192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3568 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3568  protein of unknown function YGGT  100 
 
 		 96 aa  181  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0508  protein of unknown function YGGT  63.54 
 
 		 96 aa  120  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.842199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0057  protein of unknown function YGGT  58.33 
 
 		 96 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0478  hypothetical protein  58.33 
 
 		 96 aa  108  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0607  protein of unknown function YGGT  58.33 
 
 		 96 aa  108  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2879  protein of unknown function YGGT  65.62 
 
 		 96 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.147865 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0271  hypothetical protein  50.53 
 
 		 96 aa  99  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0110  hypothetical protein  59.38 
 
 		 119 aa  98.2  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0365579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2870  protein of unknown function YGGT  55.17 
 
 		 101 aa  97.1  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0388606 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0692  protein of unknown function YGGT  58.33 
 
 		 96 aa  96.7  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0989  protein of unknown function YGGT  53.76 
 
 		 114 aa  95.9  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0419  protein of unknown function YGGT  58.33 
 
 		 96 aa  94.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3527  hypothetical protein  51.19 
 
 		 99 aa  87  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.12787  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3096  protein of unknown function YGGT  38.2 
 
 		 102 aa  82.8  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.669144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1992  YGGT family protein  53.42 
 
 		 96 aa  81.3  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1918  YGGT family protein  53.42 
 
 		 194 aa  81.3  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4027  protein of unknown function YGGT  48.39 
 
 		 96 aa  81.3  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.483363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4038  protein of unknown function YGGT  51.72 
 
 		 96 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.5468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0053  protein of unknown function YGGT  52.7 
 
 		 99 aa  80.1  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3938  protein of unknown function YGGT  53.33 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4076  protein of unknown function YGGT  50 
 
 		 96 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4152  hypothetical protein  52.69 
 
 		 96 aa  78.6  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3782  protein of unknown function YGGT  50 
 
 		 103 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.402098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1370  protein of unknown function YGGT  56.76 
 
 		 100 aa  77.8  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0327  yggt family protein  46.81 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2973  protein of unknown function YGGT  39.78 
 
 		 107 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3706  protein of unknown function YGGT  50.68 
 
 		 103 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.535312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4464  protein of unknown function YGGT  52.86 
 
 		 100 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.338351 
 
 
-
 
NC_002978  WD0121  YGGT family protein  40 
 
 		 92 aa  70.1  0.000000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1917  protein of unknown function YGGT  46.67 
 
 		 102 aa  68.2  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.951257  normal  0.340645 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3372  protein of unknown function YGGT  50 
 
 		 96 aa  67.8  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4761  protein of unknown function YGGT  45.95 
 
 		 106 aa  68.2  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.211635 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1360  hypothetical protein  34.52 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0028  protein of unknown function YGGT  34.52 
 
 		 96 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.242413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2655  protein of unknown function YGGT  42.35 
 
 		 101 aa  67  0.00000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0666885  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3629  protein of unknown function YGGT  56 
 
 		 95 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0341  protein of unknown function YGGT  40.48 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0018  protein of unknown function YGGT  33.33 
 
 		 95 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.292831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3299  protein of unknown function YGGT  54.72 
 
 		 99 aa  64.3  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1165  protein of unknown function YGGT  39.13 
 
 		 105 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000835508  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3335  protein of unknown function YGGT  32.14 
 
 		 95 aa  63.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982716 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1492  protein of unknown function YGGT  41.46 
 
 		 109 aa  60.8  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290091  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0534  protein of unknown function YGGT  38.82 
 
 		 194 aa  60.8  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2724  protein of unknown function YGGT  41.46 
 
 		 109 aa  60.8  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3054  protein of unknown function YGGT  42.86 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.649035  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0866  YGGT family protein  39.36 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0339  protein of unknown function YGGT  37.93 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4152  protein of unknown function YGGT  39.53 
 
 		 197 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.762639 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2172  hypothetical protein  46.91 
 
 		 100 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0505653  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1696  protein of unknown function YGGT  42.86 
 
