63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6152 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_6152    100 
 
 		 249 bp  494  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5725  integrase catalytic region  88.31 
 
 		 912 bp  258  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2820  Integrase catalytic region  83.26 
 
 		 915 bp  139  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0735  ISMca3, transposase, OrfB  81.45 
 
 		 849 bp  127  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.990065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1896  ISMca3, transposase, OrfB  81.45 
 
 		 849 bp  127  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4441  integrase catalytic region  82.08 
 
 		 855 bp  119  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5064  integrase catalytic region  82.08 
 
 		 855 bp  119  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5344  integrase catalytic region  82.08 
 
 		 855 bp  119  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438366  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5555  integrase catalytic region  82.08 
 
 		 855 bp  119  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2937  integrase catalytic subunit  88.18 
 
 		 900 bp  115  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  0.799386 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2709  integrase catalytic subunit  88.18 
 
 		 900 bp  115  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3846  integrase catalytic subunit  87.6 
 
 		 906 bp  113  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2120  integrase, catalytic region  89.19 
 
 		 906 bp  109  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.824405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1572  integrase, catalytic region  89.19 
 
 		 906 bp  109  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0907  integrase catalytic subunit  85.6 
 
 		 915 bp  105  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2977  Tn4652, transposase subunit B  86.73 
 
 		 906 bp  105  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5541  transposase catalytic site ISRme15  85.71 
 
 		 858 bp  101  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6067  transposase catalytic site ISRme15  85.71 
 
 		 858 bp  101  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0008  Integrase catalytic region  85.71 
 
 		 858 bp  101  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1826  Integrase catalytic region  85.71 
 
 		 858 bp  101  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.0211966 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0740  Integrase catalytic region  85.71 
 
 		 858 bp  101  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0332591  normal  0.114218 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5204  integrase catalytic subunit  82.72 
 
 		 849 bp  99.6  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184454  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5122  integrase catalytic subunit  82.72 
 
 		 849 bp  99.6  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3255  Integrase catalytic region  83.7 
 
 		 852 bp  93.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4953  integrase catalytic region  82.28 
 
 		 852 bp  91.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3375    84.75 
 
 		 279 bp  91.7  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.292751 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3906    83.58 
 
 		 912 bp  91.7  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414091  normal  0.612395 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6463  integrase catalytic region  84.17 
 
 		 906 bp  85.7  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.666389 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6426  integrase catalytic region  84.17 
 
 		 906 bp  85.7  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9898  transposase  82.12 
 
 		 906 bp  85.7  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9838  transposase  82.12 
 
 		 906 bp  85.7  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1616    87 
 
 		 793 bp  79.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1608    89.71 
 
 		 916 bp  79.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3162  integrase catalytic subunit  89.29 
 
 		 906 bp  79.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116464  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3563    87 
 
 		 943 bp  79.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452743  normal  0.133184 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1426  Integrase catalytic region  94 
 
 		 915 bp  75.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0450418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2177  hypothetical protein  82.17 
 
 		 252 bp  73.8  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000500681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3736  integrase catalytic region  91.07 
 
 		 906 bp  71.9  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0760  integrase catalytic subunit  85.19 
 
 		 735 bp  71.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3705  integrase catalytic region  91.07 
 
 		 906 bp  71.9  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2492    81.29 
 
 		 565 bp  69.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0258476 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02392  ISPsy21, transposase OrfB  84.68 
 
 		 774 bp  69.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.406166  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2043    82.93 
 
 		 2389 bp  61.9  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.153153  hitchhiker  0.00767267 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2528  Integrase catalytic region  82.93 
 
 		 906 bp  61.9  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000564647  hitchhiker  0.00383779 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3608  Integrase catalytic region  82.93 
 
 		 906 bp  61.9  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0251528  normal  0.0493713 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3483  Integrase catalytic region  82.93 
 
 		 906 bp  61.9  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00971742  hitchhiker  0.00375901 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3544    82.24 
 
 		 802 bp  61.9  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4212  integrase catalytic subunit  81.42 
 
 		 906 bp  58  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.955324  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0115  ISBt3 transposase subunit protein  85.94 
 
 		 336 bp  56  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.35522  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2037  transposase subunit; putative  86.67 
 
 		 279 bp  56  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1236  Integrase catalytic region  82.11 
 
 		 876 bp  54  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.305005 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3384  hypothetical protein  84.51 
 
 		 345 bp  54  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0926  beta-ketoacyl synthase  100 
 
 		 1179 bp  50.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1636    82.41 
 
 		 906 bp  48.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1719    84.38 
 
 		 473 bp  48.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.184214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6731    85.71 
 
 		 2015 bp  48.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2741  Integrase catalytic region  82.41 
 
 		 450 bp  48.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0894729  normal  0.05514 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2513  Integrase catalytic region  82.41 
 
 		 906 bp  48.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1663  Integrase catalytic region  82.41 
 
 		 906 bp  48.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1597  Integrase catalytic region  82.41 
 
 		 906 bp  48.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.369801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8478    96.3 
 
 		 102 bp  46.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.744353  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02252  ISPsy21, transposase OrfB  86.27 
 
 		 687 bp  46.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1703    91.43 
 
 		 641 bp  46.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>