135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4403 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4403  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  262  8.999999999999999e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.574836  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2320  hypothetical protein  41.58 
 
 		 114 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3056  periplasmic copper-binding protein  42.65 
 
 		 110 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0620  periplasmic copper-binding protein  42.65 
 
 		 110 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000654239  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3073  periplasmic copper-binding protein  42.65 
 
 		 110 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2442  putative copper efflux system periplasmic protein CusF  38.52 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0591  periplasmic copper-binding protein  41.18 
 
 		 110 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.877525  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00534  periplasmic copper-binding protein  42.65 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00523  hypothetical protein  42.65 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2551  hypothetical protein  48.19 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0591  periplasmic copper-binding protein  42.65 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00546027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0654  periplasmic copper-binding protein  41.18 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.380565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3386  cation efflux system protein  32.73 
 
 		 125 aa  60.1  0.000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0023  hypothetical protein  37.78 
 
 		 115 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.814264  hitchhiker  0.0010274 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0025  hypothetical protein  37.78 
 
 		 115 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.130406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0023  hypothetical protein  37.78 
 
 		 115 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.803739 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1326  hypothetical protein  43.86 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1154  putative copper efflux system periplasmic protein CusF  40.58 
 
 		 103 aa  57.8  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0493  hypothetical protein  45.59 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.119099 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5388  hypothetical protein  39.82 
 
 		 113 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141167 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2196  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  57  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3979  hypothetical protein  42.03 
 
 		 115 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4016  heavy metal efflux system protein  34.26 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2654  hypothetical protein  44.44 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.706229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3424  periplasmic copper-binding protein  42.03 
 
 		 117 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1203  hypothetical protein  42.86 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  41.43 
 
 		 538 aa  55.1  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0260  periplasmic copper-binding protein  40.58 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  42.65 
 
 		 521 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  42.65 
 
 		 521 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  42.65 
 
 		 521 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  42.65 
 
 		 523 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  42.65 
 
 		 521 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1332  hypothetical protein  33.33 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3489  hypothetical protein  38.36 
 
 		 118 aa  53.5  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  46.3 
 
 		 490 aa  53.1  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1391  putative cation efflux system transmembrane protein  32.95 
 
 		 110 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0160925  normal  0.327473 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1032  hypothetical protein  38.24 
 
 		 94 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4052  Tn4652, TnpA repressor protein TnpC, putative  39.71 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2580  hypothetical protein  40.91 
 
 		 94 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 523 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  40 
 
 		 540 aa  52.4  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4298  periplasmic copper-binding protein  39.13 
 
 		 117 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  43.94 
 
 		 272 aa  52.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 523 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0733  hypothetical protein  41.94 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.124707  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4901  hypothetical protein  44.12 
 
 		 104 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3490  hypothetical protein  31.63 
 
 		 112 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4823  hypothetical protein  41.33 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.186817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4604  hypothetical protein  41.33 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.647307  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4550  hypothetical protein  39.71 
 
 		 117 aa  51.6  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  31.63 
 
 		 517 aa  51.6  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5183  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 121 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.63 
 
 		 512 aa  50.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5684  hypothetical protein  35.29 
 
 		 95 aa  50.4  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7872  hypothetical protein  41.18 
 
 		 94 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  36.25 
 
 		 537 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0471  hypothetical protein  33.33 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0538  hypothetical protein  35.94 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  36.23 
 
 		 523 aa  50.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1262  hypothetical protein  32.26 
 
 		 116 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4752  hypothetical protein  30.77 
 
 		 114 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.533115  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.06 
 
 		 510 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0174  hypothetical protein  35.45 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.984641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3415  hypothetical protein  30.77 
 
 		 114 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1463  hypothetical protein  38.24 
 
 		 114 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  34.78 
 
 		 577 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 513 aa  48.9  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4101  hypothetical protein  30.77 
 
 		 114 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.385135 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3346  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2039  hypothetical protein  33.33 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.821645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6290  hypothetical protein  30.1 
 
 		 115 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.104471 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5685  RND family efflux transporter MFP subunit  30.63 
 
 		 116 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0152011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2720  hypothetical protein  33.33 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00719919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  33.71 
 
 		 672 aa  48.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  37.14 
 
 		 537 aa  47.4  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1033  protein of unknown function DUF305  36.76 
 
 		 234 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2581  hypothetical protein  36.23 
 
 		 236 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.405095 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1637  hypothetical protein  35.29 
 
 		 123 aa  47.4  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214754  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.44 
 
 		 537 aa  47.4  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2667  hypothetical protein  38.46 
 
 		 113 aa  47  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.866517  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  35.85 
 
 		 571 aa  46.6  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2763  hypothetical protein  31.3 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1093  hypothetical protein  40 
 
 		 101 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.11 
 
 		 510 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  31.4 
 
 		 505 aa  45.4  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0715  hypothetical protein  34.48 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.115312  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3354  hypothetical protein  32.95 
 
 		 116 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1958  RND family efflux transporter MFP subunit  38.71 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0199  hypothetical protein  29.7 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1674  hypothetical protein  32.84 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 483 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  35.53 
 
 		 509 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  35.06 
 
 		 506 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2057  hypothetical protein  32.98 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.754499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3072  hypothetical protein  30 
 
 		 116 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2428  heavy metal efflux system protein, putative  32.98 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.162369  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  36.76 
 
 		 509 aa  44.3  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.62 
 
 		 516 aa  44.7  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.62 
 
 		 516 aa  44.7  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>