More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1254 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1254  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
327 aa  662    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126232 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.88 
 
 
330 aa  367  1e-100  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.311537 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.85 
 
 
327 aa  305  6e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.924645  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
327 aa  263  4e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
328 aa  253  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
325 aa  242  7e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.497916  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.161114  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3943  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
325 aa  230  3e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.104136 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
325 aa  228  8e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
325 aa  228  8e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
325 aa  228  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.982552  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.58 
 
 
328 aa  226  3e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10217  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7099  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
327 aa  223  4e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11309  oligopeptide-transport integral membrane protein ABC transporter oppB  37.8 
 
 
325 aa  207  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
326 aa  207  3e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.501197  normal  0.46158 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08480  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  32.09 
 
 
344 aa  192  9e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0817  ABC peptide/nickel transport system permease protein  39.17 
 
 
336 aa  188  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
325 aa  181  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000912922  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4534  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
336 aa  169  6e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.463935 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
321 aa  159  8e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1632  putative ABC transporter permease  33.63 
 
 
336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214794  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1834  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
326 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31130  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  30.5 
 
 
338 aa  152  8.999999999999999e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.51 
 
 
321 aa  151  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  32.63 
 
 
321 aa  150  2e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
321 aa  151  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 
321 aa  149  6e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  32.53 
 
 
326 aa  149  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  31.14 
 
 
321 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  31.14 
 
 
321 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
332 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
325 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.73 
 
 
333 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
321 aa  144  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.83 
 
 
321 aa  143  4e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
321 aa  143  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.181911  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
319 aa  143  5e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.06 
 
 
355 aa  142  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0791674  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
320 aa  139  6e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0307537  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
339 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.186938  normal  0.127201 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.93 
 
 
327 aa  138  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.51 
 
 
326 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2469  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.72 
 
 
345 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.58 
 
 
319 aa  136  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.930375  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  28.88 
 
 
318 aa  136  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  28.88 
 
 
318 aa  136  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
327 aa  136  5e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0910485  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
319 aa  136  5e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
322 aa  136  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1683  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
327 aa  136  5e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000273599  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
325 aa  136  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
309 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  28.88 
 
 
318 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
321 aa  135  7.000000000000001e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  30.63 
 
 
324 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.85 
 
 
322 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.413078 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.46 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000461837  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.28 
 
 
319 aa  132  6.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.512992 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.18 
 
 
321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0231928  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 
343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.416644 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.96 
 
 
358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0891876 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0569  oligopeptide ABC transporter, permease  28.57 
 
 
321 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1849  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  29.06 
 
 
338 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0242  oligopeptide ABC transporter, permease protein  28.81 
 
 
307 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0219  oligopeptide ABC transporter permease  28.81 
 
 
307 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.86 
 
 
332 aa  129  8.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.764925  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.96 
 
 
339 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
324 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.79 
 
 
315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.301395  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.33 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.101832  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.03 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.03 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0715  oligopeptide ABC transporter, permease protein  29.97 
 
 
322 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000364541 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0726  oligopeptide ABC transporter, permease protein  29.97 
 
 
322 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0625  oligopeptide ABC transporter permease  29.97 
 
 
322 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0895389  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0568  oligopeptide ABC transporter, permease  29.97 
 
 
322 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0658  oligopeptide ABC transporter permease protein  29.97 
 
 
322 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.975917  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0787  oligopeptide ABC transporter, permease protein  29.97 
 
 
322 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.5 
 
 
332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00733957  hitchhiker  0.00049009 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.85 
 
 
332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
344 aa  126  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.22 
 
 
321 aa  126  5e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000859188  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
326 aa  126  6e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00111488  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.59 
 
 
335 aa  125  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.204315  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  28.4 
 
 
318 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.54 
 
 
353 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28 
 
 
349 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28 
 
 
349 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176103  hitchhiker  0.0000268959 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.77 
 
 
334 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 
322 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0644  oligopeptide ABC transporter, permease protein  27.6 
 
 
314 aa  124  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2301  oligopeptide transporter permease  25.91 
 
 
306 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0415169  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2322  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  28.4 
 
 
348 aa  124  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>