101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04063 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_04063  VrlI like protein  100 
 
 		 65 aa  133  9e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2760  putative transcriptional regulator  81.97 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000466966 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2195  phage transcriptional regulator, AlpA  84.21 
 
 		 70 aa  104  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1174  phage transcriptional regulator, AlpA  74.6 
 
 		 65 aa  103  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3682  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  77.97 
 
 		 83 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3430  putative transcriptional regulator  66.13 
 
 		 84 aa  94.7  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1862  putative transcriptional regulator  66.13 
 
 		 71 aa  94  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382901  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3844  phage transcriptional regulator, AlpA  70.49 
 
 		 74 aa  93.2  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.279149 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0554  phage transcriptional regulator, AlpA  66.13 
 
 		 69 aa  89  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1683  DNA binding domain protein, excisionase family  59.02 
 
 		 64 aa  85.9  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.629523  decreased coverage  0.0000560234 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1226  DNA binding domain-containing protein  54.1 
 
 		 75 aa  80.1  0.000000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0533  DNA binding domain, excisionase family  44.07 
 
 		 61 aa  59.3  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000097622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  45.28 
 
 		 676 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0119  excisionase/Xis, DNA-binding  45.83 
 
 		 309 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1468  excisionase/Xis, DNA-binding  35.59 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118441  normal  0.471472 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  41.94 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0674  molybdate-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 304 aa  49.7  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.95042e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2264  DNA binding domain protein, excisionase family  43.75 
 
 		 328 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0279  DNA binding domain-containing protein  41.3 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908043  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0156  DNA binding domain-containing protein  33.93 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000704193 
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 180 aa  48.9  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0665  excisionase/Xis, DNA-binding  38.3 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.950953  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 180 aa  48.9  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1078  DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 180 aa  48.9  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000063084  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0810  DNA binding domain-containing protein  34.78 
 
 		 60 aa  48.1  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0378139 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0957  excision promoter, Xis  34.78 
 
 		 69 aa  48.1  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.392434  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1498  DNA binding domain protein, excisionase family  34.78 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  32.79 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  32.79 
 
 		 126 aa  47.8  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  36.54 
 
 		 67 aa  47  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0812  DNA binding domain protein, excisionase family  38.46 
 
 		 308 aa  47  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  36.96 
 
 		 93 aa  46.2  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  38.33 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  40.82 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4598  DNA binding domain protein, excisionase family  36.96 
 
 		 76 aa  46.2  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4254  phage transcriptional regulator, AlpA  32.79 
 
 		 62 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631275  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  38 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  38.78 
 
 		 77 aa  45.4  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1557  molybdate-binding protein  34.55 
 
 		 317 aa  45.4  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0229  putative molybdopterin biosynthesis protein  41.3 
 
 		 306 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3263  excision promoter, Xis  38.18 
 
 		 75 aa  46.2  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  36.96 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0223  molybdopterin biosynthesis protein, putative  41.3 
 
 		 315 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0194  molybdate-binding protein  41.3 
 
 		 315 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  32 
 
 		 57 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0194  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 303 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.741486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1445  excision promoter, Xis  40.38 
 
 		 89 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2286  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  34.04 
 
 		 248 aa  45.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3283  hypothetical protein  32.79 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.484559 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1059  DNA binding domain protein, excisionase family  39.66 
 
 		 292 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0190  molybdate-binding protein  39.13 
 
 		 315 aa  44.3  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0201  DNA binding domain-containing protein  41.3 
 
 		 305 aa  44.3  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1575  DNA binding domain-containing protein  39.34 
 
 		 293 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.410844  hitchhiker  0.00561125 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  30.51 
 
 		 74 aa  43.9  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1001  DNA-binding excisionase/Xis  37.29 
 
 		 290 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0187  DNA binding domain-containing protein  39.13 
 
 		 306 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0246  putative molybdopterin biosynthesis protein  41.3 
 
 		 306 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5098  periplasmic molybdate-binding protein  41.3 
 
 		 306 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1062  DNA binding domain protein, excisionase family  37.7 
 
 		 291 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18850  DNA-binding protein, excisionase family  38.46 
 
 		 109 aa  43.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0755115 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0794  phage transcriptional regulator, AlpA  42.55 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0204  molybdopterin biosynthesis protein  39.13 
 
 		 306 aa  42  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  29.41 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0205  molybdopterin biosynthesis protein  39.13 
 
 		 306 aa  42  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  34.78 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1237  putative transcriptional regulator  29.23 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  34.78 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  30 
 
 		 56 aa  42.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0369  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 308 aa  42  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000403691  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0680  DNA binding domain protein, excisionase family  30.65 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0222  putative molybdopterin biosynthesis protein  39.13 
 
 		 306 aa  42  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0602  DNA binding domain protein, excisionase family  33.96 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1737  DNA binding domain protein, excisionase family  32.08 
 
 		 315 aa  42.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01890  DNA-binding protein, excisionase family  32.65 
 
 		 321 aa  42.4  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0766202 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0603  excisionase/Xis, DNA-binding protein  40 
 
 		 58 aa  42.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.517756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1463  excisionase  31.48 
 
 		 109 aa  42  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00572875  normal  0.0821258 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2798  DNA binding domain-containing protein  32.69 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  33.96 
 
 		 67 aa  41.6  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0069  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  36.73 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5502  DNA binding domain-containing protein  34.69 
 
 		 291 aa  41.6  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0912  DNA binding domain protein, excisionase family  33.33 
 
 		 78 aa  41.2  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1079  DNA-binding protein/PTS system, IIA component  41.67 
 
 		 201 aa  41.2  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0244  DNA binding domain-containing protein  34.69 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00265398  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5007  DNA binding domain protein, excisionase family  36.73 
 
 		 67 aa  41.2  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0520811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0230  DNA binding domain-containing protein  35.9 
 
 		 59 aa  40.8  0.006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.016519 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5490  DNA binding domain protein, excisionase family  32.73 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  34 
 
 		 82 aa  40.8  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4283  DNA binding domain-containing protein  32.61 
 
 		 90 aa  40.8  0.007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.979443  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4329  DNA binding domain-containing protein  40.48 
 
 		 76 aa  40.4  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0181935  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0669  excisionase/Xis, DNA-binding protein  36 
 
 		 84 aa  40.4  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.873991  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0682  DNA binding domain-containing protein  36 
 
 		 84 aa  40.4  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160899  normal  0.175021 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0838  DNA binding domain-containing protein  36 
 
 		 90 aa  40.4  0.008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.38625  normal  0.385284 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0662  DNA binding domain-containing protein  36 
 
 		 84 aa  40.4  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.87984 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0074  DNA binding domain-containing protein  36 
 
 		 90 aa  40.4  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0563  PTS system, IIA component  32.61 
 
 		 223 aa  40.4  0.009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.11237  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3952  DNA binding domain-containing protein  33.9 
 
 		 317 aa  40.4  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0537  hypothetical protein  32.08 
 
 		 67 aa  40  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>