82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1262 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1262  hypothetical protein  100 
 
 		 116 aa  234  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3072  hypothetical protein  79.31 
 
 		 116 aa  188  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1168  hypothetical protein  49.59 
 
 		 124 aa  103  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2891  hypothetical protein  54.65 
 
 		 136 aa  97.8  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.94364  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3365  hypothetical protein  45 
 
 		 107 aa  70.1  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000106692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  45.95 
 
 		 507 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  43.21 
 
 		 506 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  45.95 
 
 		 507 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  45.95 
 
 		 507 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  42.86 
 
 		 523 aa  65.5  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  43.75 
 
 		 483 aa  64.3  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3424  periplasmic copper-binding protein  35.45 
 
 		 117 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  40.54 
 
 		 509 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4298  periplasmic copper-binding protein  34.55 
 
 		 117 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  43.06 
 
 		 505 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0260  periplasmic copper-binding protein  34.55 
 
 		 117 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  36.05 
 
 		 513 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1332  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  57.8  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0199  hypothetical protein  33.07 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0654  periplasmic copper-binding protein  32.32 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.380565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  40.58 
 
 		 509 aa  57  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  38.57 
 
 		 523 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0471  hypothetical protein  33.75 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.45 
 
 		 507 aa  56.2  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0591  periplasmic copper-binding protein  32.32 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.877525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  38.57 
 
 		 523 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3073  periplasmic copper-binding protein  32.32 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3056  periplasmic copper-binding protein  32.32 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.43 
 
 		 497 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0620  periplasmic copper-binding protein  32.32 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000654239  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  34.18 
 
 		 538 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  37.14 
 
 		 523 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.26 
 
 		 497 aa  54.3  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  37.14 
 
 		 521 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  37.14 
 
 		 521 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  37.14 
 
 		 521 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  37.14 
 
 		 521 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00534  periplasmic copper-binding protein  32.32 
 
 		 110 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0591  periplasmic copper-binding protein  32.32 
 
 		 110 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00546027  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00523  hypothetical protein  32.32 
 
 		 110 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0023  hypothetical protein  35.11 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.803739 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0025  hypothetical protein  35.11 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.130406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0023  hypothetical protein  35.11 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.814264  hitchhiker  0.0010274 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1154  putative copper efflux system periplasmic protein CusF  26.55 
 
 		 103 aa  51.2  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  34.57 
 
 		 537 aa  50.8  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0174  hypothetical protein  32.23 
 
 		 120 aa  50.8  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.984641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.91 
 
 		 537 aa  50.4  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  36 
 
 		 537 aa  50.1  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  34.52 
 
 		 546 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  36.76 
 
 		 490 aa  48.5  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5388  hypothetical protein  40.96 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141167 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.89 
 
 		 500 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  31.65 
 
 		 505 aa  47.8  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3490  hypothetical protein  27.62 
 
 		 112 aa  47.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  43.1 
 
 		 552 aa  47  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0538  hypothetical protein  27.62 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  27.55 
 
 		 504 aa  46.2  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.89 
 
 		 497 aa  46.6  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2196  hypothetical protein  32.58 
 
 		 114 aa  46.2  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.14 
 
 		 510 aa  45.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1203  hypothetical protein  31 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 488 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 488 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 488 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  35.14 
 
 		 542 aa  44.3  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 486 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.38 
 
 		 512 aa  43.5  0.0009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  30 
 
 		 513 aa  42.7  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  33.8 
 
 		 545 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3979  hypothetical protein  28.57 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2551  hypothetical protein  38.71 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  41.38 
 
 		 545 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1391  putative cation efflux system transmembrane protein  30.19 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0160925  normal  0.327473 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2057  hypothetical protein  30.86 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.754499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2428  heavy metal efflux system protein, putative  30.86 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.162369  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  32.35 
 
 		 509 aa  41.6  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1637  hypothetical protein  29.17 
 
 		 123 aa  42  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214754  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2667  hypothetical protein  33.85 
 
 		 113 aa  41.2  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.866517  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  29.87 
 
 		 517 aa  41.2  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 510 aa  40.8  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 		 487 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  31.51 
 
 		 540 aa  40  0.01  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>