37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5392 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5392    100 
 
 		 124 bp  246  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.619468  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5122  integrase catalytic subunit  86.99 
 
 		 849 bp  109  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5204  integrase catalytic subunit  86.99 
 
 		 849 bp  109  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184454  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3255  Integrase catalytic region  86.99 
 
 		 852 bp  109  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3906    86.18 
 
 		 912 bp  101  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414091  normal  0.612395 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2492    85.58 
 
 		 565 bp  79.8  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0258476 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6463  integrase catalytic region  88.41 
 
 		 906 bp  73.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.666389 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6426  integrase catalytic region  88.41 
 
 		 906 bp  73.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0740  Integrase catalytic region  85.53 
 
 		 858 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0332591  normal  0.114218 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2687    91.67 
 
 		 267 bp  63.9  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1826  Integrase catalytic region  85.53 
 
 		 858 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.0211966 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0008  Integrase catalytic region  85.53 
 
 		 858 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6067  transposase catalytic site ISRme15  85.53 
 
 		 858 bp  63.9  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5541  transposase catalytic site ISRme15  85.53 
 
 		 858 bp  63.9  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1426  Integrase catalytic region  92.16 
 
 		 915 bp  61.9  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0450418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2741  Integrase catalytic region  90 
 
 		 450 bp  60  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0894729  normal  0.05514 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2513  Integrase catalytic region  90 
 
 		 906 bp  60  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1663  Integrase catalytic region  90 
 
 		 906 bp  60  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1636    90 
 
 		 906 bp  60  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1597  Integrase catalytic region  90 
 
 		 906 bp  60  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.369801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0907  integrase catalytic subunit  83.75 
 
 		 915 bp  56  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02392  ISPsy21, transposase OrfB  88.46 
 
 		 774 bp  56  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.406166  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1608    90.2 
 
 		 916 bp  54  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2709  integrase catalytic subunit  89.36 
 
 		 900 bp  54  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3929    89.36 
 
 		 216 bp  54  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2937  integrase catalytic subunit  89.36 
 
 		 900 bp  54  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  0.799386 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6731    89.36 
 
 		 2015 bp  54  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1445    89.36 
 
 		 324 bp  54  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1753  Integrase catalytic region  88 
 
 		 906 bp  52  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.289897  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1295    86.21 
 
 		 279 bp  52  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3162  integrase catalytic subunit  88.89 
 
 		 906 bp  50.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116464  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3544    85.71 
 
 		 802 bp  48.1  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01694  TnpB  85.71 
 
 		 300 bp  48.1  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7300    91.67 
 
 		 562 bp  48.1  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0130484  hitchhiker  0.00884242 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2222  integrase catalytic subunit  85.71 
 
 		 837 bp  48.1  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.21419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1896  ISMca3, transposase, OrfB  91.18 
 
 		 849 bp  44.1  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0735  ISMca3, transposase, OrfB  91.18 
 
 		 849 bp  44.1  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.990065  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>