101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1923 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1923  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 65 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151509  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1600  excisionase/Xis, DNA-binding protein  60.71 
 
 		 71 aa  63.9  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.607243  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1536  DNA binding domain-containing protein  47.27 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2463  DNA binding domain-containing protein  45.1 
 
 		 74 aa  53.9  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000388448  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 84 aa  50.4  0.000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 		 126 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1004  DNA binding domain protein, excisionase family  40 
 
 		 82 aa  50.1  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1759  hypothetical protein  51.92 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0545  DNA binding domain-containing protein  40.74 
 
 		 56 aa  49.3  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00223675  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 67 aa  48.9  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5538  DNA binding domain-containing protein  45.9 
 
 		 64 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  37.1 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0912  DNA binding domain protein, excisionase family  46.81 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  38.78 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1031  excisionase/Xis, DNA-binding  47.17 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.126715 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0669  excisionase/Xis, DNA-binding protein  40 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.873991  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0682  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160899  normal  0.175021 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0838  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.38625  normal  0.385284 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0662  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.87984 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0074  DNA binding domain-containing protein  40 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6306  DNA binding domain-containing protein  47.17 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  40 
 
 		 74 aa  48.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0279  DNA binding domain-containing protein  33.9 
 
 		 89 aa  48.1  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908043  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0244  DNA binding domain-containing protein  40.82 
 
 		 85 aa  48.1  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00265398  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  42.31 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0661  DNA binding domain protein, excisionase family  38 
 
 		 80 aa  48.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  44 
 
 		 66 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 66 aa  47.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02760  DNA-binding protein, excisionase family  35.85 
 
 		 71 aa  47.4  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01990  DNA-binding protein, excisionase family  35.71 
 
 		 315 aa  47  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000725149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10510  hypothetical protein  40.82 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2286  DNA binding domain-containing protein  32.76 
 
 		 93 aa  47  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2595  DNA binding domain, excisionase family protein  41.18 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  32.76 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0537  hypothetical protein  38 
 
 		 67 aa  46.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0251  excisionase family DNA binding domain-containing protein  38 
 
 		 67 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  38 
 
 		 56 aa  45.4  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2211  hypothetical protein  40 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.953966  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18850  DNA-binding protein, excisionase family  47.17 
 
 		 109 aa  45.4  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0755115 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0025  DNA binding domain protein, excisionase family  42 
 
 		 63 aa  45.4  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.917253  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  38.78 
 
 		 67 aa  46.2  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0223  molybdopterin biosynthesis protein, putative  31.03 
 
 		 315 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  31.03 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 57 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0246  putative molybdopterin biosynthesis protein  31.03 
 
 		 306 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1498  DNA binding domain protein, excisionase family  37.04 
 
 		 67 aa  45.4  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0194  molybdate-binding protein  33.33 
 
 		 315 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0882  excisionase family DNA-binding protein  42.55 
 
 		 74 aa  44.7  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000814624  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3033  excisionase/Xis, DNA-binding  36.84 
 
 		 304 aa  44.7  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.627333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1237  putative transcriptional regulator  38 
 
 		 74 aa  44.7  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2727  DNA binding domain, excisionase family protein  39.22 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000622476  hitchhiker  0.000211315 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0204  molybdopterin biosynthesis protein  31.48 
 
 		 306 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0190  molybdate-binding protein  31.48 
 
 		 315 aa  44.3  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0205  molybdopterin biosynthesis protein  31.48 
 
 		 306 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0222  putative molybdopterin biosynthesis protein  31.48 
 
 		 306 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01890  DNA-binding protein, excisionase family  34.48 
 
 		 321 aa  44.3  0.0006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0766202 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5007  DNA binding domain protein, excisionase family  38.78 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0520811  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3829  prophage LambdaBa02, DNA-binding protein  36 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00682736  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  35.59 
 
 		 139 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4124  prophage LambdaBa02, DNA-binding protein  36 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.834337  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0187  DNA binding domain-containing protein  31.48 
 
 		 306 aa  43.9  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4026  putative prophage LambdaBa02, DNA-binding protein  36 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.583083  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4589  DNA binding domain protein, excisionase family  38 
 
 		 112 aa  43.9  0.0007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0665  excisionase/Xis, DNA-binding  32.26 
 
 		 73 aa  43.9  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.950953  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0413  DNA binding domain-containing protein  40.43 
 
 		 69 aa  43.9  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229992 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5764  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  37.5 
 
 		 69 aa  43.9  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0810  DNA binding domain-containing protein  35.42 
 
 		 60 aa  42.7  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0378139 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6742  DNA binding domain protein, excisionase family  38.3 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0830  DNA binding domain protein, excisionase family  52.63 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1158  DNA binding domain protein, excisionase family  35.09 
 
 		 320 aa  43.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000597249  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1557  molybdate-binding protein  38.64 
 
 		 317 aa  42.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0201  DNA binding domain-containing protein  34.78 
 
 		 305 aa  42.4  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2623  prophage LambdaBa02, DNA-binding protein, putative  30.36 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00448007  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5521  DNA binding domain-containing protein  43.14 
 
 		 65 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00471418  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0229  putative molybdopterin biosynthesis protein  29.63 
 
 		 306 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3698  DNA binding domain protein, excisionase family  42.59 
 
 		 59 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0812  DNA binding domain protein, excisionase family  30.43 
 
 		 308 aa  42.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4535  DNA binding domain protein, excisionase family  42.55 
 
 		 61 aa  42.7  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5834  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 78 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.577316 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5098  periplasmic molybdate-binding protein  29.63 
 
 		 306 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3263  excision promoter, Xis  32.08 
 
 		 75 aa  42  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2977  DNA binding domain protein, excisionase family  45.24 
 
 		 98 aa  42  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.467459  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1908  excisionase/Xis, DNA-binding  32.73 
 
 		 307 aa  41.6  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0344  DNA binding domain protein, excisionase family  38 
 
 		 56 aa  41.6  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1737  DNA binding domain protein, excisionase family  33.33 
 
 		 315 aa  41.6  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0771  putative transcriptional regulator  37.74 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.707589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0019  DNA binding domain protein, excisionase family  34.62 
 
 		 326 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2321  DNA binding domain protein, excisionase family  42 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.842741  hitchhiker  0.0000766281 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0343  DNA binding domain-containing protein  38.3 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.683411  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4254  phage transcriptional regulator, AlpA  31.37 
 
 		 62 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631275  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1359  hypothetical protein  50 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08700  DNA-binding protein, excisionase family  40 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.687814 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1818  DNA binding domain protein, excisionase family  40 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2438  DNA binding domain-containing protein  35.42 
 
 		 291 aa  40  0.01  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2702  DNA binding domain-containing protein  42.31 
 
 		 71 aa  40  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265646  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0629  periplasmic substrate-binding protein  40.38 
 
 		 290 aa  40  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>