26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0533 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0533  DNA binding domain, excisionase family  100 
 
 		 61 aa  124  5e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000097622 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1174  phage transcriptional regulator, AlpA  49.09 
 
 		 65 aa  62  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2760  putative transcriptional regulator  47.37 
 
 		 67 aa  62  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000466966 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3682  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  47.27 
 
 		 83 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2195  phage transcriptional regulator, AlpA  47.27 
 
 		 70 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04063  VrlI like protein  44.07 
 
 		 65 aa  59.3  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3430  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 84 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1226  DNA binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 75 aa  58.9  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1862  putative transcriptional regulator  43.1 
 
 		 71 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382901  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0554  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3844  phage transcriptional regulator, AlpA  40.68 
 
 		 74 aa  53.9  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.279149 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1683  DNA binding domain protein, excisionase family  34.48 
 
 		 64 aa  51.2  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.629523  decreased coverage  0.0000560234 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  36.84 
 
 		 248 aa  47.8  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  36.84 
 
 		 676 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  43.14 
 
 		 66 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 66 aa  43.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0602  DNA binding domain protein, excisionase family  41.07 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1468  excisionase/Xis, DNA-binding  38.3 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118441  normal  0.471472 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  32.69 
 
 		 93 aa  41.6  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 126 aa  41.6  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0279  DNA binding domain-containing protein  41.07 
 
 		 89 aa  41.6  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908043  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2286  DNA binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 93 aa  41.2  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4598  DNA binding domain protein, excisionase family  33.96 
 
 		 76 aa  40.8  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 72 aa  40.4  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 93 aa  40.4  0.009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>