138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2390 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2390  hypothetical protein  100 
 
 		 86 aa  173  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.116947 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3889  hypothetical protein  74.55 
 
 		 134 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4212  integrase catalytic subunit  71.43 
 
 		 301 aa  82  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.955324  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9898  transposase  69.09 
 
 		 301 aa  78.2  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9838  transposase  69.09 
 
 		 301 aa  78.2  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6426  integrase catalytic region  69.09 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6463  integrase catalytic region  69.09 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.666389 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3846  integrase catalytic subunit  67.27 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3162  integrase catalytic subunit  63.64 
 
 		 301 aa  72  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116464  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3476  hypothetical protein  61.82 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.184573 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1795  transposase  55.36 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.246406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0760  integrase catalytic subunit  75.61 
 
 		 244 aa  63.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03920  ISPsy21, transposase OrfB  60 
 
 		 170 aa  63.5  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.67034  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02392  ISPsy21, transposase OrfB  60 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.406166  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1572  integrase, catalytic region  60 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2120  integrase, catalytic region  60 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.824405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2709  integrase catalytic subunit  60 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2937  integrase catalytic subunit  60 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  0.799386 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3705  integrase catalytic region  53.57 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3736  integrase catalytic region  53.57 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02252  ISPsy21, transposase OrfB  58.18 
 
 		 228 aa  61.6  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4791  IS1203 transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.2388 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1664  IS1203 transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0041  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 295 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3386  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2932  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.529947  hitchhiker  0.00000000000000217145 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3874  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.816642 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3516  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0367503 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3232  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.312429  hitchhiker  0.000944743 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4591  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.987029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4771  IS1203 transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0291  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.638063 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1170  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.728097  normal  0.563398 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1178  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1657  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000216946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2286  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.292769  hitchhiker  5.1383e-16 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2789  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.194228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2843  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.69714 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1286  hypothetical protein  63.27 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.350643  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2258  IS629 transposase orfB  60 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0035  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0102  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.147873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1303  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1379  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.822294  normal  0.0945096 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2492  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2665  transposase  60 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236219 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2680  IS629, transposase orfB  60 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00648038  normal  0.0200158 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0102  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0471323  hitchhiker  0.000157883 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1240  IS1203 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.605  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0208  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0221  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0297  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000478745  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1216  Integrase catalytic region  58.18 
 
 		 311 aa  58.5  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4707  hypothetical protein  72.22 
 
 		 102 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4441  integrase catalytic region  53.57 
 
 		 284 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5064  integrase catalytic region  53.57 
 
 		 284 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5344  integrase catalytic region  53.57 
 
 		 284 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438366  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5555  integrase catalytic region  53.57 
 
 		 284 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0988  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1592  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1924  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.454462  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4642  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.835933  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4763  IS1203 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0134  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0231  IS1203 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0117658  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0247  IS629 transposase orfB  58.18 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.45525  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1426  Integrase catalytic region  53.57 
 
 		 304 aa  57.4  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0450418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3255  Integrase catalytic region  51.79 
 
 		 283 aa  57  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0735  ISMca3, transposase, OrfB  52.73 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.990065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1896  ISMca3, transposase, OrfB  52.73 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2820  Integrase catalytic region  51.79 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5122  integrase catalytic subunit  52.73 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5204  integrase catalytic subunit  52.73 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184454  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0907  integrase catalytic subunit  51.79 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2977  Tn4652, transposase subunit B  54.9 
 
 		 301 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15130  transposase  50.91 
 
 		 304 aa  54.3  0.0000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0124781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1204  Integrase catalytic region  50.91 
 
 		 288 aa  54.3  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5725  integrase catalytic region  50.91 
 
 		 303 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0930  integrase catalytic subunit  45.45 
 
 		 279 aa  53.5  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2594  integrase catalytic subunit  45.45 
 
 		 279 aa  53.5  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0806255  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0947  integrase catalytic subunit  45.45 
 
 		 279 aa  53.5  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1484  integrase catalytic subunit  45.45 
 
 		 279 aa  53.5  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0324114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2638  integrase catalytic subunit  45.45 
 
 		 279 aa  53.5  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.220037  normal  0.89202 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0599  integrase, catalytic region  45.45 
 
 		 163 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5973  integrase catalytic subunit  45.45 
 
 		 219 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.429012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6067  transposase catalytic site ISRme15  58.33 
 
 		 285 aa  50.8  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5541  transposase catalytic site ISRme15  58.33 
 
 		 285 aa  50.8  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0740  Integrase catalytic region  58.33 
 
 		 285 aa  50.8  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0332591  normal  0.114218 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0008  Integrase catalytic region  58.33 
 
 		 285 aa  50.8  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1826  Integrase catalytic region  58.33 
 
 		 285 aa  50.8  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.0211966 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1236  Integrase catalytic region  54.55 
 
 		 291 aa  49.7  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.305005 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3608  Integrase catalytic region  54.55 
 
 		 301 aa  49.7  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0251528  normal  0.0493713 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3483  Integrase catalytic region  54.55 
 
 		 301 aa  49.7  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00971742  hitchhiker  0.00375901 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2528  Integrase catalytic region  54.55 
 
 		 301 aa  49.7  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000564647  hitchhiker  0.00383779 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4953  integrase catalytic region  48.21 
 
 		 283 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2222  integrase catalytic subunit  50.91 
 
 		 278 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.21419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1663  Integrase catalytic region  48.89 
 
 		 301 aa  48.9  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1753  Integrase catalytic region  48.89 
 
 		 301 aa  48.9  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.289897  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1597  Integrase catalytic region  48.89 
 
 		 301 aa  48.9  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.369801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2513  Integrase catalytic region  48.89 
 
 		 301 aa  48.9  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.298059 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>