130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0612 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
66 aa  134  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  80.95 
 
 
67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0251  excisionase family DNA binding domain-containing protein  79.37 
 
 
67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23187  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0537  hypothetical protein  77.78 
 
 
67 aa  106  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0413  DNA binding domain-containing protein  82.54 
 
 
69 aa  103  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229992 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0244  DNA binding domain-containing protein  77.78 
 
 
85 aa  103  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00265398  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0343  DNA binding domain-containing protein  80.95 
 
 
69 aa  103  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.683411  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0912  DNA binding domain protein, excisionase family  76.92 
 
 
78 aa  102  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5007  DNA binding domain protein, excisionase family  73.77 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0520811  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  82.46 
 
 
74 aa  98.6  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0661  DNA binding domain protein, excisionase family  81.82 
 
 
80 aa  95.1  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02760  DNA-binding protein, excisionase family  77.19 
 
 
71 aa  94  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4589  DNA binding domain protein, excisionase family  73.85 
 
 
112 aa  93.6  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  83.64 
 
 
67 aa  94  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  70.77 
 
 
82 aa  93.6  7e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6742  DNA binding domain protein, excisionase family  71.67 
 
 
70 aa  90.5  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0838  DNA binding domain-containing protein  75.44 
 
 
90 aa  90.1  9e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.38625  normal  0.385284 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5764  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  71.88 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0074  DNA binding domain-containing protein  75.44 
 
 
90 aa  90.1  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  64.06 
 
 
70 aa  89.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0669  excisionase/Xis, DNA-binding protein  75.44 
 
 
84 aa  89.4  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.873991  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0682  DNA binding domain-containing protein  75.44 
 
 
84 aa  89.4  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160899  normal  0.175021 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0662  DNA binding domain-containing protein  75.44 
 
 
84 aa  89.4  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.87984 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  71.93 
 
 
77 aa  88.6  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  62.5 
 
 
84 aa  87.8  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10510  hypothetical protein  69.49 
 
 
78 aa  86.7  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  75 
 
 
78 aa  84.7  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1237  putative transcriptional regulator  61.11 
 
 
74 aa  70.9  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3263  excision promoter, Xis  61.54 
 
 
75 aa  69.7  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0201  DNA binding domain-containing protein  48.94 
 
 
305 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0229  putative molybdopterin biosynthesis protein  48.94 
 
 
306 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0204  molybdopterin biosynthesis protein  48.94 
 
 
306 aa  54.3  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0190  molybdate-binding protein  48.94 
 
 
315 aa  54.3  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0205  molybdopterin biosynthesis protein  48.94 
 
 
306 aa  54.3  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0222  putative molybdopterin biosynthesis protein  48.94 
 
 
306 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0246  putative molybdopterin biosynthesis protein  46.81 
 
 
306 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0187  DNA binding domain-containing protein  48.94 
 
 
306 aa  53.9  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0223  molybdopterin biosynthesis protein, putative  46.81 
 
 
315 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0194  molybdate-binding protein  46.81 
 
 
315 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1737  DNA binding domain protein, excisionase family  50 
 
 
315 aa  53.1  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5098  periplasmic molybdate-binding protein  46.81 
 
 
306 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1557  molybdate-binding protein  42.59 
 
 
317 aa  51.6  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0812  DNA binding domain protein, excisionase family  44.23 
 
 
308 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4561  DNA binding domain protein, excisionase family  43.75 
 
 
335 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000373649  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0830  DNA binding domain protein, excisionase family  53.49 
 
 
75 aa  50.8  0.000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 
74 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  38.46 
 
 
180 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1078  DNA-binding response regulator  40 
 
 
180 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000063084  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  40 
 
 
180 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1068  DNA binding domain-containing protein  52 
 
 
117 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0912  excision promoter, Xis  38.71 
 
 
76 aa  49.7  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.5021 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0975  DNA binding domain-containing protein  37.1 
 
