124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01114 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  100 
 
 
56 aa  113  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  81.82 
 
 
57 aa  96.3  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4254  phage transcriptional regulator, AlpA  68.52 
 
 
62 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631275  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  62.96 
 
 
139 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  58.93 
 
 
74 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0665  excisionase/Xis, DNA-binding  60.78 
 
 
73 aa  74.3  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.950953  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0156  DNA binding domain-containing protein  56.6 
 
 
70 aa  73.6  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000704193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  63.27 
 
 
75 aa  73.6  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4598  DNA binding domain protein, excisionase family  58.49 
 
 
76 aa  73.6  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0279  DNA binding domain-containing protein  58.82 
 
 
89 aa  72  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908043  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  60.78 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  60.78 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  61.22 
 
 
126 aa  71.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0957  excision promoter, Xis  56.86 
 
 
69 aa  71.2  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.392434  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  61.22 
 
 
72 aa  70.5  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  56 
 
 
93 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2286  DNA binding domain-containing protein  54 
 
 
93 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
93 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0094  DNA binding domain-containing protein  47.06 
 
 
87 aa  59.3  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0288586  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1498  DNA binding domain protein, excisionase family  44 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0810  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 
60 aa  53.9  0.0000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0378139 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6047  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  44.23 
 
 
380 aa  53.9  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  38.78 
 
 
180 aa  52  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1078  DNA-binding response regulator  38.78 
 
 
180 aa  52  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000063084  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0194  DNA binding domain-containing protein  46.94 
 
 
303 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.741486  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2133  DNA binding domain-containing protein  49.02 
 
 
252 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1738  DNA binding domain-containing protein  47.06 
 
 
272 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  38.78 
 
 
180 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1062  DNA binding domain protein, excisionase family  52 
 
 
291 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1001  DNA-binding excisionase/Xis  52 
 
 
290 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1059  DNA binding domain protein, excisionase family  52 
 
 
292 aa  51.2  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0057  DNA binding domain protein, excisionase family  44.9 
 
 
126 aa  50.8  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  36 
 
 
77 aa  49.3  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2438  DNA binding domain-containing protein  43.75 
 
 
291 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3717  DNA binding domain protein, excisionase family  46.94 
 
 
307 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.222458  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1079  DNA-binding protein/PTS system, IIA component  40 
 
 
201 aa  48.5  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0771  putative transcriptional regulator  42.59 
 
 
78 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.707589  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1468  excisionase/Xis, DNA-binding  30.19 
 
 
78 aa  47.8  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118441  normal  0.471472 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5834  phage transcriptional regulator, AlpA  42.59 
 
 
78 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.577316 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  35.29 
 
 
67 aa  47  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1908  excisionase/Xis, DNA-binding  47.92 
 
 
307 aa  47  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1174  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 
65 aa  46.6  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195229  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1923  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 
65 aa  45.4  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151509  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1575  DNA binding domain-containing protein  48 
 
 
293 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.410844  hitchhiker  0.00561125 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7292  DNA binding domain-containing protein  38 
 
 
76 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137944  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0700  DNA binding domain-containing protein  33.96 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000271881  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0333  DNA binding domain protein, excisionase family  45.83 
 
 
296 aa  45.8  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0102766 
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2158  DNA binding domain protein, excisionase family  45.83 
 
 
206 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0812  DNA binding domain protein, excisionase family  42.86 
 
 
308 aa  45.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1158  DNA binding domain protein, excisionase family  42 
 
 
320 aa  45.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000597249  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  42.86 
 
 
248 aa  44.7  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0369  DNA binding domain-containing protein  41.67 
 
 
308 aa  44.7  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000403691  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1683  DNA binding domain protein, excisionase family  28.85 
 
 
64 aa  44.3  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.629523  decreased coverage  0.0000560234 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2211  hypothetical protein  37.04 
 
 
98 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.953966  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1557  molybdate-binding protein  35.85 
 
 
317 aa  44.3  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10510  hypothetical protein  47.37 
 
 
78 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  36.17 
 
 
676 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2264  DNA binding domain protein, excisionase family  40.82 
 
 
328 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  34 
 
 
67 aa  43.5  0.0009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0674  molybdate-binding domain-containing protein  37.25 
 
 
304 aa  43.5  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.95042e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5748  excisionase/Xis, DNA-binding  38.89 
 
 
165 aa  43.5  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0250382  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3430  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 
84 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2745  DNA binding domain-containing protein  45.65 
 
 
300 aa  43.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08700  DNA-binding protein, excisionase family  39.29 
 
 
76 aa  43.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.687814 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2195  phage transcriptional regulator, AlpA  34 
 
 
70 aa  43.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248245  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1818  DNA binding domain protein, excisionase family  38.89 
 
 
71 aa  42.7  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3991  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 
114 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  33.96 
 
 
78 aa  43.5  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1790  DNA binding domain-containing protein  36.36 
 
 
155 aa  43.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0187  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 
306 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0251  excisionase family DNA binding domain-containing protein  34 
 
 
67 aa  43.5  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23187  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2595  DNA binding domain, excisionase family protein  37.74 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2727  DNA binding domain, excisionase family protein  37.74 
 
 
88 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000622476  hitchhiker  0.000211315 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0204  molybdopterin biosynthesis protein  40 
 
 
306 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0661  DNA binding domain protein, excisionase family  34 
 
 
80 aa  42.4  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0119  excisionase/Xis, DNA-binding  39.58 
 
 
309 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0205  molybdopterin biosynthesis protein  40 
 
 
306 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02760  DNA-binding protein, excisionase family  34 
 
 
71 aa  42  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3844  phage transcriptional regulator, AlpA  30 
 
 
74 aa  42.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.279149 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  31.37 
 
 
66 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00405  putative excisionase  33.33 
 
 
111 aa  42.7  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.526782  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04063  VrlI like protein  30 
 
 
65 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0222  putative molybdopterin biosynthesis protein  40 
 
 
306 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  34.69 
 
 
82 aa  42.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0363  hypothetical protein  33.96 
 
 
147 aa  41.6  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0190  molybdate-binding protein  40 
 
 
315 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1862  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 
71 aa  42  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382901  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1463  excisionase  41.18 
 
 
109 aa  42  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00572875  normal  0.0821258 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1237  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 
74 aa  42  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0537  hypothetical protein  32 
 
 
67 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5007  DNA binding domain protein, excisionase family  32 
 
 
67 aa  42  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0520811  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3682  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  26.92 
 
 
83 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0201  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 
305 aa  41.6  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0246  putative molybdopterin biosynthesis protein  38 
 
 
306 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0223  molybdopterin biosynthesis protein, putative  38 
 
 
315 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0669  excisionase/Xis, DNA-binding protein  44.74 
 
 
84 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.873991  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0682  DNA binding domain-containing protein  44.74 
 
 
84 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160899  normal  0.175021 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0838  DNA binding domain-containing protein  44.74 
 
 
90 aa  41.6  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.38625  normal  0.385284 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0662  DNA binding domain-containing protein  44.74 
 
 
84 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.87984 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5502  DNA binding domain-containing protein  38.3 
 
 
291 aa  41.2  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>