More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2056 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_2056  LacI family transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  699    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.727085  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0159  transcriptional regulator, LacI family  75.22 
 
 		 337 aa  527  1e-148  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.169284 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2871  LacI family transcription regulator  54.12 
 
 		 363 aa  342  4e-93  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.83 
 
 		 352 aa  186  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 348 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.75 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 346 aa  176  7e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  32.22 
 
 		 346 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  33.33 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.36 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 342 aa  172  7.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 349 aa  169  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  31.98 
 
 		 360 aa  169  5e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  35.58 
 
 		 348 aa  168  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.4 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.76 
 
 		 356 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  31.92 
 
 		 365 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 382 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.44 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.61 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  32.48 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 354 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  31.83 
 
 		 332 aa  162  6e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 347 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3559  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 339 aa  162  9e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.156963  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.9 
 
 		 330 aa  162  9e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.27 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  31.09 
 
 		 331 aa  161  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 339 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  34.73 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.34 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 327 aa  159  6e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.46 
 
 		 342 aa  159  9e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.46 
 
 		 342 aa  159  9e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.34 
 
 		 341 aa  159  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2720  transcriptional regulator, LacI family  32.64 
 
 		 337 aa  159  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.687845  normal  0.476409 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  29.04 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  31.65 
 
 		 368 aa  156  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  31.2 
 
 		 361 aa  155  8e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.47 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 340 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  28.9 
 
 		 333 aa  153  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  28.75 
 
 		 336 aa  152  7e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  30.75 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.49 
 
 		 335 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.32 
 
 		 337 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.4 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.4 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  28.4 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  28.4 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.4 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.4 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  27.48 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.4 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.43 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.4 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  30.57 
 
 		 332 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.44 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 341 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 332 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  31.31 
 
 		 326 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.49 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0629  LacI family transcription regulator  29.34 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.409769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  31.29 
 
 		 356 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.4 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  28.11 
 
 		 340 aa  150  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  31.47 
 
 		 337 aa  150  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6650  transcriptional regulator, LacI family  33.05 
 
 		 364 aa  149  6e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.17574 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  32.7 
 
 		 347 aa  149  6e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  29.12 
 
 		 349 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.52 
 
 		 341 aa  149  8e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.58 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.58 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.58 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  29.26 
 
 		 344 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 357 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.58 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.7 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.58 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.21 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  26.77 
 
 		 342 aa  148  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  28.14 
 
 		 339 aa  148  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  31.96 
 
 		 339 aa  145  7.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 339 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  29.38 
 
 		 342 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4061  maltose operon transcriptional repressor  29.67 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  29.67 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  31.8 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  30.27 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>