 
76 aa  48.9  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.339599  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0183  excisionase/Xis, DNA-binding  41.51 
 
 
102 aa  48.5  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.50459 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0019  DNA binding domain protein, excisionase family  46.15 
 
 
326 aa  48.9  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0057  DNA binding domain protein, excisionase family  40 
 
 
126 aa  48.1  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18850  DNA-binding protein, excisionase family  42 
 
 
109 aa  47.8  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0755115 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1818  DNA binding domain protein, excisionase family  38.6 
 
 
71 aa  47.8  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1498  DNA binding domain protein, excisionase family  32.08 
 
 
67 aa  47.4  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1213  DNA binding domain-containing protein  38.6 
 
 
81 aa  47  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.134195  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1373  DNA binding domain protein, excisionase family  36.21 
 
 
76 aa  47  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.150452  normal  0.608201 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0403  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 
118 aa  46.2  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00109148  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1031  excisionase/Xis, DNA-binding  43.9 
 
 
64 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.126715 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1600  excisionase/Xis, DNA-binding protein  43.33 
 
 
71 aa  45.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.607243  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5538  DNA binding domain-containing protein  43.9 
 
 
64 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0405  excisionase/Xis, DNA-binding  41.3 
 
 
63 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.831547 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1014  DNA binding domain protein, excisionase family  38.46 
 
 
64 aa  45.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1923  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 
65 aa  45.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151509  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1754  DNA binding domain-containing protein  36.84 
 
 
79 aa  45.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.988357  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  38.3 
 
 
75 aa  45.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0475  DNA binding domain protein, excisionase family  35.85 
 
 
59 aa  44.7  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0025  DNA binding domain protein, excisionase family  36.73 
 
 
63 aa  44.7  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.917253  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2501  Prophage CP4-57 regulatory  36.84 
 
 
69 aa  44.7  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1158  DNA binding domain protein, excisionase family  38.18 
 
 
320 aa  45.1  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000597249  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2463  DNA binding domain-containing protein  36.73 
 
 
74 aa  44.7  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000388448  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6306  DNA binding domain-containing protein  43.59 
 
 
64 aa  44.3  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  38.3 
 
 
72 aa  44.3  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  34.55 
 
 
66 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 
66 aa  43.9  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5325  DNA binding domain-containing protein  46.81 
 
 
61 aa  43.9  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0330031 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2433  DNA binding domain protein, excisionase family  34.48 
 
 
71 aa  43.9  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0216773 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 
57 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2702  DNA binding domain-containing protein  35.09 
 
 
71 aa  43.5  0.0009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265646  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0700  DNA binding domain-containing protein  47.22 
 
 
144 aa  43.5  0.0009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000271881  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  33.33 
 
 
139 aa  42.7  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0665  excisionase/Xis, DNA-binding  29.69 
 
 
73 aa  43.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.950953  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2142  excisionase/Xis, DNA-binding  42.22 
 
 
80 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.276898 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0771  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
78 aa  43.5  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.707589  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  31.91 
 
 
93 aa  43.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0810  DNA binding domain-containing protein  32.61 
 
 
60 aa  43.5  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0378139 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  39.13 
 
 
126 aa  43.5  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5834  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 
78 aa  43.5  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.577316 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0399  DNA binding domain protein  44.74 
 
 
70 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1452  DNA binding domain protein, excisionase family  34.62 
 
 
64 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  34.04 
 
 
93 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3430  putative transcriptional regulator  37.25 
 
 
84 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0177  hypothetical protein  43.59 
 
 
91 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.102723  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1057  phage transcriptional regulator, AlpA  38.33 
 
 
72 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0972147  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0880  DNA binding domain protein, excisionase family  38.6 
 
 
81 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0183206  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4226  DNA binding domain-containing protein  46.43 
 
 
110 aa  42  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.89473  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0230  DNA binding domain-containing protein  30.91 
 
 
59 aa  42.4  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.016519 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>