178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4772 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4772  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 
163 aa  315  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  69.64 
 
 
156 aa  164  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  68.75 
 
 
156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  69.12 
 
 
344 aa  160  7e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  53.06 
 
 
164 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  54.84 
 
 
153 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  43.33 
 
 
157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  69.05 
 
 
133 aa  127  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  48.23 
 
 
151 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  47.48 
 
 
155 aa  122  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  53.4 
 
 
133 aa  121  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  53.4 
 
 
133 aa  121  5e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  50.85 
 
 
149 aa  120  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  53.39 
 
 
164 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  53.51 
 
 
162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  42.03 
 
 
160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  52.76 
 
 
157 aa  118  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  47.29 
 
 
182 aa  117  9e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  53.66 
 
 
201 aa  116  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  45.45 
 
 
158 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  40.41 
 
 
180 aa  114  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1209  C-type cytochrome biogenesis protein  61.45 
 
 
154 aa  114  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.258631  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  45.91 
 
 
158 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0636  cytochrome C biogenesis protein  52.38 
 
 
151 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141803  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  53.6 
 
 
152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  47.52 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  42.48 
 
 
156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  50.81 
 
 
155 aa  110  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  50.4 
 
 
156 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2233  cytochrome C biogenesis protein  46.54 
 
 
176 aa  109  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  51.54 
 
 
157 aa  110  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00858  C-type cytochrome biogenesis protein  56.82 
 
 
143 aa  108  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00749926  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06069  C-type cytochrome biogenesis protein  56.82 
 
 
143 aa  108  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000842806  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1559  cytochrome C-type biogenesis protein  36.36 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000529963  normal  0.148029 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  50.4 
 
 
153 aa  107  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  47.73 
 
 
170 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  51.22 
 
 
151 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  43.09 
 
 
170 aa  107  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  46.4 
 
 
158 aa  107  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  43.09 
 
 
170 aa  107  9.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1689  cytochrome C biogenesis protein  49.21 
 
 
167 aa  106  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.320288  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  41.41 
 
 
210 aa  106  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  46.03 
 
 
158 aa  105  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  44.97 
 
 
156 aa  106  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  46.03 
 
 
158 aa  105  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1741  cytochrome C biogenesis protein  34.13 
 
 
188 aa  105  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0074582  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  42.95 
 
 
158 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  42.41 
 
 
162 aa  104  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1551  cytochrome C biogenesis protein  59.74 
 
 
179 aa  104  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.280563 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0439  cytochrome C biogenesis protein  50.98 
 
 
158 aa  103  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1128  cytochrome C biogenesis protein  44.44 
 
 
161 aa  100  8e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  43.36 
 
 
155 aa  100  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1624  c-type cytochrome biogenesis protein  48.39 
 
 
144 aa  99.8  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4053  cytochrome C biogenesis protein  46.09 
 
 
157 aa  99.4  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.448271  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  39.68 
 
 
159 aa  99  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3777  cytochrome C biogenesis protein  46.09 
 
 
157 aa  99.4  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0900  cytochrome C biogenesis protein  45.61 
 
 
153 aa  98.2  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198735  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  36.24 
 
 
156 aa  98.2  4e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3384  cytochrome C biogenesis protein  41.45 
 
 
157 aa  97.8  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  42.74 
 
 
136 aa  97.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  37.42 
 
 
161 aa  97.4  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1567  cytochrome C biogenesis protein  46.77 
 
 
144 aa  97.1  9e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  36.11 
 
 
158 aa  97.1  9e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3409  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  44.76 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0284727  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  34.21 
 
 
160 aa  95.5  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  37.3 
 
 
159 aa  94.7  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  35.1 
 
 
168 aa  95.1  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  35.9 
 
 
161 aa  94.7  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  35.1 
 
 
167 aa  94.4  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3890  cytochrome C biogenesis protein  45.28 
 
 
151 aa  93.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0293402  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3992  cytochrome C biogenesis protein  48.86 
 
 
178 aa  93.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3447  cytochrome C biogenesis protein  40.49 
 
 
166 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.345462  normal  0.0741818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  42.86 
 
 
347 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  40 
 
 
347 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  40 
 
 
347 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3978  cytochrome C biogenesis protein  41.13 
 
 
150 aa  92.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.297703  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0433  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  52.94 
 
 
147 aa  92.8  2e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  40 
 
 
347 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  40 
 
 
347 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4994  cytochrome C biogenesis protein  49.48 
 
 
154 aa  92  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00039683 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  42.73 
 
 
347 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  42.73 
 
 
347 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  42.73 
 
 
347 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  42.73 
 
 
347 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  42.73 
 
 
347 aa  91.7  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1291  cytochrome C biogenesis protein  44.09 
 
 
151 aa  91.7  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.364845  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2856  cytochrome C biogenesis protein  45.6 
 
 
163 aa  90.9  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4165  cytochrome C biogenesis protein  54.76 
 
 
156 aa  90.9  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2634  cytochrome c maturation protein, CcmH  43.31 
 
 
151 aa  90.1  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2930  cytochrome C biogenesis protein  42.28 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.344333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  37.69 
 
 
155 aa  89.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4430  cytochrome C biogenesis protein  53.57 
 
 
152 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.797701 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  38.94 
 
 
350 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  38.94 
 
 
350 aa  89  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  38.94 
 
 
350 aa  89  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  37.69 
 
 
159 aa  89  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  38.94 
 
 
350 aa  89  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  38.94 
 
 
350 aa  89  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  38.94 
 
 
350 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  38.94 
 
 
350 aa  89  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>