 		 100 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.471282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1166  protein of unknown function YGGT  38.55 
 
 		 105 aa  56.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866748  hitchhiker  0.00575832 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03060  hypothetical protein  37.93 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0479202  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3637  protein of unknown function YGGT  40 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.160206  normal  0.479955 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0492  hypothetical protein  38.37 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3655  protein of unknown function YGGT  33.33 
 
 		 199 aa  54.3  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5321  hypothetical protein  35.63 
 
 		 196 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2862  protein of unknown function YGGT  37.21 
 
 		 182 aa  53.9  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0177844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05130  hypothetical protein  37.21 
 
 		 197 aa  53.5  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.409368  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5048  YGGT family protein  34.48 
 
 		 196 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.710638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0475  hypothetical protein  34.48 
 
 		 196 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0615  hypothetical protein  36.14 
 
 		 93 aa  53.1  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.8017800000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1411  protein of unknown function YGGT  40.45 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000759704  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3001  hypothetical protein  35.56 
 
 		 187 aa  52.4  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0149  protein of unknown function YGGT  39.29 
 
 		 100 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.041214 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1237  protein of unknown function YGGT  39.47 
 
 		 89 aa  52  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.371486  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0956  protein of unknown function YGGT  33.8 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00321355  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5146  protein of unknown function YGGT  37.5 
 
 		 196 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.605809  normal  0.987937 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4969  protein of unknown function YGGT  37.5 
 
 		 196 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5096  hypothetical protein  36.36 
 
 		 196 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0020  protein of unknown function YGGT  39.19 
 
 		 94 aa  50.4  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.310945  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0166  hypothetical protein  34.15 
 
 		 189 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000107926  hitchhiker  0.0000185577 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0178  protein of unknown function YGGT  35.37 
 
 		 189 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00798567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5573  hypothetical protein  42.65 
 
 		 187 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364539  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0415  protein of unknown function YGGT  32.93 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000337721  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1433  hypothetical protein  32.95 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.116879 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0405  protein of unknown function YGGT  43.42 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0369  protein of unknown function YGGT  35.23 
 
 		 196 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.758714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3056  protein of unknown function YGGT  34.88 
 
 		 196 aa  48.5  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.502077  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1125  protein of unknown function YGGT  34.52 
 
 		 182 aa  48.9  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000165213  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0891  YGGT family protein  33.33 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0499141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2684  protein of unknown function YGGT  37.63 
 
 		 184 aa  48.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000426882  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1901  protein of unknown function YGGT  36.67 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.879042  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3720  protein of unknown function YGGT  39.74 
 
 		 180 aa  47.8  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0541  membrane protein, related to K+ transport  37.5 
 
 		 184 aa  47.8  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1665  protein of unknown function YGGT  32.98 
 
 		 99 aa  47.8  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.905288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2689  protein of unknown function YGGT  33.72 
 
 		 182 aa  47.4  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.885228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3358  protein of unknown function YGGT  54.05 
 
 		 188 aa  47.4  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016989 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2110  protein of unknown function YGGT  34.57 
 
 		 191 aa  47  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2188  integral membrane protein  37.1 
 
 		 193 aa  47  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.199645  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2214  hypothetical protein  37.1 
 
 		 192 aa  47  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107485  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0547  protein of unknown function YGGT  33.75 
 
 		 180 aa  46.2  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2660  hypothetical protein  33.85 
 
 		 109 aa  46.6  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1658  integral membrane protein  32.94 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000025742  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1191  protein of unknown function YGGT  32.56 
 
 		 182 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0253033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1262  protein of unknown function YGGT  32.56 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0091593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2479  protein of unknown function YGGT  37.18 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.619107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15401  hypothetical protein  29.89 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.393994 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0758  protein of unknown function YGGT  28.41 
 
 		 184 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08491  integral membrane protein  37.31 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.321113  hitchhiker  0.00153658 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2158  hypothetical protein  35.9 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.101701  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>