178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0250 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  100 
 
 		 167 aa  345  1e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  66.24 
 
 		 160 aa  223  8e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  69.28 
 
 		 155 aa  221  4e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  66.45 
 
 		 159 aa  220  7e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  69.44 
 
 		 159 aa  220  8e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  69.44 
 
 		 159 aa  220  8e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  69.44 
 
 		 159 aa  220  8e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  69.44 
 
 		 159 aa  220  8e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  67.74 
 
 		 159 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  68.92 
 
 		 160 aa  216  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  63.16 
 
 		 159 aa  204  6e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4282  cytochrome c biogenesis protein  67.79 
 
 		 160 aa  203  9e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100149  normal  0.0369592 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0268  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  71.33 
 
 		 159 aa  188  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0236  cytochrome C biogenesis protein  72.22 
 
 		 159 aa  187  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000158363  unclonable  0.00000000004354 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0236  cytochrome C biogenesis protein  68.39 
 
 		 159 aa  186  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000279584  hitchhiker  0.00000000902528 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0231  cytochrome C biogenesis protein  68.39 
 
 		 159 aa  186  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000238711  normal  0.102863 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  46.05 
 
 		 156 aa  149  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  45.03 
 
 		 157 aa  147  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  45.39 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  44.79 
 
 		 162 aa  143  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  47.76 
 
 		 155 aa  142  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  42.41 
 
 		 156 aa  141  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  43.71 
 
 		 158 aa  141  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  43.05 
 
 		 158 aa  140  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  43.66 
 
 		 158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  49.56 
 
 		 155 aa  130  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  50.43 
 
 		 158 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  40 
 
 		 161 aa  128  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  38.04 
 
 		 168 aa  127  7.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  47.69 
 
 		 156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  38.12 
 
 		 161 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  36.88 
 
 		 180 aa  124  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  44.7 
 
 		 156 aa  123  1e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1741  cytochrome C biogenesis protein  39.75 
 
 		 188 aa  122  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0074582  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3384  cytochrome C biogenesis protein  44.59 
 
 		 157 aa  122  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  48.76 
 
 		 162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2003  cytochrome c biogenesis protein  51.33 
 
 		 151 aa  119  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.190501  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4534  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  55 
 
 		 169 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4625  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  57.45 
 
 		 169 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.773525  normal  0.804326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1877  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  44.19 
 
 		 147 aa  118  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1559  cytochrome C-type biogenesis protein  39.75 
 
 		 192 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000529963  normal  0.148029 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  39.53 
 
 		 170 aa  116  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  49.52 
 
 		 136 aa  116  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03067  Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  41.32 
 
 		 176 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  39.53 
 
 		 170 aa  116  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1953  cytochrome C biogenesis protein  36.88 
 
 		 160 aa  114  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.570726  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06069  C-type cytochrome biogenesis protein  48.11 
 
 		 143 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000842806  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00858  C-type cytochrome biogenesis protein  48.11 
 
 		 143 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00749926  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  43.44 
 
 		 157 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  42.25 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  39.78 
 
 		 210 aa  112  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4675  heme lyase subunit NrfE  53 
 
 		 740 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.224311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  44.17 
 
 		 158 aa  110  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  38.93 
 
 		 160 aa  110  9e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4540  heme lyase subunit NrfE  52 
 
 		 740 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.815854  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4626  heme lyase subunit NrfE  52 
 
 		 740 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447699  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.49 
 
 		 158 aa  108  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  46.23 
 
 		 133 aa  108  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  46.23 
 
 		 133 aa  108  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  44.54 
 
 		 151 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.49 
 
 		 158 aa  107  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03947  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfF  55.29 
 
 		 127 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  47.27 
 
 		 164 aa  107  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03907  hypothetical protein  55.29 
 
 		 127 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  43.24 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2427  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  50 
 
 		 133 aa  105  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4537  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  56.47 
 
 		 127 aa  105  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  43.17 
 
 		 153 aa  105  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02720  hypothetical protein  53.49 
 
 		 136 aa  104  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003120  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfF nitrite reductase complex assembly  52.33 
 
 		 136 aa  104  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  40.83 
 
 		 350 aa  104  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  40.83 
 
 		 350 aa  104  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  40.83 
 
 		 350 aa  104  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  40.83 
 
 		 350 aa  104  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  40.83 
 
 		 350 aa  104  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  40.83 
 
 		 350 aa  104  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  40.83 
 
 		 350 aa  104  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1413  cytochrome C biogenesis protein  44.76 
 
 		 162 aa  104  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.638624  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  40.83 
 
 		 350 aa  104  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  40.83 
 
 		 350 aa  104  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5580  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  56.47 
 
 		 127 aa  103  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0636  cytochrome C biogenesis protein  42.02 
 
 		 151 aa  103  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141803  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3917  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  51.65 
 
 		 127 aa  103  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  42.02 
 
 		 153 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  39.23 
 
 		 170 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1689  cytochrome C biogenesis protein  42.28 
 
 		 167 aa  102  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.320288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4596  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  55.29 
 
 		 127 aa  102  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4320  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  55.29 
 
 		 127 aa  102  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4631  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  55.29 
 
 		 127 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3952  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  55.29 
 
 		 127 aa  102  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  38.52 
 
 		 155 aa  101  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  41.53 
 
 		 157 aa  100  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  42.86 
 
 		 152 aa  100  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4053  cytochrome C biogenesis protein  39.04 
 
 		 157 aa  100  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.448271  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  36.97 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3777  cytochrome C biogenesis protein  39.04 
 
 		 157 aa  100  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2730  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  51.72 
 
 		 133 aa  100  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  36.36 
 
 		 151 aa  99.8  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4479  cytochrome C biogenesis protein  34.59 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1567  cytochrome C biogenesis protein  46.67 
 
 		 144 aa  98.2  5e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>