294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1956 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0678  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  80.24 
 
 
424 aa  704    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0514333  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1535  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  74.76 
 
 
420 aa  667    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1251  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  77.54 
 
 
423 aa  702    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000233074  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1634  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  70.39 
 
 
424 aa  635    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00241084  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1956  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  100 
 
 
423 aa  876    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0737  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  84.63 
 
 
423 aa  731    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1758  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  70.39 
 
 
424 aa  622  1e-177  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0688077  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1011  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  50.83 
 
 
423 aa  463  1e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.930234  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2622  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  50.13 
 
 
427 aa  412  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0843  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  48.48 
 
 
418 aa  402  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3098  radical SAM domain-containing protein  43.02 
 
 
473 aa  379  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1358  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.37 
 
 
479 aa  312  7.999999999999999e-84  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3912  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.98 
 
 
475 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2361  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.28 
 
 
495 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.968196  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4133  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.64 
 
 
489 aa  302  6.000000000000001e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250662  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2124  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.9 
 
 
483 aa  301  1e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477225 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4244  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.57 
 
 
484 aa  298  1e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5904  nitrogenase FeMo cofactor biosynthesis protein NifB  38.16 
 
 
520 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1780  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.66 
 
 
491 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1808  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.66 
 
 
491 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4472  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.46 
 
 
518 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0204  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.16 
 
 
522 aa  293  3e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.037885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0959  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  39.18 
 
 
518 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.438509  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1972  radical SAM domain-containing protein  45.86 
 
 
275 aa  290  4e-77  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.396519  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.36 
 
 
518 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0513  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.29 
 
 
468 aa  289  6e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1245  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.17 
 
 
522 aa  288  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.720089  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1529  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.17 
 
 
499 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1206  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.7 
 
 
464 aa  288  2e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.65726  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1063  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.46 
 
 
519 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.68 
 
 
520 aa  286  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.987458 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1574  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.09 
 
 
531 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.274095  normal  0.786135 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0944  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.05 
 
 
469 aa  285  1.0000000000000001e-75  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0409704  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3646  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  38.16 
 
 
519 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51010  Nitrogenase cofactor biosynthesis protein  37.25 
 
 
503 aa  283  3.0000000000000004e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0231468  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0654  radical SAM domain-containing protein  46.59 
 
 
303 aa  282  7.000000000000001e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00641861  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3202  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.43 
 
 
482 aa  282  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0396  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.93 
 
 
527 aa  282  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.452553  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1268  radical SAM family Fe-S protein  48.69 
 
 
312 aa  279  6e-74  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.45793  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4478  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.28 
 
 
527 aa  277  2e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0277889  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6871  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  37.56 
 
 
655 aa  277  2e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1404  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.45 
 
 
529 aa  276  6e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1454  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.51 
 
 
500 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0575  Radical SAM domain protein  46.04 
 
 
296 aa  272  7e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1446  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.17 
 
 
531 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756004 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0665  radical SAM domain-containing protein  47.37 
 
 
297 aa  271  2e-71  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.513594 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7742  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.3 
 
 
535 aa  268  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.379245  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0133  nitrogen fixation protein  47.19 
 
 
321 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0422  radical SAM domain-containing protein  46.24 
 
 
299 aa  266  7e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.2652  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1961  radical SAM domain-containing protein  44.4 
 
 
293 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0251824  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4005  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.63 
 
 
498 aa  264  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0994  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.22 
 
 
503 aa  263  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0679  hypothetical protein  46.67 
 
 
310 aa  263  4.999999999999999e-69  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1576  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.19 
 
 
490 aa  262  6.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4042  radical SAM domain-containing protein  45.15 
 
 
313 aa  260  4e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00822978 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3024  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  34.51 
 
 
495 aa  259  9e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1209  radical SAM domain-containing protein  46.47 
 
 
288 aa  258  9e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.279615  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0813  radical SAM family protein  45.22 
 
 
298 aa  258  1e-67  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.152673  normal  0.316109 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3602  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  36.17 
 
 
498 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.95628  normal  0.038494 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2799  radical SAM domain-containing protein  43.99 
 
 
290 aa  256  8e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1200  radical SAM domain-containing protein  43.66 
 
 
313 aa  255  9e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2197  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.25 
 
 
491 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.157561  normal  0.878423 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0546  NifB family--FeMo cofactor biosynthesis protein  35.25 
 
 
491 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0300  Radical SAM domain protein  43.61 
 
 
303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.308872 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1241  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.01 
 
 
491 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.420081  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2814  radical SAM domain-containing protein  41.76 
 
 
299 aa  252  9.000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6233  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.58 
 
 
490 aa  252  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0681  radical SAM family protein  42.59 
 
 
290 aa  251  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.414867 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0281  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  41.28 
 
 
351 aa  249  9e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.144373  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3054  Radical SAM domain protein  46.15 
 
 
325 aa  248  1e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.164409 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0149  radical SAM domain-containing protein  42.65 
 
 
285 aa  248  2e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3463  radical SAM domain-containing protein  44.49 
 
 
289 aa  248  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1030  Radical SAM domain protein  43.59 
 
 
304 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2107  MoaA/NifB/PqqE family nitrogen fixation protein  44.24 
 
 
297 aa  246  6.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1148  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB, putative  42.86 
 
 
276 aa  245  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4924  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  35.21 
 
 
490 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0229  radical SAM domain-containing protein  43.4 
 
 
297 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.819086  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0917  radical SAM domain-containing protein  43.66 
 
 
297 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354984  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1684  radical SAM domain-containing protein  43.77 
 
 
297 aa  239  8e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2083  Radical SAM domain protein  42.59 
 
 
285 aa  238  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2135  Radical SAM domain protein  41.48 
 
 
285 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000451795 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1533  radical SAM domain-containing protein  42.64 
 
 
297 aa  231  2e-59  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5043  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  40.4 
 
 
363 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0411446  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0586  radical SAM domain-containing protein  39.33 
 
 
318 aa  230  4e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1568  radical SAM family protein  41.83 
 
 
291 aa  229  6e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0422  Radical SAM domain protein  40.67 
 
 
273 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0069051  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1056  Radical SAM domain protein  42.59 
 
 
280 aa  227  3e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2906  Radical SAM domain protein  40.75 
 
 
296 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1360  Radical SAM domain protein  40.15 
 
 
318 aa  211  3e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2618  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  34.94 
 
 
419 aa  205  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0796  radical SAM family protein  38.87 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2598  Radical SAM domain protein  38.87 
 
 
307 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0138317  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1610  Radical SAM domain protein  35.85 
 
 
269 aa  178  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1151  dinitrogenase iron-molybdenum cofactor NifB/Y/X family protein  41.67 
 
 
134 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0839  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  39.45 
 
 
113 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1269  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.14 
 
 
344 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00918784  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20010  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  26.11 
 
 
338 aa  64.3  0.000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0117672 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0058  dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  33.33 
 
 
106 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0199747  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0240  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.21 
 
 
330 aa  62.4  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0105  dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  31.25 
 
 
106 aa  60.1  0.00000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.314032  normal  0.119899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>