136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1093 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1093  hypothetical protein  100 
 
 
101 aa  200  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4270  hypothetical protein  69.62 
 
 
99 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.248193 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4604  hypothetical protein  59.38 
 
 
94 aa  109  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.647307  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0116  hypothetical protein  61 
 
 
97 aa  107  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4823  hypothetical protein  58.95 
 
 
94 aa  107  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.186817 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4635  hypothetical protein  53.47 
 
 
99 aa  105  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.438517  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4901  hypothetical protein  57.89 
 
 
104 aa  104  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2039  hypothetical protein  58.97 
 
 
115 aa  96.3  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.821645  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7872  hypothetical protein  63.38 
 
 
94 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2010  RND family efflux transporter MFP subunit  54.88 
 
 
118 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0715  hypothetical protein  54.88 
 
 
121 aa  92  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.115312  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0623  hypothetical protein  54.88 
 
 
118 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6290  hypothetical protein  55.26 
 
 
115 aa  91.3  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104471 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2763  hypothetical protein  55.13 
 
 
115 aa  90.9  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3354  hypothetical protein  56.41 
 
 
116 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1958  RND family efflux transporter MFP subunit  62.32 
 
 
115 aa  89.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3979  hypothetical protein  54.65 
 
 
115 aa  89  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2581  hypothetical protein  56.76 
 
 
236 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.405095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6521  putative periplasmic copper binding protein  58.9 
 
 
98 aa  88.6  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1033  protein of unknown function DUF305  56.76 
 
 
234 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5191  hypothetical protein  59.42 
 
 
116 aa  88.2  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.255118  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  52.38 
 
 
272 aa  87  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0069  cation efflux system domain-containing protein  43.88 
 
 
116 aa  86.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2293  hypothetical protein  53.33 
 
 
120 aa  85.5  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119473  normal  0.136633 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4752  hypothetical protein  52.63 
 
 
114 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.533115  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3415  hypothetical protein  52.63 
 
 
114 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4101  hypothetical protein  52.63 
 
 
114 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385135 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6069  hypothetical protein  56.58 
 
 
111 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387914  normal  0.0699917 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4052  Tn4652, TnpA repressor protein TnpC, putative  51.28 
 
 
115 aa  82.8  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4028  hypothetical protein  58.21 
 
 
108 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0335786  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0316  hypothetical protein  45.74 
 
 
100 aa  82.8  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0877405  normal  0.0871096 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3914  hypothetical protein  58.21 
 
 
108 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248976  normal  0.907588 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3489  hypothetical protein  47.44 
 
 
118 aa  80.9  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4550  hypothetical protein  55.71 
 
 
117 aa  80.1  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2580  hypothetical protein  51.28 
 
 
94 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0493  hypothetical protein  54.05 
 
 
94 aa  78.6  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.119099 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0538  hypothetical protein  44.79 
 
 
95 aa  78.2  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5183  RND family efflux transporter MFP subunit  53.42 
 
 
121 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1032  hypothetical protein  51.28 
 
 
94 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0733  hypothetical protein  45.68 
 
 
112 aa  77.4  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.124707  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3346  RND family efflux transporter MFP subunit  54.79 
 
 
122 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5034  periplasmic copper-binding protein  50 
 
 
123 aa  77  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.152463 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1637  hypothetical protein  45.78 
 
 
123 aa  77  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214754  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4560  hypothetical protein  42.86 
 
 
116 aa  76.6  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4171  RND family efflux transporter MFP subunit  46.84 
 
 
114 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.339982  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5685  RND family efflux transporter MFP subunit  40.54 
 
 
116 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0152011  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
122 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132756  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3403  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
122 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4353  RND family efflux transporter MFP subunit  48.1 
 
 
115 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0871487  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4113  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
122 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3892  RND family efflux transporter MFP subunit  48.1 
 
 
115 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6281  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
116 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.358593 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2667  hypothetical protein  50.65 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.866517  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2196  hypothetical protein  40.54 
 
 
114 aa  70.5  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2720  hypothetical protein  45 
 
 
113 aa  70.1  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00719919  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1203  hypothetical protein  40.96 
 
 
120 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1463  hypothetical protein  43.21 
 
 
114 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2603  hypothetical protein  48.61 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.516618  normal  0.513308 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1205  hypothetical protein  48.61 
 
 
135 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.258156  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2654  hypothetical protein  46.58 
 
 
98 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.706229  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5684  hypothetical protein  37.76 
 
 
95 aa  65.5  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5864  hypothetical protein  45.07 
 
 
95 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2907  hypothetical protein  47.3 
 
 
133 aa  60.8  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580394  normal  0.0129637 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3377  hypothetical protein  47.76 
 
 
105 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2477  hypothetical protein  37.8 
 
 
105 aa  59.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0515  hypothetical protein  47.76 
 
 
151 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3047  hypothetical protein  47.76 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2045  hypothetical protein  47.76 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0320  hypothetical protein  47.76 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0333  hypothetical protein  47.76 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2239  hypothetical protein  47.76 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05404  putative signal peptide protein  47.14 
 
 
114 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3912  hypothetical protein  39.24 
 
 
115 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.438117  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4456  hypothetical protein  39.24 
 
 
115 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5848  RND family efflux transporter MFP subunit  39.24 
 
 
115 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  35.53 
 
 
490 aa  55.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1326  hypothetical protein  40.58 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113159  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2551  hypothetical protein  44.93 
 
 
136 aa  54.3  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1810  conserved hypothetical periplasmic protein  42.25 
 
 
112 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.128399  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2442  putative copper efflux system periplasmic protein CusF  47.06 
 
 
122 aa  53.5  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1857  hypothetical protein  37.5 
 
 
105 aa  53.5  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.163357  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  40.91 
 
 
546 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2262  hypothetical protein  39.19 
 
 
112 aa  51.6  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0416  hypothetical protein  34.94 
 
 
116 aa  50.8  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9842  hypothetical protein  41.38 
 
 
94 aa  50.4  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  40.85 
 
 
537 aa  50.4  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  35.35 
 
 
504 aa  50.4  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1332  hypothetical protein  34.72 
 
 
114 aa  50.4  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1880  hypothetical protein  34.88 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0613491  normal  0.740348 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00534  periplasmic copper-binding protein  41.1 
 
 
110 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9848  hypothetical protein  43.33 
 
 
94 aa  48.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  35 
 
 
490 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1674  hypothetical protein  30.77 
 
 
93 aa  49.3  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5031  hypothetical protein  47.27 
 
 
94 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.183629  normal  0.753856 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0591  periplasmic copper-binding protein  41.1 
 
 
110 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00546027  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00523  hypothetical protein  41.1 
 
 
110 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  40.58 
 
 
540 aa  47.8  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5354  putative signal peptide protein  50.94 
 
 
112 aa  47  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.02455  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0471  hypothetical protein  36.36 
 
 
145 aa  47  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1645  conserved hypothetical signal peptide protein  42.86 
 
 
112 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191944  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>