113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00534 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00534  periplasmic copper-binding protein  100 
 
 
110 aa  226  6e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00523  hypothetical protein  100 
 
 
110 aa  226  6e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0591  periplasmic copper-binding protein  100 
 
 
110 aa  226  6e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00546027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3056  periplasmic copper-binding protein  99.09 
 
 
110 aa  224  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0620  periplasmic copper-binding protein  99.09 
 
 
110 aa  224  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000654239  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3073  periplasmic copper-binding protein  99.09 
 
 
110 aa  224  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0591  periplasmic copper-binding protein  97.27 
 
 
110 aa  222  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.877525  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0654  periplasmic copper-binding protein  97.27 
 
 
110 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.380565  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0260  periplasmic copper-binding protein  47.01 
 
 
117 aa  99.4  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3424  periplasmic copper-binding protein  46.61 
 
 
117 aa  100  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4298  periplasmic copper-binding protein  46.15 
 
 
117 aa  97.4  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143185  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0733  hypothetical protein  34.65 
 
 
112 aa  63.2  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.124707  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2196  hypothetical protein  35.64 
 
 
114 aa  62.8  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2654  hypothetical protein  38.81 
 
 
98 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.706229  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2667  hypothetical protein  35.29 
 
 
113 aa  62  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.866517  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4403  hypothetical protein  42.86 
 
 
132 aa  60.8  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.574836  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5388  hypothetical protein  39.71 
 
 
113 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.141167 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1463  hypothetical protein  35.19 
 
 
114 aa  60.1  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0023  hypothetical protein  38.1 
 
 
115 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.814264  hitchhiker  0.0010274 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0025  hypothetical protein  38.1 
 
 
115 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.130406  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0023  hypothetical protein  38.1 
 
 
115 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.803739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4016  heavy metal efflux system protein  30.39 
 
 
108 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1326  hypothetical protein  39.19 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113159  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  37.93 
 
 
537 aa  55.1  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4550  hypothetical protein  38.46 
 
 
117 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3386  cation efflux system protein  35.82 
 
 
125 aa  54.3  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  38.46 
 
 
513 aa  54.7  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3072  hypothetical protein  29.67 
 
 
116 aa  54.7  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1262  hypothetical protein  32.32 
 
 
116 aa  53.9  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2720  hypothetical protein  35.06 
 
 
113 aa  53.5  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00719919  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  37.93 
 
 
546 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3490  hypothetical protein  32.35 
 
 
112 aa  52.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 
502 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5684  hypothetical protein  38.89 
 
 
95 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  36.23 
 
 
272 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0199  hypothetical protein  26.32 
 
 
124 aa  52  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  36.84 
 
 
538 aa  52  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2477  hypothetical protein  25.49 
 
 
105 aa  50.8  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1154  putative copper efflux system periplasmic protein CusF  31.87 
 
 
103 aa  50.8  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3979  hypothetical protein  29.55 
 
 
115 aa  50.4  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3489  hypothetical protein  40.74 
 
 
118 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2551  hypothetical protein  33.85 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0069  cation efflux system domain-containing protein  42.37 
 
 
116 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2763  hypothetical protein  31.63 
 
 
115 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  36.49 
 
 
523 aa  48.9  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4052  Tn4652, TnpA repressor protein TnpC, putative  27.27 
 
 
115 aa  48.9  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4270  hypothetical protein  46.15 
 
 
99 aa  48.9  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.248193 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  35.09 
 
 
537 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1637  hypothetical protein  28.99 
 
 
123 aa  48.5  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214754  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2891  hypothetical protein  33.33 
 
 
136 aa  48.9  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.94364  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1093  hypothetical protein  41.1 
 
 
101 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  29.85 
 
 
504 aa  48.1  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2442  putative copper efflux system periplasmic protein CusF  40.68 
 
 
122 aa  48.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5034  periplasmic copper-binding protein  38.33 
 
 
123 aa  47.8  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.152463 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1332  hypothetical protein  27.18 
 
 
114 aa  47.8  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  35.19 
 
 
629 aa  47.8  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  38.6 
 
 
490 aa  47.4  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.84 
 
 
537 aa  47.4  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  36.36 
 
 
540 aa  47  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1958  RND family efflux transporter MFP subunit  39.22 
 
 
115 aa  46.2  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2320  hypothetical protein  36.84 
 
 
114 aa  47  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2039  hypothetical protein  39.22 
 
 
115 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.821645  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  30.65 
 
 
571 aa  46.2  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0493  hypothetical protein  37.7 
 
 
94 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.119099 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  35.94 
 
 
517 aa  45.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.82 
 
 
500 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2407  hypothetical protein  26.56 
 
 
120 aa  45.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2782  cation efflux system protein, putative  26.56 
 
 
120 aa  45.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2293  hypothetical protein  35.29 
 
 
120 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119473  normal  0.136633 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3365  hypothetical protein  29.17 
 
 
107 aa  44.7  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000106692  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0471  hypothetical protein  29.69 
 
 
145 aa  44.7  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6290  hypothetical protein  30.61 
 
 
115 aa  44.7  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104471 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.92 
 
 
512 aa  44.3  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1391  putative cation efflux system transmembrane protein  27 
 
 
110 aa  43.9  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0160925  normal  0.327473 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1168  hypothetical protein  30.12 
 
 
124 aa  43.9  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7872  hypothetical protein  34.48 
 
 
94 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4560  hypothetical protein  39.22 
 
 
116 aa  43.9  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1203  hypothetical protein  28.89 
 
 
120 aa  43.9  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0715  hypothetical protein  37.25 
 
 
121 aa  43.5  0.0009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.115312  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2010  RND family efflux transporter MFP subunit  37.25 
 
 
118 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5183  RND family efflux transporter MFP subunit  35.29 
 
 
121 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5191  hypothetical protein  33.33 
 
 
116 aa  42.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.255118  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0623  hypothetical protein  37.25 
 
 
118 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6521  putative periplasmic copper binding protein  34.48 
 
 
98 aa  42.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  29.51 
 
 
577 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3354  hypothetical protein  35.29 
 
 
116 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 
521 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 
523 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 
521 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 
521 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 
523 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 
523 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 
521 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4823  hypothetical protein  38.33 
 
 
94 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.186817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4604  hypothetical protein  38.33 
 
 
94 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.647307  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 
545 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2907  hypothetical protein  31.91 
 
 
133 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580394  normal  0.0129637 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0538  hypothetical protein  35.29 
 
 
95 aa  42.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  34.85 
 
 
506 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6069  hypothetical protein  28.72 
 
 
111 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387914  normal  0.0699917 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>