77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3544 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3544    100 
 
 		 802 bp  1590    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6463  integrase catalytic region  84.43 
 
 		 906 bp  585  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.666389 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6426  integrase catalytic region  84.43 
 
 		 906 bp  585  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4707  hypothetical protein  89.41 
 
 		 309 bp  270  5.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1572  integrase, catalytic region  84.66 
 
 		 906 bp  135  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2120  integrase, catalytic region  84.66 
 
 		 906 bp  135  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.824405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1295    81.45 
 
 		 279 bp  127  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6731    83.91 
 
 		 2015 bp  123  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1445    83.33 
 
 		 324 bp  123  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4212  integrase catalytic subunit  78.88 
 
 		 906 bp  113  8.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.955324  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7786  hypothetical protein  81.58 
 
 		 324 bp  105  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0016591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0760  integrase catalytic subunit  78.63 
 
 		 735 bp  105  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6829    84.29 
 
 		 255 bp  103  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2687    87.04 
 
 		 267 bp  103  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1286  hypothetical protein  91.89 
 
 		 558 bp  99.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.350643  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3162  integrase catalytic subunit  81.71 
 
 		 906 bp  93.7  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116464  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8478    86.14 
 
 		 102 bp  89.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.744353  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3846  integrase catalytic subunit  85.58 
 
 		 906 bp  87.7  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2709  integrase catalytic subunit  84.17 
 
 		 900 bp  87.7  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2937  integrase catalytic subunit  84.17 
 
 		 900 bp  87.7  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  0.799386 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2820  Integrase catalytic region  87.65 
 
 		 915 bp  81.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2528  Integrase catalytic region  88.73 
 
 		 906 bp  77.8  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000564647  hitchhiker  0.00383779 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6067  transposase catalytic site ISRme15  86.75 
 
 		 858 bp  77.8  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0008  Integrase catalytic region  86.75 
 
 		 858 bp  77.8  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1826  Integrase catalytic region  86.75 
 
 		 858 bp  77.8  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.0211966 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2043    88.73 
 
 		 2389 bp  77.8  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.153153  hitchhiker  0.00767267 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0740  Integrase catalytic region  86.75 
 
 		 858 bp  77.8  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0332591  normal  0.114218 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3483  Integrase catalytic region  88.73 
 
 		 906 bp  77.8  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00971742  hitchhiker  0.00375901 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3608  Integrase catalytic region  88.73 
 
 		 906 bp  77.8  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0251528  normal  0.0493713 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5541  transposase catalytic site ISRme15  86.75 
 
 		 858 bp  77.8  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3929    84.69 
 
 		 216 bp  75.8  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1236  Integrase catalytic region  87.32 
 
 		 876 bp  69.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.305005 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1895    97.44 
 
 		 162 bp  69.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.912531  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2741  Integrase catalytic region  86.67 
 
 		 450 bp  69.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0894729  normal  0.05514 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2513  Integrase catalytic region  86.67 
 
 		 906 bp  69.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1597  Integrase catalytic region  86.67 
 
 		 906 bp  69.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.369801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1636    86.67 
 
 		 906 bp  69.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1663  Integrase catalytic region  86.67 
 
 		 906 bp  69.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3563    81.12 
 
 		 943 bp  69.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452743  normal  0.133184 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1753  Integrase catalytic region  95.24 
 
 		 906 bp  67.9  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.289897  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0735  ISMca3, transposase, OrfB  82.73 
 
 		 849 bp  67.9  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.990065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1896  ISMca3, transposase, OrfB  82.73 
 
 		 849 bp  67.9  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02252  ISPsy21, transposase OrfB  95.12 
 
 		 687 bp  65.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03920  ISPsy21, transposase OrfB  95.12 
 
 		 513 bp  65.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.67034  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5725  integrase catalytic region  82.3 
 
 		 912 bp  65.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9898  transposase  95 
 
 		 906 bp  63.9  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9838  transposase  95 
 
 		 906 bp  63.9  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1426  Integrase catalytic region  93.18 
 
 		 915 bp  63.9  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0450418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1608    93.18 
 
 		 916 bp  63.9  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3255  Integrase catalytic region  88.14 
 
 		 852 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6152    82.24 
 
 		 249 bp  61.9  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3906    88.14 
 
 		 912 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414091  normal  0.612395 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1287  hypothetical protein  97.14 
 
 		 189 bp  61.9  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.868264  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3705  integrase catalytic region  85.92 
 
 		 906 bp  61.9  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02392  ISPsy21, transposase OrfB  89.09 
 
 		 774 bp  61.9  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.406166  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3736  integrase catalytic region  85.92 
 
 		 906 bp  61.9  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2390  hypothetical protein  87.93 
 
 		 261 bp  60  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.116947 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3889  hypothetical protein  84.62 
 
 		 405 bp  60  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5204  integrase catalytic subunit  89.8 
 
 		 849 bp  58  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184454  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5122  integrase catalytic subunit  89.8 
 
 		 849 bp  58  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3476  hypothetical protein  92.5 
 
 		 657 bp  56  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.184573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2977  Tn4652, transposase subunit B  85.71 
 
 		 906 bp  54  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1204  Integrase catalytic region  83.13 
 
 		 867 bp  54  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3375    86.44 
 
 		 279 bp  54  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.292751 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5555  integrase catalytic region  84.85 
 
 		 855 bp  52  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5344  integrase catalytic region  84.85 
 
 		 855 bp  52  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438366  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5064  integrase catalytic region  84.85 
 
 		 855 bp  52  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4441  integrase catalytic region  84.85 
 
 		 855 bp  52  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1703    85.48 
 
 		 641 bp  52  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1795  transposase  96.55 
 
 		 378 bp  50.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.246406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1047    100 
 
 		 485 bp  50.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1890    100 
 
 		 959 bp  50.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1616    90.24 
 
 		 793 bp  50.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5392    85.71 
 
 		 124 bp  48.1  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.619468  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2523  Integrase catalytic region  96.43 
 
 		 939 bp  48.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000011837  hitchhiker  0.000558279 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3384  hypothetical protein  79.29 
 
 		 345 bp  48.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3705    96.43 
 
 		 938 bp  48.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00230013  normal  0.692248 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>