48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1475 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1475  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 100 aa  202  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1207  DNA polymerase beta subunit  59.41 
 
 		 105 aa  120  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.901472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1133  DNA polymerase beta subunit  56 
 
 		 123 aa  118  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5240  DNA polymerase beta domain protein region  59.18 
 
 		 104 aa  118  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0095  DNA polymerase beta subunit  58.59 
 
 		 112 aa  117  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.365343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02490  nucleotidyltransferase  56.7 
 
 		 103 aa  106  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.456196  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0069  DNA polymerase beta domain protein region  54.46 
 
 		 108 aa  106  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0233  DNA polymerase beta domain protein region  52.48 
 
 		 108 aa  105  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2848  hypothetical protein  51.02 
 
 		 108 aa  102  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0292  DNA polymerase beta subunit  51.49 
 
 		 108 aa  102  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2655  DNA polymerase beta subunit  43.75 
 
 		 108 aa  94.4  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.748854  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1674  DNA polymerase, beta-like region  46.32 
 
 		 105 aa  94  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.538651  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  50.52 
 
 		 1294 aa  93.6  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1656  DNA polymerase beta domain protein region  60 
 
 		 103 aa  91.7  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0491  hypothetical protein  40.82 
 
 		 112 aa  82  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.484621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0769  DNA polymerase beta domain protein region  42.57 
 
 		 106 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0754  DNA polymerase beta domain protein region  41.58 
 
 		 106 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.923157  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0594  hypothetical protein  34.69 
 
 		 102 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2573  DNA polymerase beta domain protein region  38 
 
 		 97 aa  72.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0668582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1038  DNA polymerase beta subunit  37.11 
 
 		 118 aa  71.6  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0191145  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0051  DNA polymerase beta subunit  37.89 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0498801  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1691  DNA polymerase beta domain protein region  39.77 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0339005 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1560  DNA polymerase beta domain protein region  36.46 
 
 		 105 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0763  DNA polymerase beta domain protein region  26.53 
 
 		 111 aa  61.2  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.667533  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0806  nucleotidyltransferase substrate binding protein, HI0074 family  34.69 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0284  DNA polymerase beta domain protein region  33 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0295  DNA polymerase beta domain protein region  32.65 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4507  DNA polymerase beta subunit  31.76 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152779 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0270  nucleotidyltransferase domain-containing protein  30.69 
 
 		 135 aa  52.8  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.440685  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1381  DNA polymerase beta domain protein region  32.65 
 
 		 97 aa  50.8  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0221  hypothetical protein  32.88 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0347  DNA polymerase beta domain protein region  35.16 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2025  DNA polymerase beta domain protein region  34.18 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0505934  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0502  DNA polymerase beta domain protein region  37.18 
 
 		 124 aa  45.4  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1570  DNA polymerase beta domain protein region  39.19 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1349  DNA polymerase beta domain protein region  35.87 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1466  hypothetical protein  48.98 
 
 		 64 aa  43.5  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1972  DNA polymerase beta domain protein region  39.34 
 
 		 131 aa  42  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18731 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0268  DNA polymerase beta domain protein region  34.25 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1936  putative nucleotidyltransferase  35.06 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3592  DNA polymerase beta domain protein region  27.96 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000372185  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2738  DNA polymerase beta domain protein region  30 
 
 		 109 aa  40.8  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.474404 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3353  DNA polymerase beta subunit  37.14 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0364  DNA polymerase beta subunit  32.05 
 
 		 148 aa  40.4  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3015  DNA polymerase beta subunit  47.37 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.914629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1691  DNA polymerase beta subunit  33.85 
 
 		 130 aa  40.4  0.009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.0000100624  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1471  DNA polymerase beta domain protein region  45.83 
 
 		 139 aa  40.4  0.009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.764189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2086  DNA polymerase beta subunit  32.22 
 
 		 111 aa  40  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.166795  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>