More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1663 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1663  response regulator receiver protein  100 
 
 		 135 aa  272  9e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2550  response regulator receiver protein  96.3 
 
 		 135 aa  260  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35149e-19 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2931  response regulator receiver protein  65.6 
 
 		 134 aa  171  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000218307  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1120  response regulator  61.24 
 
 		 134 aa  165  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3600  response regulator receiver protein  61.42 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0438  response regulator receiver protein  60.63 
 
 		 132 aa  141  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.186072  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.26 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  30.89 
 
 		 229 aa  64.3  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 237 aa  64.3  0.0000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.47 
 
 		 229 aa  63.9  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1571  response regulator receiver domain-containing protein  39.52 
 
 		 369 aa  63.9  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.421164  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 473 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3138  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.17 
 
 		 576 aa  62.4  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.413012  normal  0.0352192 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 310 aa  62  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10620  response regulator receiver protein  40 
 
 		 122 aa  61.6  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00212992  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1147  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 188 aa  62  0.000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 318 aa  61.6  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  33.59 
 
 		 236 aa  61.6  0.000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03240  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.96 
 
 		 229 aa  61.6  0.000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.604152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 1768 aa  61.2  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0228  response regulator receiver protein  35.4 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0230  response regulator receiver protein  35.4 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  60.8  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.28 
 
 		 240 aa  60.8  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.33 
 
 		 1101 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000252838 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.23 
 
 		 226 aa  60.8  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0064  response regulator receiver protein  33.05 
 
 		 119 aa  60.8  0.000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.92 
 
 		 237 aa  60.8  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.23 
 
 		 226 aa  60.5  0.000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.48 
 
 		 243 aa  60.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 229 aa  60.5  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0931  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 120 aa  60.5  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.252152  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  30.15 
 
 		 225 aa  60.5  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06820  sensor histidine kinase/response regulator, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G00660)  28.68 
 
 		 1212 aa  60.1  0.000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.557385 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.81 
 
 		 236 aa  60.5  0.000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 236 aa  60.5  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4666  two component transcriptional regulator  26.72 
 
 		 233 aa  60.5  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  38.75 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  29.27 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.69 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  38.75 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.95 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  29.27 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0188  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00347389  normal  0.0545477 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  38.75 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.18 
 
 		 703 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0636  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.621219  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  43.59 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0532  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  32.59 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.693911  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0907  CheA signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 		 911 aa  58.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0908129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4891  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.23 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1847  CheA signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 		 934 aa  58.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.379526 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  31.01 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0954  two component transcriptional regulator  29.27 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0817018 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  29.03 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1530  response regulator receiver protein  40.54 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.754323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3580  response regulator receiver protein  39.02 
 
 		 564 aa  59.3  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3647  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 471 aa  59.3  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209004  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.27 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1150  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  37.4 
 
 		 367 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149663  normal  0.160952 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3288  two component transcriptional regulator  30.08 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0366247  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  39.44 
 
 		 376 aa  58.5  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0780  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  36.59 
 
 		 380 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.039887 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  37.5 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.37 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0239  response regulator receiver domain-containing protein  32.46 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 265 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0843  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.774989  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1530  CheA signal transduction histidine kinases  39.76 
 
 		 803 aa  58.5  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  29.75 
 
 		 229 aa  58.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.23 
 
 		 231 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0102  response regulator receiver protein  29.13 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.294663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0283  regulatory protein VanR  26.77 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2358  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  44.05 
 
 		 916 aa  58.9  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  30.83 
 
 		 1763 aa  58.5  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  30.65 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2021  regulatory protein VanR  28.12 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3620  DNA-binding response regulator  30.08 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0597824  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3396  DNA-binding response regulator  30.08 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000765328  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3358  transcriptional regulatory protein  30.08 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000200566  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3308  transcriptional regulatory protein  30.08 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000872353  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  37.5 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  29.27 
 
 		 223 aa  57.8  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3709  DNA-binding response regulator  30.08 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000227696  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1042  two component signal transduction response regulator  30.83 
 
 		 465 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.472622  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 252 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.5 
 
 		 227 aa  58.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3661  DNA-binding response regulator  30.08 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3086  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.1 
 
 		 233 aa  58.2  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.151774  normal  0.916258 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1606  DNA-binding response regulator  30.08 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00543423  hitchhiker  0.0000000112462 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 454 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>