124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3346 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3346  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
122 aa  237  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5183  RND family efflux transporter MFP subunit  95.08 
 
 
121 aa  197  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  78.69 
 
 
122 aa  186  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132756  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3403  RND family efflux transporter MFP subunit  78.69 
 
 
122 aa  186  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4113  RND family efflux transporter MFP subunit  80.51 
 
 
122 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6281  RND family efflux transporter MFP subunit  65.83 
 
 
116 aa  142  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.358593 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5685  RND family efflux transporter MFP subunit  62.9 
 
 
116 aa  136  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0152011  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3892  RND family efflux transporter MFP subunit  59.17 
 
 
115 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4353  RND family efflux transporter MFP subunit  56.67 
 
 
115 aa  121  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0871487  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3912  hypothetical protein  54.24 
 
 
115 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.438117  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4456  hypothetical protein  54.24 
 
 
115 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5848  RND family efflux transporter MFP subunit  54.24 
 
 
115 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4171  RND family efflux transporter MFP subunit  65.12 
 
 
114 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.339982  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6290  hypothetical protein  49.51 
 
 
115 aa  103  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104471 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0515  hypothetical protein  68.49 
 
 
151 aa  100  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3377  hypothetical protein  68.49 
 
 
105 aa  99.4  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3047  hypothetical protein  68.49 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2045  hypothetical protein  68.49 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0320  hypothetical protein  68.49 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0333  hypothetical protein  68.49 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2239  hypothetical protein  68.49 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2039  hypothetical protein  51.92 
 
 
115 aa  99.4  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.821645  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2010  RND family efflux transporter MFP subunit  51.24 
 
 
118 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0623  hypothetical protein  51.24 
 
 
118 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5191  hypothetical protein  46.85 
 
 
116 aa  98.2  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.255118  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2763  hypothetical protein  49.51 
 
 
115 aa  97.8  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3354  hypothetical protein  46.09 
 
 
116 aa  97.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4752  hypothetical protein  50 
 
 
114 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.533115  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3415  hypothetical protein  50 
 
 
114 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0715  hypothetical protein  50 
 
 
121 aa  95.9  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.115312  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4101  hypothetical protein  50 
 
 
114 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385135 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1958  RND family efflux transporter MFP subunit  48.31 
 
 
115 aa  92.8  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0493  hypothetical protein  55.56 
 
 
94 aa  87.4  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.119099 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5034  periplasmic copper-binding protein  46.85 
 
 
123 aa  86.3  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.152463 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1033  protein of unknown function DUF305  51.35 
 
 
234 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2293  hypothetical protein  55.71 
 
 
120 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119473  normal  0.136633 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6069  hypothetical protein  41.03 
 
 
111 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387914  normal  0.0699917 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2581  hypothetical protein  50 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.405095 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3489  hypothetical protein  42.68 
 
 
118 aa  80.5  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3979  hypothetical protein  48.81 
 
 
115 aa  80.5  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05404  putative signal peptide protein  43.3 
 
 
114 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0538  hypothetical protein  49.25 
 
 
95 aa  79.7  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2720  hypothetical protein  37.38 
 
 
113 aa  78.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00719919  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4901  hypothetical protein  50 
 
 
104 aa  79  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7872  hypothetical protein  49.32 
 
 
94 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1205  hypothetical protein  48.65 
 
 
135 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.258156  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2603  hypothetical protein  45 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.516618  normal  0.513308 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1093  hypothetical protein  54.05 
 
 
101 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1203  hypothetical protein  34.17 
 
 
120 aa  77.8  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4823  hypothetical protein  52.78 
 
 
94 aa  77.4  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.186817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4604  hypothetical protein  52.78 
 
 
94 aa  77.8  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.647307  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4550  hypothetical protein  47.14 
 
 
117 aa  77  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1810  conserved hypothetical periplasmic protein  43.68 
 
 
112 aa  77  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.128399  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2196  hypothetical protein  38.74 
 
 
114 aa  77  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1463  hypothetical protein  40.71 
 
 
114 aa  77  0.00000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  38.1 
 
 
272 aa  75.5  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4560  hypothetical protein  41.98 
 
 
116 aa  75.5  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0416  hypothetical protein  43.12 
 
 
116 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1637  hypothetical protein  39.13 
 
 
123 aa  74.3  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214754  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4052  Tn4652, TnpA repressor protein TnpC, putative  44.3 
 
 
115 aa  74.3  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4028  hypothetical protein  44.93 
 
 
108 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0335786  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3914  hypothetical protein  44.93 
 
 
108 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248976  normal  0.907588 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0733  hypothetical protein  31.09 
 
 
112 aa  72  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.124707  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2667  hypothetical protein  43.42 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.866517  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2654  hypothetical protein  49.25 
 
 
98 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.706229  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0116  hypothetical protein  48.57 
 
 
97 aa  68.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2907  hypothetical protein  44.93 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580394  normal  0.0129637 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2580  hypothetical protein  47.06 
 
 
94 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2477  hypothetical protein  35.58 
 
 
105 aa  67.4  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5864  hypothetical protein  46.15 
 
 
95 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1032  hypothetical protein  46.97 
 
 
94 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0316  hypothetical protein  45.83 
 
 
100 aa  65.1  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0877405  normal  0.0871096 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5684  hypothetical protein  40.85 
 
 
95 aa  64.3  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2262  hypothetical protein  47.37 
 
 
112 aa  63.5  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4270  hypothetical protein  45.12 
 
 
99 aa  63.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.248193 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5354  putative signal peptide protein  39.53 
 
 
112 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.02455  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5286  putative signal peptide protein  39.18 
 
 
112 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.903888  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1645  conserved hypothetical signal peptide protein  39.18 
 
 
112 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191944  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5388  hypothetical protein  41.75 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.141167 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4635  hypothetical protein  41.77 
 
 
99 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.438517  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6521  putative periplasmic copper binding protein  50 
 
 
98 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1326  hypothetical protein  40.3 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113159  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1674  hypothetical protein  40.28 
 
 
93 aa  57.4  0.00000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0069  cation efflux system domain-containing protein  35.06 
 
 
116 aa  57  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0471  hypothetical protein  33.58 
 
 
145 aa  55.5  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2442  putative copper efflux system periplasmic protein CusF  40.58 
 
 
122 aa  52.8  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0168  hypothetical protein  31.94 
 
 
132 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5031  hypothetical protein  43.4 
 
 
94 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.183629  normal  0.753856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3490  hypothetical protein  33.33 
 
 
112 aa  51.2  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2551  hypothetical protein  36.73 
 
 
136 aa  51.2  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 
486 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0023  hypothetical protein  35.42 
 
 
115 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.814264  hitchhiker  0.0010274 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0025  hypothetical protein  35.42 
 
 
115 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.130406  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0023  hypothetical protein  35.42 
 
 
115 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.803739 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9842  hypothetical protein  42.31 
 
 
94 aa  50.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9848  hypothetical protein  42.31 
 
 
94 aa  50.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4403  hypothetical protein  35.82 
 
 
132 aa  47.4  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.574836  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  39.34 
 
 
537 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4016  heavy metal efflux system protein  29.13 
 
 
108 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  32.81 
 
 
546 aa  45.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>