251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1599 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1599  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 85 aa  169  7.999999999999999e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150457  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  49.32 
 
 		 82 aa  85.5  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2013  RNA chaperone Hfq  53.85 
 
 		 92 aa  84.7  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  47.62 
 
 		 84 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  47.62 
 
 		 84 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1251  RNA chaperone Hfq  49.32 
 
 		 87 aa  84  6e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  47.62 
 
 		 84 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  53.16 
 
 		 90 aa  83.6  8e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  46.91 
 
 		 81 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  51.39 
 
 		 83 aa  83.2  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  48.72 
 
 		 83 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  51.32 
 
 		 77 aa  82.8  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  47.56 
 
 		 84 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  47.56 
 
 		 84 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  48.78 
 
 		 83 aa  82  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  52.44 
 
 		 86 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  47.95 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  47.95 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 84 aa  80.5  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  45.88 
 
 		 175 aa  80.5  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  45.68 
 
 		 82 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  48.05 
 
 		 78 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  54.93 
 
 		 89 aa  80.1  0.000000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  45.68 
 
 		 82 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  48.05 
 
 		 78 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  45.78 
 
 		 98 aa  80.1  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  44.19 
 
 		 88 aa  80.1  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 77 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2184  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1533  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 		 80 aa  79.7  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0326548 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  49.3 
 
 		 90 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 77 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  47.95 
 
 		 82 aa  79.7  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  47.95 
 
 		 82 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  47.95 
 
 		 82 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  47.95 
 
 		 82 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  46.25 
 
 		 89 aa  80.1  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  47.95 
 
 		 82 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  49.33 
 
 		 84 aa  79.7  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  49.32 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  48.78 
 
 		 86 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 80 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 80 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  44.19 
 
 		 88 aa  80.1  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  48.05 
 
 		 78 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1877  RNA-binding protein Hfq  46.25 
 
 		 89 aa  80.1  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.542624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 77 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  50.7 
 
 		 86 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1220  RNA-binding protein Hfq  48.15 
 
 		 79 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  54.29 
 
 		 86 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  54.29 
 
 		 86 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1086  host factor Hfq  49.37 
 
 		 89 aa  79.3  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.374835  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3919  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 99 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0446304  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 103 aa  79.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5014  RNA chaperone Hfq  45.12 
 
 		 83 aa  79.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0484733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  48.68 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  46.91 
 
 		 81 aa  79.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 92 aa  79  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  47.37 
 
 		 86 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  50.7 
 
 		 86 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  49.37 
 
 		 77 aa  79  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 99 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  48 
 
 		 80 aa  79  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  46.05 
 
 		 80 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  48.1 
 
 		 80 aa  78.6  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  50.7 
 
 		 86 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  47.37 
 
 		 101 aa  78.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  46.84 
 
 		 80 aa  78.6  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1064  RNA-binding protein Hfq  48.15 
 
 		 79 aa  78.2  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  46.05 
 
 		 109 aa  78.2  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  46.05 
 
 		 80 aa  78.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  47.37 
 
 		 101 aa  78.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  46.84 
 
 		 89 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  47.95 
 
 		 82 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  45.88 
 
 		 83 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2192  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 81 aa  78.6  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>