
 
 
157 aa  127  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2003  cytochrome c biogenesis protein  61.36 
 
 
151 aa  125  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.190501  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  37.34 
 
 
158 aa  125  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  50 
 
 
155 aa  124  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  38.71 
 
 
158 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  40.54 
 
 
156 aa  122  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  38 
 
 
161 aa  122  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  37.33 
 
 
161 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3384  cytochrome C biogenesis protein  38.78 
 
 
157 aa  112  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  44 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  45.16 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1741  cytochrome C biogenesis protein  39.86 
 
 
188 aa  111  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0074582  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1877  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  39.29 
 
 
147 aa  110  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542623  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1559  cytochrome C-type biogenesis protein  36.09 
 
 
192 aa  110  8.000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000529963  normal  0.148029 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  34.93 
 
 
156 aa  109  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  34.69 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  36.69 
 
 
170 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  36.69 
 
 
170 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  34.64 
 
 
210 aa  107  6e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  35.71 
 
 
149 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1953  cytochrome C biogenesis protein  34.44 
 
 
160 aa  106  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.570726  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003120  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfF nitrite reductase complex assembly  52.22 
 
 
136 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03067  Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  36.73 
 
 
176 aa  106  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  42.74 
 
 
170 aa  104  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2427  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  54.12 
 
 
133 aa  103  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3777  cytochrome C biogenesis protein  39.34 
 
 
157 aa  103  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4053  cytochrome C biogenesis protein  39.34 
 
 
157 aa  103  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.448271  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  40.14 
 
 
158 aa  102  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4479  cytochrome C biogenesis protein  39.71 
 
 
149 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  43.69 
 
 
149 aa  102  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02720  hypothetical protein  47.31 
 
 
136 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03947  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfF  51.72 
 
 
127 aa  101  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0636  cytochrome C biogenesis protein  42.86 
 
 
151 aa  101  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141803  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03907  hypothetical protein  51.72 
 
 
127 aa  101  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  42.86 
 
 
152 aa  101  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1413  cytochrome C biogenesis protein  33.55 
 
 
162 aa  100  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.638624  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  40.14 
 
 
158 aa  100  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06069  C-type cytochrome biogenesis protein  43.27 
 
 
143 aa  100  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000842806  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00858  C-type cytochrome biogenesis protein  43.27 
 
 
143 aa  100  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00749926  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4534  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  48 
 
 
169 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4625  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  48 
 
 
169 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.773525  normal  0.804326 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4540  heme lyase subunit NrfE  50.59 
 
 
740 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.815854  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4626  heme lyase subunit NrfE  50.59 
 
 
740 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447699  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4675  heme lyase subunit NrfE  50.59 
 
 
740 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.224311  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2730  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  51.76 
 
 
133 aa  99.4  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  42.5 
 
 
151 aa  99  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.67 
 
 
133 aa  98.2  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.67 
 
 
133 aa  98.2  4e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  53.09 
 
 
201 aa  98.2  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4537  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  51.72 
 
 
127 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3952  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  51.72 
 
 
127 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  35.83 
 
 
160 aa  97.8  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4596  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  51.72 
 
 
127 aa  97.4  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4320  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  51.72 
 
 
127 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4631  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  51.72 
 
 
127 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3917  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  51.72 
 
 
127 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  35.48 
 
 
157 aa  97.1  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5580  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  51.72 
 
 
127 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  37.27 
 
 
350 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  37.27 
 
 
350 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  37.33 
 
 
153 aa  96.3  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  37.27 
 
 
350 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.27 
 
 
350 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  37.27 
 
 
350 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.27 
 
 
350 aa  95.5  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.27 
 
 
350 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.27 
 
 
350 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  37.27 
 
 
350 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3447  cytochrome C biogenesis protein  36.48 
 
 
166 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.345462  normal  0.0741818 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0900  cytochrome C biogenesis protein  40.34 
 
 
153 aa  94.7  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198735  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  39.64 
 
 
164 aa  95.1  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0486  cytochrome C biogenesis protein  38.54 
 
 
144 aa  94.4  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  40.18 
 
 
157 aa  94.7  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  33.33 
 
 
153 aa  94.4  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  34 
 
 
164 aa  94  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.84 
 
 
347 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>