25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1895 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1895    100 
 
 		 162 bp  321  3e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.912531  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0760  integrase catalytic subunit  93.55 
 
 		 735 bp  228  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4212  integrase catalytic subunit  90.71 
 
 		 906 bp  174  5e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.955324  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1572  integrase, catalytic region  85.4 
 
 		 906 bp  113  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2120  integrase, catalytic region  85.4 
 
 		 906 bp  113  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.824405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1287  hypothetical protein  88.12 
 
 		 189 bp  105  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.868264  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9898  transposase  83.58 
 
 		 906 bp  91.7  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9838  transposase  83.58 
 
 		 906 bp  91.7  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0465    87.64 
 
 		 141 bp  89.7  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3162  integrase catalytic subunit  84.96 
 
 		 906 bp  89.7  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116464  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1204  Integrase catalytic region  95.56 
 
 		 867 bp  73.8  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1445    84.38 
 
 		 324 bp  71.9  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3544    97.44 
 
 		 802 bp  69.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6426  integrase catalytic region  92 
 
 		 906 bp  67.9  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6463  integrase catalytic region  92 
 
 		 906 bp  67.9  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.666389 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3846  integrase catalytic subunit  82.73 
 
 		 906 bp  67.9  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6731    87.69 
 
 		 2015 bp  65.9  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3563    86.76 
 
 		 943 bp  63.9  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452743  normal  0.133184 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0854  hypothetical protein  82.24 
 
 		 135 bp  61.9  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2687    92.68 
 
 		 267 bp  58  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3384  hypothetical protein  87.5 
 
 		 345 bp  56  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0735  ISMca3, transposase, OrfB  87.76 
 
 		 849 bp  50.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.990065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1896  ISMca3, transposase, OrfB  87.76 
 
 		 849 bp  50.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6829    91.67 
 
 		 255 bp  48.1  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3929    86.27 
 
 		 216 bp  46.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>