177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3249 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 
149 aa  308  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03067  Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  47.55 
 
 
176 aa  156  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  50.41 
 
 
157 aa  137  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  46.48 
 
 
156 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3384  cytochrome C biogenesis protein  52.46 
 
 
157 aa  130  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  49.57 
 
 
350 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  49.57 
 
 
350 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  49.57 
 
 
350 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  49.57 
 
 
350 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  49.57 
 
 
350 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  49.57 
 
 
350 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  49.57 
 
 
350 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  49.57 
 
 
350 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  49.57 
 
 
350 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  46.32 
 
 
155 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  41.72 
 
 
180 aa  128  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  43.79 
 
 
155 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  44.52 
 
 
158 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  43.71 
 
 
156 aa  126  8.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  46.32 
 
 
170 aa  126  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  46.32 
 
 
170 aa  126  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.42 
 
 
347 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.42 
 
 
347 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.42 
 
 
347 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.42 
 
 
347 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.42 
 
 
347 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.42 
 
 
347 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.42 
 
 
347 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  42.31 
 
 
156 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.44 
 
 
347 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  45.58 
 
 
158 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  49.58 
 
 
347 aa  124  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  44.2 
 
 
168 aa  124  5e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  49.56 
 
 
347 aa  123  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  43.42 
 
 
161 aa  122  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  43.23 
 
 
162 aa  122  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  45.71 
 
 
156 aa  120  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2721  cytochrome C biogenesis protein  47.37 
 
 
152 aa  119  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  46.51 
 
 
158 aa  118  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2417  cytochrome C biogenesis protein  48.87 
 
 
152 aa  117  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.62461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  52.04 
 
 
158 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1953  cytochrome C biogenesis protein  40.56 
 
 
160 aa  117  7.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.570726  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  42.18 
 
 
161 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1741  cytochrome C biogenesis protein  46.09 
 
 
188 aa  114  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0074582  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1877  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  38.46 
 
 
147 aa  114  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542623  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1559  cytochrome C-type biogenesis protein  46.09 
 
 
192 aa  114  6e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000529963  normal  0.148029 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  42.25 
 
 
167 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  37.97 
 
 
210 aa  110  5e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  37.66 
 
 
159 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  35.71 
 
 
160 aa  107  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  38.56 
 
 
153 aa  107  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  40 
 
 
155 aa  106  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  40.16 
 
 
133 aa  105  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  40.16 
 
 
133 aa  105  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4282  cytochrome c biogenesis protein  38.56 
 
 
160 aa  104  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100149  normal  0.0369592 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  40.35 
 
 
159 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  40.35 
 
 
159 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  40.35 
 
 
159 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  40.35 
 
 
159 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  36.11 
 
 
160 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  37.1 
 
 
159 aa  102  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  40.6 
 
 
136 aa  101  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  44.21 
 
 
155 aa  99.8  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003120  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfF nitrite reductase complex assembly  41.44 
 
 
136 aa  97.1  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  40.17 
 
 
162 aa  97.1  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  41.74 
 
 
182 aa  94.4  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1371  cytochrome C biogenesis protein  39.47 
 
 
175 aa  94.4  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2003  cytochrome c biogenesis protein  40.35 
 
 
151 aa  94  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.190501  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1350  cytochrome C biogenesis protein  43.4 
 
 
189 aa  94  6e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.252997  normal  0.16103 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  39.16 
 
 
151 aa  94  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  42.02 
 
 
153 aa  92  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1689  cytochrome C biogenesis protein  46.43 
 
 
167 aa  92.8  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.320288  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  43.4 
 
 
149 aa  92.4  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0236  cytochrome C biogenesis protein  39.18 
 
 
159 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000279584  hitchhiker  0.00000000902528 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  37.19 
 
 
157 aa  91.3  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0268  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  38.14 
 
 
159 aa  90.9  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4479  cytochrome C biogenesis protein  37.4 
 
 
149 aa  90.9  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4675  heme lyase subunit NrfE  39.42 
 
 
740 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.224311  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0231  cytochrome C biogenesis protein  41.24 
 
 
159 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000238711  normal  0.102863 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0236  cytochrome C biogenesis protein  41.24 
 
 
159 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000158363  unclonable  0.00000000004354 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  41.82 
 
 
164 aa  90.5  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  37.9 
 
 
156 aa  90.5  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1567  cytochrome C biogenesis protein  40.71 
 
 
144 aa  90.1  9e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02720  hypothetical protein  56.52 
 
 
136 aa  90.1  9e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  41.67 
 
 
156 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4540  heme lyase subunit NrfE  38.46 
 
 
740 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.815854  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4626  heme lyase subunit NrfE  38.46 
 
 
740 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447699  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  36.5 
 
 
155 aa  89.7  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1413  cytochrome C biogenesis protein  34.43 
 
 
162 aa  89.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.638624  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4625  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  41.35 
 
 
169 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.773525  normal  0.804326 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4534  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  41.35 
 
 
169 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1209  C-type cytochrome biogenesis protein  51.95 
 
 
154 aa  89  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.258631  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2004  cytochrome C biogenesis protein  37.19 
 
 
165 aa  87.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.850592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00858  C-type cytochrome biogenesis protein  42.45 
 
 
143 aa  87.4  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00749926  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1624  c-type cytochrome biogenesis protein  39.82 
 
 
144 aa  87.4  6e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06069  C-type cytochrome biogenesis protein  42.45 
 
 
143 aa  87.4  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000842806  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0941  cytochrome C biogenesis protein  37.89 
 
 
152 aa  87  7e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.124788 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  42.74 
 
 
157 aa  87  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1551  cytochrome C biogenesis protein  42.42 
 
 
179 aa  86.7  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.280563 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>