More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2598 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2598  Radical SAM domain protein  100 
 
 
307 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0138317  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2906  Radical SAM domain protein  75.95 
 
 
296 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0796  radical SAM family protein  64.29 
 
 
331 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1568  radical SAM family protein  51.21 
 
 
291 aa  300  2e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1360  Radical SAM domain protein  48.58 
 
 
318 aa  275  9e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1268  radical SAM family Fe-S protein  43.73 
 
 
312 aa  238  8e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.45793  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0133  nitrogen fixation protein  42.47 
 
 
321 aa  231  9e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0665  radical SAM domain-containing protein  40.59 
 
 
297 aa  231  2e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.513594 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1200  radical SAM domain-containing protein  46.1 
 
 
313 aa  230  3e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0229  radical SAM domain-containing protein  43.28 
 
 
297 aa  229  5e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.819086  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0586  radical SAM domain-containing protein  43.08 
 
 
318 aa  229  5e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4042  radical SAM domain-containing protein  45.94 
 
 
313 aa  228  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00822978 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1684  radical SAM domain-containing protein  42.91 
 
 
297 aa  227  2e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2083  Radical SAM domain protein  43.89 
 
 
285 aa  225  6e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0300  Radical SAM domain protein  39.56 
 
 
303 aa  225  8e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.308872 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1056  Radical SAM domain protein  41.2 
 
 
280 aa  224  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0654  radical SAM domain-containing protein  39.85 
 
 
303 aa  224  1e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00641861  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1209  radical SAM domain-containing protein  44.74 
 
 
288 aa  223  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.279615  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0422  radical SAM domain-containing protein  40.61 
 
 
299 aa  223  3e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.2652  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3463  radical SAM domain-containing protein  44.24 
 
 
289 aa  221  9e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0917  radical SAM domain-containing protein  41.42 
 
 
297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354984  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0422  Radical SAM domain protein  42.75 
 
 
273 aa  220  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0069051  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0813  radical SAM family protein  40.84 
 
 
298 aa  219  5e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.152673  normal  0.316109 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1533  radical SAM domain-containing protein  38.98 
 
 
297 aa  218  1e-55  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2135  Radical SAM domain protein  42.8 
 
 
285 aa  216  4e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000451795 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0679  hypothetical protein  39.46 
 
 
310 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0149  radical SAM domain-containing protein  43.4 
 
 
285 aa  215  8e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1251  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.62 
 
 
423 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000233074  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0681  radical SAM family protein  42.48 
 
 
290 aa  211  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.414867 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2799  radical SAM domain-containing protein  41.67 
 
 
290 aa  209  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2107  MoaA/NifB/PqqE family nitrogen fixation protein  43.56 
 
 
297 aa  209  6e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1030  Radical SAM domain protein  39.72 
 
 
304 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1206  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  41.64 
 
 
464 aa  207  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.65726  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1758  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  40 
 
 
424 aa  206  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0688077  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1148  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB, putative  40.61 
 
 
276 aa  206  4e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0678  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.62 
 
 
424 aa  205  8e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0514333  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2814  radical SAM domain-containing protein  41.42 
 
 
299 aa  205  8e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5904  nitrogenase FeMo cofactor biosynthesis protein NifB  38.87 
 
 
520 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0737  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.7 
 
 
423 aa  203  3e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51010  Nitrogenase cofactor biosynthesis protein  40.74 
 
 
503 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0231468  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4472  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.55 
 
 
518 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1972  radical SAM domain-containing protein  38.26 
 
 
275 aa  201  9.999999999999999e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.396519  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2361  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.6 
 
 
495 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.968196  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3646  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.3 
 
 
519 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1956  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.87 
 
 
423 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0843  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  41.06 
 
 
418 aa  200  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1454  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.85 
 
 
500 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6871  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.71 
 
 
655 aa  199  3.9999999999999996e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0281  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.66 
 
 
351 aa  199  6e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.144373  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0575  Radical SAM domain protein  45.69 
 
 
296 aa  199  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0959  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.65 
 
 
518 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.438509  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1634  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.49 
 
 
424 aa  198  1.0000000000000001e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00241084  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0204  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.4 
 
 
522 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.037885  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.1 
 
 
520 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.987458 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4478  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.71 
 
 
527 aa  196  3e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0277889  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4244  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.92 
 
 
484 aa  195  8.000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0944  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.29 
 
 
469 aa  195  9e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0409704  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3098  radical SAM domain-containing protein  41.57 
 
 
473 aa  195  9e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.1 
 
 
518 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3912  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.1 
 
 
475 aa  195  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1404  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.78 
 
 
529 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1063  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.81 
 
 
519 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3202  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.54 
 
 
482 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0396  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.41 
 
 
527 aa  193  4e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.452553  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1358  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.55 
 
 
479 aa  192  5e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1446  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.03 
 
 
531 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756004 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3054  Radical SAM domain protein  45.32 
 
 
325 aa  192  8e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.164409 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1245  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.69 
 
 
522 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.720089  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1529  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.69 
 
 
499 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7742  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  41.11 
 
 
535 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.379245  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2622  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  40.46 
 
 
427 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1574  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.92 
 
 
531 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.274095  normal  0.786135 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1535  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.39 
 
 
420 aa  186  4e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2124  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.44 
 
 
483 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477225 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4133  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.46 
 
 
489 aa  186  5e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250662  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3024  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  41.92 
 
 
495 aa  185  7e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1780  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  34.43 
 
 
491 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1808  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  34.43 
 
 
491 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0513  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.65 
 
 
468 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3602  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.43 
 
 
498 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.95628  normal  0.038494 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1011  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.25 
 
 
423 aa  181  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.930234  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4005  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.93 
 
 
498 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0994  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.15 
 
 
503 aa  179  7e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1576  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.97 
 
 
490 aa  179  7e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2197  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.46 
 
 
491 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.157561  normal  0.878423 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0546  NifB family--FeMo cofactor biosynthesis protein  36.46 
 
 
491 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1241  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.82 
 
 
491 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.420081  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6233  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.04 
 
 
490 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1961  radical SAM domain-containing protein  40.75 
 
 
293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0251824  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5043  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.9 
 
 
363 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0411446  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4924  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.16 
 
 
490 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1610  Radical SAM domain protein  30.68 
 
 
269 aa  151  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2618  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  32.72 
 
 
419 aa  99.4  7e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1486  radical SAM family protein  28.22 
 
 
292 aa  68.9  0.00000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2190  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.69 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0240  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.48 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1203  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.63 
 
 
308 aa  63.9  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0597  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.37 
 
 
348 aa  63.2  0.000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0882  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.85 
 
 
323 aa  62  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1915  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.24 
 
 
321 aa  60.1  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>