252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3978 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  100 
 
 
83 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  86.59 
 
 
82 aa  140  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  80.49 
 
 
102 aa  138  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  79.12 
 
 
92 aa  138  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  80.49 
 
 
102 aa  138  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  80.49 
 
 
102 aa  138  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  81.71 
 
 
85 aa  137  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  80.49 
 
 
102 aa  138  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  81.25 
 
 
99 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  83.75 
 
 
77 aa  137  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  90.41 
 
 
89 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3919  RNA-binding protein Hfq  86.67 
 
 
99 aa  137  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0446304  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  79.27 
 
 
102 aa  137  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  79.27 
 
 
102 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  79.27 
 
 
102 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  79.27 
 
 
102 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  79.27 
 
 
102 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4779  RNA-binding protein Hfq  79.27 
 
 
102 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00124447  normal  0.127412 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  79.27 
 
 
102 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  79.27 
 
 
102 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0535  RNA-binding protein Hfq  86.67 
 
 
99 aa  136  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000282638  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  79.27 
 
 
102 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  79.27 
 
 
102 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  79.27 
 
 
103 aa  135  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0492  RNA-binding protein Hfq  86.67 
 
 
99 aa  136  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00316881  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  81.25 
 
 
101 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  90.28 
 
 
94 aa  135  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  81.25 
 
 
101 aa  135  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  81.25 
 
 
101 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  78.05 
 
 
83 aa  135  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3025  host factor-I protein  90.28 
 
 
91 aa  135  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0026686  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  90.28 
 
 
90 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0598  RNA-binding protein Hfq  90.28 
 
 
90 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00147514  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3432  RNA-binding protein Hfq  90.28 
 
 
90 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.528645  normal  0.0945438 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0597  RNA-binding protein Hfq  90.28 
 
 
90 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.448781  hitchhiker  0.00000118044 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  88.89 
 
 
92 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  80.49 
 
 
86 aa  134  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0325  host factor-I protein  91.55 
 
 
83 aa  134  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  85.33 
 
 
102 aa  134  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3893  RNA chaperone Hfq  88.89 
 
 
90 aa  133  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0570071  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0558  RNA chaperone Hfq  88.89 
 
 
90 aa  133  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00283933  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3710  RNA chaperone Hfq  88.89 
 
 
90 aa  133  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.42469  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1105  RNA-binding protein Hfq  89.71 
 
 
96 aa  133  9e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  88.89 
 
 
90 aa  133  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  84.81 
 
 
93 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3280  RNA chaperone Hfq  88.89 
 
 
90 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00627762  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2777  RNA-binding protein Hfq  92.65 
 
 
88 aa  132  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2667  RNA-binding protein Hfq  77.11 
 
 
86 aa  132  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  77.5 
 
 
83 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  77.78 
 
 
81 aa  131  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  93.94 
 
 
87 aa  131  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0921  RNA-binding protein Hfq  79.22 
 
 
183 aa  131  3e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1493  host factor Hfq  79.22 
 
 
183 aa  131  3e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  93.94 
 
 
87 aa  130  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  93.94 
 
 
87 aa  131  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  71.43 
 
 
90 aa  130  6e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  71.95 
 
 
91 aa  130  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  85.14 
 
 
84 aa  130  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  84.51 
 
 
80 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  75 
 
 
89 aa  129  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  72.94 
 
 
92 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1095  RNA chaperone Hfq  74.36 
 
 
83 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  72.94 
 
 
92 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1175  RNA chaperone Hfq  74.36 
 
 
83 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.843427  normal  0.622907 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  88.24 
 
 
82 aa  128  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  73.17 
 
 
86 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  75.32 
 
 
201 aa  128  3e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  88.24 
 
 
82 aa  128  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  73.17 
 
 
86 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  73.17 
 
 
86 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  73.17 
 
 
86 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  71.25 
 
 
90 aa  126  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1429  RNA chaperone Hfq  74.36 
 
 
83 aa  124  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.180806  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0496  RNA chaperone Hfq  84.85 
 
 
84 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0593828  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  76.62 
 
 
82 aa  123  7e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  74.39 
 
 
86 aa  123  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  75.61 
 
 
86 aa  123  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  75.61 
 
 
86 aa  123  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1589  RNA-binding protein Hfq  76.32 
 
 
81 aa  122  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000194767 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5014  RNA chaperone Hfq  81.82 
 
 
83 aa  122  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0484733  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0075  RNA chaperone Hfq  70 
 
 
84 aa  122  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  87.5 
 
 
78 aa  121  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1220  RNA-binding protein Hfq  83.33 
 
 
79 aa  120  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 
81 aa  120  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  77.14 
 
 
89 aa  121  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2081  RNA-binding protein Hfq  83.33 
 
 
79 aa  120  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0916086  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2192  RNA chaperone Hfq  77.14 
 
 
81 aa  120  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 
80 aa  120  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2302  host factor Hfq  81.82 
 
 
82 aa  120  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232756  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2101  RNA-binding protein Hfq  83.33 
 
 
79 aa  120  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0726249  normal  0.0347469 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 
80 aa  120  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1064  RNA-binding protein Hfq  83.33 
 
 
79 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1156  RNA-binding protein Hfq  83.33 
 
 
79 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 
79 aa  120  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 
79 aa  120  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 
79 aa  120  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 
79 aa  120  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 
79 aa  120  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 
79 aa  120  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 
79 aa  120  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>