160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6233 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1576  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  68.39 
 
 
490 aa  666    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4005  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  70.84 
 
 
498 aa  681    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6233  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  100 
 
 
490 aa  1018    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3602  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  72.21 
 
 
498 aa  691    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.95628  normal  0.038494 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4924  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  63.77 
 
 
490 aa  633  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0204  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  60 
 
 
522 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.037885  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  58.37 
 
 
518 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0546  NifB family--FeMo cofactor biosynthesis protein  58.44 
 
 
491 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5904  nitrogenase FeMo cofactor biosynthesis protein NifB  59.28 
 
 
520 aa  565  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3646  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  59.77 
 
 
519 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2197  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  58.23 
 
 
491 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.157561  normal  0.878423 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  60 
 
 
520 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.987458 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0994  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  56.47 
 
 
503 aa  559  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0959  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  59.56 
 
 
518 aa  561  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.438509  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1063  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  60.09 
 
 
519 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1241  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  58.23 
 
 
491 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.420081  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0396  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  57.78 
 
 
527 aa  560  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.452553  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4472  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  59.41 
 
 
518 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1245  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  59.95 
 
 
522 aa  556  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.720089  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1529  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  59.95 
 
 
499 aa  555  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1446  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  59.05 
 
 
531 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756004 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1574  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  60.56 
 
 
531 aa  548  1e-155  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.274095  normal  0.786135 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1404  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  59.59 
 
 
529 aa  546  1e-154  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7742  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  58.19 
 
 
535 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.379245  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4244  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  53.63 
 
 
484 aa  537  1e-151  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3912  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  51.93 
 
 
475 aa  514  1.0000000000000001e-145  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2361  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  54.01 
 
 
495 aa  518  1.0000000000000001e-145  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.968196  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2124  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  52.43 
 
 
483 aa  511  1e-143  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477225 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4133  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  48.97 
 
 
489 aa  503  1e-141  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250662  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5043  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  71.43 
 
 
363 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0411446  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1358  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  50.85 
 
 
479 aa  500  1e-140  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51010  Nitrogenase cofactor biosynthesis protein  58.56 
 
 
503 aa  491  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0231468  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1808  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  52.05 
 
 
491 aa  486  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6871  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  54.43 
 
 
655 aa  485  1e-136  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1780  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  52.05 
 
 
491 aa  486  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1454  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  53.81 
 
 
500 aa  478  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4478  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  53.93 
 
 
527 aa  467  9.999999999999999e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0277889  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3024  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  53.83 
 
 
495 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3202  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  54.44 
 
 
482 aa  448  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1206  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  51.25 
 
 
464 aa  444  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.65726  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0944  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.61 
 
 
469 aa  406  1.0000000000000001e-112  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0409704  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0281  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  59.17 
 
 
351 aa  371  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.144373  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0513  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.3 
 
 
468 aa  356  5.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2814  radical SAM domain-containing protein  49.82 
 
 
299 aa  295  9e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0843  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.8 
 
 
418 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1030  Radical SAM domain protein  46.39 
 
 
304 aa  273  6e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0737  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.48 
 
 
423 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0422  radical SAM domain-containing protein  43.73 
 
 
299 aa  260  4e-68  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.2652  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2622  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37 
 
 
427 aa  260  4e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0665  radical SAM domain-containing protein  44.96 
 
 
297 aa  258  1e-67  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.513594 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1251  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.05 
 
 
423 aa  257  3e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000233074  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1268  radical SAM family Fe-S protein  43.62 
 
 
312 aa  256  6e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.45793  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0133  nitrogen fixation protein  43.84 
 
 
321 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1956  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.58 
 
 
423 aa  252  8.000000000000001e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0679  hypothetical protein  44.48 
 
 
310 aa  252  9.000000000000001e-66  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0654  radical SAM domain-containing protein  46.04 
 
 
303 aa  252  1e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00641861  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0300  Radical SAM domain protein  45.68 
 
 
303 aa  249  7e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.308872 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1634  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  33.79 
 
 
424 aa  248  2e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00241084  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0813  radical SAM family protein  44.09 
 
 
298 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.152673  normal  0.316109 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0678  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.44 
 
 
424 aa  245  9.999999999999999e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0514333  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1758  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  34.13 
 
 
424 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0688077  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1972  radical SAM domain-containing protein  44.81 
 
 
275 aa  244  3.9999999999999997e-63  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.396519  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3098  radical SAM domain-containing protein  38 
 
 
473 aa  242  1e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1535  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  34.32 
 
 
420 aa  241  2e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1011  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  34.95 
 
 
423 aa  241  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.930234  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2083  Radical SAM domain protein  45.49 
 
 
285 aa  238  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0575  Radical SAM domain protein  46.3 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2135  Radical SAM domain protein  44.77 
 
 
285 aa  233  8.000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000451795 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1209  radical SAM domain-containing protein  45.26 
 
 
288 aa  231  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.279615  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4042  radical SAM domain-containing protein  45.59 
 
 
313 aa  230  5e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00822978 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0422  Radical SAM domain protein  45.62 
 
 
273 aa  229  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0069051  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3463  radical SAM domain-containing protein  45.45 
 
 
289 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1148  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB, putative  42.24 
 
 
276 aa  224  2e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1056  Radical SAM domain protein  44.61 
 
 
280 aa  225  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2799  radical SAM domain-containing protein  44.06 
 
 
290 aa  223  6e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1200  radical SAM domain-containing protein  42.8 
 
 
313 aa  222  9e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0681  radical SAM family protein  43.68 
 
 
290 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.414867 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2107  MoaA/NifB/PqqE family nitrogen fixation protein  41.39 
 
 
297 aa  210  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1961  radical SAM domain-containing protein  43.17 
 
 
293 aa  209  8e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0251824  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3054  Radical SAM domain protein  46.95 
 
 
325 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.164409 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0229  radical SAM domain-containing protein  36.49 
 
 
297 aa  204  2e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.819086  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1533  radical SAM domain-containing protein  36.53 
 
 
297 aa  203  5e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1684  radical SAM domain-containing protein  36.14 
 
 
297 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1568  radical SAM family protein  38.38 
 
 
291 aa  200  5e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0917  radical SAM domain-containing protein  37.64 
 
 
297 aa  200  5e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354984  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0586  radical SAM domain-containing protein  37.64 
 
 
318 aa  200  5e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0149  radical SAM domain-containing protein  41.33 
 
 
285 aa  198  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1360  Radical SAM domain protein  38.01 
 
 
318 aa  187  4e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2906  Radical SAM domain protein  38.43 
 
 
296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0796  radical SAM family protein  38.81 
 
 
331 aa  179  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2598  Radical SAM domain protein  37.04 
 
 
307 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0138317  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1610  Radical SAM domain protein  33.09 
 
 
269 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2618  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  32.66 
 
 
419 aa  92.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48700  Metallocluster binding protein of the NafY/NifY/NifX/VnfX family  39.39 
 
 
120 aa  80.1  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3488  dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis  38.2 
 
 
109 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2803  dinitrogenase iron-molybdenum cofactor family protein  38.54 
 
 
109 aa  64.3  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1204  dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  36.73 
 
 
109 aa  64.3  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0673  dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis  37.76 
 
 
109 aa  62.8  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.651625 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2138  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  35.96 
 
 
109 aa  60.8  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2080  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  35.96 
 
 
109 aa  58.9  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>