137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2780 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 57 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  81.82 
 
 		 56 aa  96.3  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4254  phage transcriptional regulator, AlpA  68.63 
 
 		 62 aa  80.9  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631275  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  59.32 
 
 		 74 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  62.75 
 
 		 139 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4598  DNA binding domain protein, excisionase family  62 
 
 		 76 aa  73.6  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0156  DNA binding domain-containing protein  56.86 
 
 		 70 aa  73.6  0.0000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000704193 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  58 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0665  excisionase/Xis, DNA-binding  62.5 
 
 		 73 aa  72.4  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.950953  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  60.42 
 
 		 66 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  60.42 
 
 		 66 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  58 
 
 		 72 aa  72  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  57.14 
 
 		 75 aa  70.9  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  55.1 
 
 		 93 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0957  excision promoter, Xis  60.42 
 
 		 69 aa  69.3  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.392434  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2286  DNA binding domain-containing protein  53.06 
 
 		 93 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  53.06 
 
 		 93 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0279  DNA binding domain-containing protein  56.25 
 
 		 89 aa  67  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908043  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0094  DNA binding domain-containing protein  47.17 
 
 		 87 aa  59.3  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0288586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0810  DNA binding domain-containing protein  43.14 
 
 		 60 aa  57.8  0.00000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0378139 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1498  DNA binding domain protein, excisionase family  42.86 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  44.68 
 
 		 180 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1078  DNA-binding response regulator  44.68 
 
 		 180 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000063084  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  44.68 
 
 		 180 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0057  DNA binding domain protein, excisionase family  51.02 
 
 		 126 aa  54.3  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0194  DNA binding domain-containing protein  41.82 
 
 		 303 aa  50.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.741486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1079  DNA-binding protein/PTS system, IIA component  47.37 
 
 		 201 aa  50.4  0.000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1468  excisionase/Xis, DNA-binding  35.29 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118441  normal  0.471472 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1683  DNA binding domain protein, excisionase family  35.29 
 
 		 64 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.629523  decreased coverage  0.0000560234 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0812  DNA binding domain protein, excisionase family  44.64 
 
 		 308 aa  49.7  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2438  DNA binding domain-containing protein  40.43 
 
 		 291 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6047  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  39.22 
 
 		 380 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0674  molybdate-binding domain-containing protein  41.82 
 
 		 304 aa  48.5  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.95042e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1062  DNA binding domain protein, excisionase family  46 
 
 		 291 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  40 
 
 		 676 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  37.25 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0119  excisionase/Xis, DNA-binding  40 
 
 		 309 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1001  DNA-binding excisionase/Xis  46 
 
 		 290 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1059  DNA binding domain protein, excisionase family  46 
 
 		 292 aa  47.8  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2264  DNA binding domain protein, excisionase family  41.82 
 
 		 328 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2133  DNA binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 252 aa  47.4  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0333  DNA binding domain protein, excisionase family  45.83 
 
 		 296 aa  47.8  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0102766 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1158  DNA binding domain protein, excisionase family  43.14 
 
 		 320 aa  47.4  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000597249  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2158  DNA binding domain protein, excisionase family  46.15 
 
 		 206 aa  47.4  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  36 
 
 		 67 aa  47.4  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3430  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02760  DNA-binding protein, excisionase family  37.25 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0369  DNA binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 308 aa  46.6  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000403691  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  38 
 
 		 82 aa  45.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0771  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.707589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2760  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000466966 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1908  excisionase/Xis, DNA-binding  42 
 
 		 307 aa  45.4  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  37.25 
 
 		 78 aa  45.4  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08700  DNA-binding protein, excisionase family  38.18 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.687814 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1738  DNA binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 272 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5834  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.577316 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1923  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 65 aa  45.4  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151509  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1818  DNA binding domain protein, excisionase family  38.18 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 84 aa  45.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0537  hypothetical protein  37.25 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04063  VrlI like protein  32 
 
 		 65 aa  45.4  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2321  DNA binding domain protein, excisionase family  36.36 
 
 		 74 aa  45.4  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.842741  hitchhiker  0.0000766281 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10510  hypothetical protein  38.78 
 
 		 78 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0912  DNA binding domain protein, excisionase family  37.25 
 
 		 78 aa  45.1  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1373  DNA binding domain protein, excisionase family  38.18 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.150452  normal  0.608201 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1174  phage transcriptional regulator, AlpA  31.37 
 
 		 65 aa  44.3  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3682  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  29.41 
 
 		 83 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0187  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 		 306 aa  44.7  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0661  DNA binding domain protein, excisionase family  36 
 
 		 80 aa  44.3  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1862  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 71 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382901  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0669  excisionase/Xis, DNA-binding protein  38.78 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.873991  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5007  DNA binding domain protein, excisionase family  35.29 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0520811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0682  DNA binding domain-containing protein  38.78 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160899  normal  0.175021 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0838  DNA binding domain-containing protein  38.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.38625  normal  0.385284 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0662  DNA binding domain-containing protein  38.78 
 
 		 84 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.87984 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0783  DNA binding domain protein, excisionase family  40.43 
 
 		 82 aa  44.3  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  42.86 
 
 		 248 aa  43.9  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0074  DNA binding domain-containing protein  38.78 
 
 		 90 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1575  DNA binding domain-containing protein  44 
 
 		 293 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.410844  hitchhiker  0.00561125 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0912  excision promoter, Xis  38.46 
 
 		 76 aa  43.9  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.5021 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3717  DNA binding domain protein, excisionase family  39.13 
 
 		 307 aa  43.9  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.222458  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  35.29 
 
 		 74 aa  43.9  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3844  phage transcriptional regulator, AlpA  32.69 
 
 		 74 aa  43.9  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.279149 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5502  DNA binding domain-containing protein  36.17 
 
 		 291 aa  43.9  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0201  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 		 305 aa  43.9  0.0008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0204  molybdopterin biosynthesis protein  40 
 
 		 306 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0205  molybdopterin biosynthesis protein  40 
 
 		 306 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1463  excisionase  38.46 
 
 		 109 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00572875  normal  0.0821258 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1737  DNA binding domain protein, excisionase family  42.86 
 
 		 315 aa  43.5  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2195  phage transcriptional regulator, AlpA  32 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  35.29 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0251  excisionase family DNA binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7292  DNA binding domain-containing protein  32 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137944  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0700  DNA binding domain-containing protein  34.69 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000271881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0222  putative molybdopterin biosynthesis protein  40 
 
 		 306 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0190  molybdate-binding protein  40 
 
 		 315 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0975  DNA binding domain-containing protein  36.54 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.339599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4820  DNA binding domain-containing protein  39.13 
 
 		 301 aa  42.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0246  putative molybdopterin biosynthesis protein  38.18 
 
 		 306 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>