104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0665 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_0665  excisionase/Xis, DNA-binding  100 
 
 		 73 aa  150  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.950953  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0279  DNA binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 89 aa  86.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908043  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0957  excision promoter, Xis  64.62 
 
 		 69 aa  86.3  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.392434  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  61.29 
 
 		 139 aa  82  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0094  DNA binding domain-containing protein  56.16 
 
 		 87 aa  80.5  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0288586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0156  DNA binding domain-containing protein  53.33 
 
 		 70 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000704193 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4254  phage transcriptional regulator, AlpA  68.75 
 
 		 62 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631275  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  68.75 
 
 		 75 aa  75.9  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  55 
 
 		 66 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  55 
 
 		 66 aa  74.3  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  60.78 
 
 		 56 aa  74.3  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  59.26 
 
 		 74 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4598  DNA binding domain protein, excisionase family  58.62 
 
 		 76 aa  72.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  62.5 
 
 		 57 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  62.5 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  52.31 
 
 		 72 aa  71.2  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  62 
 
 		 93 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  61.7 
 
 		 93 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2286  DNA binding domain-containing protein  60 
 
 		 93 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1078  DNA-binding response regulator  40.91 
 
 		 180 aa  63.9  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000063084  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  47.17 
 
 		 180 aa  63.9  0.0000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  47.17 
 
 		 180 aa  63.5  0.0000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1498  DNA binding domain protein, excisionase family  40 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0194  DNA binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 303 aa  55.1  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.741486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1908  excisionase/Xis, DNA-binding  42.86 
 
 		 307 aa  52.4  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1468  excisionase/Xis, DNA-binding  32.2 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118441  normal  0.471472 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0810  DNA binding domain-containing protein  40.82 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0378139 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  32.76 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0057  DNA binding domain protein, excisionase family  41.54 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2438  DNA binding domain-containing protein  45.83 
 
 		 291 aa  51.2  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0369  DNA binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 308 aa  50.1  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000403691  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1683  DNA binding domain protein, excisionase family  33.82 
 
 		 64 aa  50.1  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.629523  decreased coverage  0.0000560234 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3717  DNA binding domain protein, excisionase family  34.38 
 
 		 307 aa  50.4  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.222458  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5502  DNA binding domain-containing protein  44.68 
 
 		 291 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6047  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  38.78 
 
 		 380 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04063  VrlI like protein  38.3 
 
 		 65 aa  48.5  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0119  excisionase/Xis, DNA-binding  37.25 
 
 		 309 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3682  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  33.33 
 
 		 83 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2760  putative transcriptional regulator  38.3 
 
 		 67 aa  47  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000466966 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0674  molybdate-binding domain-containing protein  32.79 
 
 		 304 aa  45.4  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.95042e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3620  hypothetical protein  39.29 
 
 		 302 aa  45.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4820  DNA binding domain-containing protein  39.13 
 
 		 301 aa  46.2  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2264  DNA binding domain protein, excisionase family  33.33 
 
 		 328 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  30.51 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0602  DNA binding domain protein, excisionase family  34.55 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  38.89 
 
 		 248 aa  46.2  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4502  hypothetical protein  36.96 
 
 		 301 aa  45.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  29.41 
 
 		 77 aa  45.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2195  phage transcriptional regulator, AlpA  34.04 
 
 		 70 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0052  DNA binding domain-containing protein  39.13 
 
 		 301 aa  45.4  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0344  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 301 aa  45.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000433328  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4428  DNA binding domain-containing protein  39.13 
 
 		 301 aa  45.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1224  hypothetical protein  27.94 
 
 		 83 aa  45.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3713  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 301 aa  45.1  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.017295  normal  0.392744 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3784  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 301 aa  45.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000134193  normal  0.867769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3909  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 301 aa  45.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4129  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 301 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000950861  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4099  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 301 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7292  DNA binding domain-containing protein  34 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137944  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4217  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 301 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00203903  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0240  DNA binding domain protein, excisionase family  36.96 
 
 		 301 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.256207  hitchhiker  0.000155098 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6742  DNA binding domain protein, excisionase family  33.9 
 
 		 70 aa  44.7  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0333  DNA binding domain protein, excisionase family  43.75 
 
 		 296 aa  44.3  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0102766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0048  DNA binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 296 aa  44.3  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1062  DNA binding domain protein, excisionase family  38.81 
 
 		 291 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3033  excisionase/Xis, DNA-binding  42.31 
 
 		 304 aa  43.9  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.627333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  36.17 
 
 		 676 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0700  DNA binding domain-containing protein  30.43 
 
 		 144 aa  44.3  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000271881  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4144  DNA binding domain-containing protein  34.78 
 
 		 301 aa  43.9  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1923  phage transcriptional regulator, AlpA  32.26 
 
 		 65 aa  43.9  0.0009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151509  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5334  DNA binding domain protein, excisionase family  42 
 
 		 124 aa  43.5  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.329966 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3430  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1001  DNA-binding excisionase/Xis  40 
 
 		 290 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  29.41 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1174  phage transcriptional regulator, AlpA  28.57 
 
 		 65 aa  43.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0074  DNA binding domain-containing protein  32.31 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  29.69 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1059  DNA binding domain protein, excisionase family  38.81 
 
 		 292 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1862  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382901  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0669  excisionase/Xis, DNA-binding protein  32.79 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.873991  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1237  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0682  DNA binding domain-containing protein  32.79 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160899  normal  0.175021 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0838  DNA binding domain-containing protein  32.79 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.38625  normal  0.385284 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0662  DNA binding domain-containing protein  32.79 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.87984 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2133  DNA binding domain-containing protein  37.25 
 
 		 252 aa  42.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5171  excisionase  37.5 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.628893  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  28.79 
 
 		 82 aa  42.4  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10510  hypothetical protein  31.67 
 
 		 78 aa  42  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1738  DNA binding domain-containing protein  34.69 
 
 		 272 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1079  DNA-binding protein/PTS system, IIA component  40.54 
 
 		 201 aa  41.6  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  29.41 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0783  DNA binding domain protein, excisionase family  38.89 
 
 		 82 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0912  DNA binding domain protein, excisionase family  30.16 
 
 		 78 aa  41.6  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0661  DNA binding domain protein, excisionase family  28.3 
 
 		 80 aa  41.2  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02760  DNA-binding protein, excisionase family  31.25 
 
 		 71 aa  41.2  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0537  hypothetical protein  29.03 
 
 		 67 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0251  excisionase family DNA binding domain-containing protein  29.41 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0403  DNA binding domain-containing protein  33.85 
 
 		 118 aa  41.2  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00109148  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00405  putative excisionase  36.17 
 
 		 111 aa  40.8  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526782  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1575  DNA binding domain-containing protein  41.82 
 
 		 293 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.410844  hitchhiker  0.00561125 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>