43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3386 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3386  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 443 aa  926    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0663552  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1234  Radical SAM domain protein  72.83 
 
 		 440 aa  687    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0886  radical SAM domain-containing protein  80.73 
 
 		 441 aa  761    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.73593  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2730  radical SAM family protein  79.59 
 
 		 441 aa  749    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.369067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1302  radical SAM domain-containing protein  84.39 
 
 		 445 aa  799    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000110217  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0860  Radical SAM domain protein  97.96 
 
 		 441 aa  908    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2996  radical SAM domain-containing protein  73.18 
 
 		 444 aa  699    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0495  radical SAM domain-containing protein  58.5 
 
 		 443 aa  553  1e-156  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1766  radical SAM domain-containing protein  46.78 
 
 		 443 aa  400  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1890  radical SAM domain-containing protein  44.03 
 
 		 440 aa  371  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.835954  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3074  Radical SAM domain protein  41.75 
 
 		 431 aa  347  3e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.316407 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0047  Radical SAM domain protein  41.71 
 
 		 426 aa  336  3.9999999999999995e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0733  Radical SAM domain protein  40.09 
 
 		 423 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000179291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1667  radical SAM domain-containing protein  40.19 
 
 		 491 aa  318  1e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0738152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2405  radical SAM domain-containing protein  38.52 
 
 		 418 aa  315  7e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000316663  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2377  radical SAM family protein  39.07 
 
 		 446 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.208392  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1490  radical SAM domain-containing protein  40.05 
 
 		 444 aa  312  9e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.221891 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1487  Radical SAM domain protein  39.3 
 
 		 446 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1582  Radical SAM domain protein  39.3 
 
 		 446 aa  310  4e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2171  radical SAM domain-containing protein  40.66 
 
 		 427 aa  307  3e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1676  Elongator protein 3/MiaB/NifB  39.3 
 
 		 426 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.560297  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0061  Radical SAM domain protein  39.86 
 
 		 421 aa  305  8.000000000000001e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000135006  hitchhiker  0.00291545 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0203  Radical SAM domain protein  39.24 
 
 		 511 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.092669 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1952  Radical SAM domain protein  38.28 
 
 		 481 aa  278  1e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000720024  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3389  hypothetical protein  28.49 
 
 		 215 aa  55.1  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000000102267  normal  0.0705776 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0843  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  23.96 
 
 		 418 aa  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5047  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  22.87 
 
 		 353 aa  51.2  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1670  radical SAM domain-containing protein  35.63 
 
 		 339 aa  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0387663  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1524  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 		 337 aa  46.6  0.0009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  26.76 
 
 		 351 aa  46.2  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0597  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.23 
 
 		 348 aa  45.8  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0301  radical SAM family Fe-S protein  28.35 
 
 		 206 aa  46.2  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.239452  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1761  Radical SAM domain protein  23.08 
 
 		 337 aa  44.7  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0383887 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2551  pyruvate formate-lyase activating enzyme-like protein  27.06 
 
 		 354 aa  44.7  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592966  normal  0.73651 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 		 351 aa  44.3  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2107  MoaA/NifB/PqqE family nitrogen fixation protein  23.4 
 
 		 297 aa  44.3  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1555  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.59 
 
 		 348 aa  44.7  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0700995  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0309  Radical SAM domain protein  27.33 
 
 		 197 aa  43.9  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1705  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  21.78 
 
 		 353 aa  43.5  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0133  nitrogen fixation protein  24.05 
 
 		 321 aa  43.5  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  23.86 
 
 		 414 aa  43.5  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0169  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.21 
 
 		 375 aa  43.1  0.009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.280654  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1239  hydrolase, TatD family  28.57 
 
 		 454 aa  43.1  0.01  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>