78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0886 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0886  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 441 aa  918    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.73593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0860  Radical SAM domain protein  80.95 
 
 		 441 aa  764    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3386  Radical SAM domain protein  80.73 
 
 		 443 aa  761    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0663552  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1234  Radical SAM domain protein  73.29 
 
 		 440 aa  692    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2730  radical SAM family protein  92.06 
 
 		 441 aa  847    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.369067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1302  radical SAM domain-containing protein  84.35 
 
 		 445 aa  789    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000110217  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2996  radical SAM domain-containing protein  73.35 
 
 		 444 aa  705    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0495  radical SAM domain-containing protein  58.5 
 
 		 443 aa  535  1e-151  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1766  radical SAM domain-containing protein  48.82 
 
 		 443 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1890  radical SAM domain-containing protein  44.5 
 
 		 440 aa  369  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.835954  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3074  Radical SAM domain protein  42.45 
 
 		 431 aa  348  2e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.316407 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0061  Radical SAM domain protein  42.72 
 
 		 421 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000135006  hitchhiker  0.00291545 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0047  Radical SAM domain protein  41.51 
 
 		 426 aa  323  3e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2405  radical SAM domain-containing protein  39.57 
 
 		 418 aa  319  5e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000316663  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1667  radical SAM domain-containing protein  42.08 
 
 		 491 aa  316  5e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0738152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2171  radical SAM domain-containing protein  43.03 
 
 		 427 aa  315  9.999999999999999e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0733  Radical SAM domain protein  40.33 
 
 		 423 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000179291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2377  radical SAM family protein  39.3 
 
 		 446 aa  305  8.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.208392  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1487  Radical SAM domain protein  39.35 
 
 		 446 aa  302  8.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1490  radical SAM domain-containing protein  40.23 
 
 		 444 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.221891 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1582  Radical SAM domain protein  39.12 
 
 		 446 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1676  Elongator protein 3/MiaB/NifB  39.24 
 
 		 426 aa  298  1e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.560297  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0203  Radical SAM domain protein  40.66 
 
 		 511 aa  296  3e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.092669 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1952  Radical SAM domain protein  38.98 
 
 		 481 aa  282  9e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000720024  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0843  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  28.33 
 
 		 418 aa  58.9  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1148  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB, putative  30.05 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1972  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 		 275 aa  55.8  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.396519  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1524  radical SAM domain-containing protein  31.32 
 
 		 337 aa  53.5  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0665  radical SAM domain-containing protein  23.61 
 
 		 297 aa  53.5  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.513594 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3024  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  26.52 
 
 		 495 aa  53.1  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7742  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  26.67 
 
 		 535 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.379245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1446  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  26.67 
 
 		 531 aa  53.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00756004 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3389  hypothetical protein  27.78 
 
 		 215 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000000102267  normal  0.0705776 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0813  radical SAM family protein  23 
 
 		 298 aa  51.2  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.152673  normal  0.316109 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2083  Radical SAM domain protein  22.48 
 
 		 285 aa  50.8  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1454  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  23.94 
 
 		 500 aa  50.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2135  Radical SAM domain protein  24.02 
 
 		 285 aa  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000451795 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  29.79 
 
 		 351 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2622  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  26.63 
 
 		 427 aa  48.9  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3646  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  25.56 
 
 		 519 aa  48.9  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1761  Radical SAM domain protein  25.84 
 
 		 337 aa  48.9  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0383887 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 		 384 aa  48.9  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0301  radical SAM family Fe-S protein  29.32 
 
 		 206 aa  48.9  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.239452  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1574  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  24.44 
 
 		 531 aa  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.274095  normal  0.786135 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0654  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 		 303 aa  48.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00641861  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1404  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  25.56 
 
 		 529 aa  47.8  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0204  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  25.56 
 
 		 522 aa  47  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.037885  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  24.44 
 
 		 520 aa  46.6  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.987458 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0396  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  25 
 
 		 527 aa  46.6  0.0009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.452553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2107  MoaA/NifB/PqqE family nitrogen fixation protein  25.55 
 
 		 297 aa  46.2  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  30.14 
 
 		 351 aa  46.2  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0133  nitrogen fixation protein  22.59 
 
 		 321 aa  46.2  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0546  NifB family--FeMo cofactor biosynthesis protein  24.58 
 
 		 491 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5047  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.88 
 
 		 353 aa  46.2  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2197  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  24.58 
 
 		 491 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.157561  normal  0.878423 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1017  Radical SAM domain protein  23.01 
 
 		 335 aa  45.8  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.677632  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1056  Radical SAM domain protein  25.37 
 
 		 280 aa  45.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4133  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  22.76 
 
 		 489 aa  45.1  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0300  Radical SAM domain protein  25.46 
 
 		 303 aa  45.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.308872 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0022  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 		 360 aa  45.4  0.002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0513  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  24.88 
 
 		 468 aa  45.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0796  radical SAM family protein  25.82 
 
 		 331 aa  45.1  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0354  radical SAM domain-containing protein  25.95 
 
 		 377 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.880417 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5904  nitrogenase FeMo cofactor biosynthesis protein NifB  25 
 
 		 520 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0951  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.7 
 
 		 338 aa  45.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1206  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  24.42 
 
 		 464 aa  45.1  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.65726  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0922  radical SAM domain-containing protein  24.16 
 
 		 333 aa  44.7  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0422  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 		 299 aa  45.1  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.2652  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0308  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  22.32 
 
 		 342 aa  44.7  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000547663  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3054  Radical SAM domain protein  26.94 
 
 		 325 aa  44.7  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.164409 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0761  Radical SAM domain protein  25.7 
 
 		 340 aa  44.3  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00535967  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2551  pyruvate formate-lyase activating enzyme-like protein  25 
 
 		 354 aa  44.3  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592966  normal  0.73651 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0239  Radical SAM domain protein  23.08 
 
 		 358 aa  44.7  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0597  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.4 
 
 		 348 aa  44.3  0.005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51010  Nitrogenase cofactor biosynthesis protein  24.03 
 
 		 503 aa  44.3  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0231468  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0449  radical SAM family protein  24.64 
 
 		 370 aa  43.5  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.355453  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6233  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  25.51 
 
 		 490 aa  43.5  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2456  Radical SAM domain protein  25.58 
 
 		 337 aa  43.1  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>