94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0630 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  100 
 
 		 93 aa  190  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2286  DNA binding domain-containing protein  95.7 
 
 		 93 aa  184  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  87.1 
 
 		 93 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0279  DNA binding domain-containing protein  74.07 
 
 		 89 aa  90.1  8e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908043  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  65.52 
 
 		 66 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  65.52 
 
 		 66 aa  85.9  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  58.62 
 
 		 75 aa  80.9  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  49.3 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  46.75 
 
 		 72 aa  78.6  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  48.53 
 
 		 74 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0957  excision promoter, Xis  64 
 
 		 69 aa  73.9  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.392434  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4254  phage transcriptional regulator, AlpA  51.72 
 
 		 62 aa  71.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631275  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  56 
 
 		 56 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  55.1 
 
 		 57 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0156  DNA binding domain-containing protein  49.12 
 
 		 70 aa  67.8  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000704193 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0665  excisionase/Xis, DNA-binding  61.7 
 
 		 73 aa  67.4  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.950953  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4598  DNA binding domain protein, excisionase family  47.37 
 
 		 76 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0810  DNA binding domain-containing protein  48.98 
 
 		 60 aa  62.4  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0378139 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1498  DNA binding domain protein, excisionase family  44.64 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0094  DNA binding domain-containing protein  56 
 
 		 87 aa  61.6  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0288586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  46.15 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2395  phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system EIIA 2  32.14 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1078  DNA-binding response regulator  39.06 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000063084  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  39.06 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  39.06 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2438  DNA binding domain-containing protein  46.81 
 
 		 291 aa  51.6  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1468  excisionase/Xis, DNA-binding  33.33 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118441  normal  0.471472 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  45.65 
 
 		 676 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5502  DNA binding domain-containing protein  46.81 
 
 		 291 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1079  DNA-binding protein/PTS system, IIA component  37.78 
 
 		 201 aa  49.3  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3717  DNA binding domain protein, excisionase family  36.51 
 
 		 307 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.222458  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  38.3 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1923  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 65 aa  46.6  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151509  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0201  DNA binding domain-containing protein  34.21 
 
 		 305 aa  46.2  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04063  VrlI like protein  36.96 
 
 		 65 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  38.18 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3430  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 84 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0251  excisionase family DNA binding domain-containing protein  38.89 
 
 		 67 aa  45.4  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1683  DNA binding domain protein, excisionase family  34.78 
 
 		 64 aa  45.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.629523  decreased coverage  0.0000560234 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0057  DNA binding domain protein, excisionase family  42.55 
 
 		 126 aa  45.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2760  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 67 aa  45.4  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000466966 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2745  DNA binding domain-containing protein  40.38 
 
 		 300 aa  45.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  32.73 
 
 		 77 aa  44.3  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3620  hypothetical protein  30.26 
 
 		 302 aa  44.7  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3784  DNA binding domain-containing protein  32.26 
 
 		 301 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000134193  normal  0.867769 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7292  DNA binding domain-containing protein  35.85 
 
 		 76 aa  44.7  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137944  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0812  DNA binding domain protein, excisionase family  38.3 
 
 		 308 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0537  hypothetical protein  37.04 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  31.58 
 
 		 248 aa  43.9  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2195  phage transcriptional regulator, AlpA  37.78 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1862  putative transcriptional regulator  28.38 
 
 		 71 aa  43.9  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1174  phage transcriptional regulator, AlpA  34.78 
 
 		 65 aa  43.9  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0052  DNA binding domain-containing protein  32.26 
 
 		 301 aa  43.5  0.0009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  30.91 
 
 		 84 aa  43.5  0.0009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  31.48 
 
 		 70 aa  43.5  0.0009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6047  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  34.69 
 
 		 380 aa  43.5  0.0009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3263  excision promoter, Xis  30 
 
 		 75 aa  42.7  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3713  DNA binding domain-containing protein  32.26 
 
 		 301 aa  42.7  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.017295  normal  0.392744 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0229  putative molybdopterin biosynthesis protein  37.04 
 
 		 306 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0333  DNA binding domain protein, excisionase family  34.21 
 
 		 296 aa  43.5  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0102766 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02760  DNA-binding protein, excisionase family  32.08 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4502  hypothetical protein  32.26 
 
 		 301 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0403  DNA binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 118 aa  43.5  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00109148  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1226  DNA binding domain-containing protein  37.78 
 
 		 75 aa  42.7  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  34.04 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4820  DNA binding domain-containing protein  33.87 
 
 		 301 aa  43.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3909  DNA binding domain-containing protein  32.26 
 
 		 301 aa  42.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4217  DNA binding domain-containing protein  30.65 
 
 		 301 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00203903  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4099  DNA binding domain-containing protein  30.65 
 
 		 301 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  34.69 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10510  hypothetical protein  37.74 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4129  DNA binding domain-containing protein  30.65 
 
 		 301 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000950861  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4428  DNA binding domain-containing protein  32.26 
 
 		 301 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0344  DNA binding domain-containing protein  30.65 
 
 		 301 aa  42.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000433328  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3844  phage transcriptional regulator, AlpA  32.61 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.279149 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0661  DNA binding domain protein, excisionase family  32.69 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0240  DNA binding domain protein, excisionase family  30.65 
 
 		 301 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.256207  hitchhiker  0.000155098 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3682  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  34.78 
 
 		 83 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0244  DNA binding domain-containing protein  34.55 
 
 		 85 aa  42  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00265398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0533  DNA binding domain, excisionase family  32.69 
 
 		 61 aa  41.6  0.003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000097622 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  36.17 
 
 		 78 aa  42  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0554  phage transcriptional regulator, AlpA  29.63 
 
 		 69 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6742  DNA binding domain protein, excisionase family  34.48 
 
 		 70 aa  42  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1908  excisionase/Xis, DNA-binding  30 
 
 		 307 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5098  periplasmic molybdate-binding protein  37.04 
 
 		 306 aa  42  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0187  DNA binding domain-containing protein  28.95 
 
 		 306 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1557  molybdate-binding protein  33.33 
 
 		 317 aa  41.2  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  34.04 
 
 		 82 aa  40.8  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0205  molybdopterin biosynthesis protein  35.19 
 
 		 306 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0222  putative molybdopterin biosynthesis protein  35.19 
 
 		 306 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0204  molybdopterin biosynthesis protein  35.19 
 
 		 306 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0190  molybdate-binding protein  35.19 
 
 		 315 aa  40.4  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1158  DNA binding domain protein, excisionase family  33.85 
 
 		 320 aa  40  0.01  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000597249  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4144  DNA binding domain-containing protein  30.65 
 
 		 301 aa  40  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>