251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_1251 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_1251  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 87 aa  176  1e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1599  RNA chaperone Hfq  48.24 
 
 		 85 aa  88.2  3e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150457  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  56.34 
 
 		 88 aa  85.1  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0411  RNA chaperone Hfq  48.68 
 
 		 90 aa  82.4  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.879276  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  51.9 
 
 		 80 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  52.31 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  44.58 
 
 		 86 aa  79.3  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  43.9 
 
 		 82 aa  79.3  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  52.86 
 
 		 76 aa  79.7  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  46.48 
 
 		 84 aa  79.7  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  49.3 
 
 		 90 aa  79  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  47.89 
 
 		 77 aa  78.2  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  46.48 
 
 		 82 aa  77  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  52.17 
 
 		 80 aa  77  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  52.31 
 
 		 79 aa  76.6  0.00000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  43.59 
 
 		 101 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  43.59 
 
 		 101 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  43.59 
 
 		 101 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  53.62 
 
 		 80 aa  76.6  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  48.61 
 
 		 86 aa  76.6  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  52.31 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 77 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  42.67 
 
 		 80 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  49.23 
 
 		 86 aa  75.5  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 93 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  43.37 
 
 		 84 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 77 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  43.37 
 
 		 84 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 77 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  46.48 
 
 		 92 aa  75.5  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  51.39 
 
 		 83 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  46.58 
 
 		 82 aa  76.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1877  RNA-binding protein Hfq  48.65 
 
 		 89 aa  75.9  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.542624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  42.31 
 
 		 92 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  47.76 
 
 		 81 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  44.58 
 
 		 83 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  42.31 
 
 		 102 aa  75.1  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  39.02 
 
 		 85 aa  75.1  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1064  RNA-binding protein Hfq  45.83 
 
 		 79 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1220  RNA-binding protein Hfq  45.83 
 
 		 79 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  44.29 
 
 		 83 aa  74.7  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2863  RNA chaperone Hfq  43.9 
 
 		 80 aa  74.7  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  47.22 
 
 		 78 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 82 aa  74.7  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1589  RNA-binding protein Hfq  46.67 
 
 		 81 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000194767 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  49.32 
 
 		 80 aa  74.7  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  49.32 
 
 		 80 aa  74.7  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1156  RNA-binding protein Hfq  45.83 
 
 		 79 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 77 aa  74.7  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  47.22 
 
 		 89 aa  74.3  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  43.84 
 
 		 84 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  43.84 
 
 		 84 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  43.84 
 
 		 83 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  48.48 
 
 		 94 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2302  host factor Hfq  45.21 
 
 		 82 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232756  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  44.74 
 
 		 82 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  44.87 
 
 		 84 aa  73.9  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  44.74 
 
 		 82 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  43.84 
 
 		 84 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  48.48 
 
 		 92 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1095  RNA chaperone Hfq  43.42 
 
 		 83 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2101  RNA-binding protein Hfq  45.21 
 
 		 79 aa  73.9  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0726249  normal  0.0347469 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  46.38 
 
 		 85 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1429  RNA chaperone Hfq  44 
 
 		 83 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.180806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1175  RNA chaperone Hfq  43.42 
 
 		 83 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.843427  normal  0.622907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1991  RNA-binding protein Hfq  43.04 
 
 		 96 aa  73.6  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.423806  normal  0.0165954 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2081  RNA-binding protein Hfq  45.83 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0916086  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  44.59 
 
 		 193 aa  73.6  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  47.3 
 
 		 78 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  47.3 
 
 		 78 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 80 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 80 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2184  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3025  host factor-I protein  44.87 
 
 		 91 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0026686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  45.95 
 
 		 175 aa  72.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  53.97 
 
 		 82 aa  73.6  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  49.23 
 
 		 90 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  45.59 
 
 		 102 aa  72.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2667  RNA-binding protein Hfq  44.3 
 
 		 86 aa  72.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  44.16 
 
 		 89 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1493  host factor Hfq  50 
 
 		 183 aa  72.8  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  47.69 
 
 		 92 aa  73.6  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0597  RNA-binding protein Hfq  49.23 
 
 		 90 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.448781  hitchhiker  0.00000118044 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  45.21 
 
 		 82 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>