More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_3054 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_3054  Radical SAM domain protein  100 
 
 
325 aa  626  1e-178  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.164409 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0575  Radical SAM domain protein  59.12 
 
 
296 aa  305  8.000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1011  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  53.93 
 
 
423 aa  300  3e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.930234  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0737  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.37 
 
 
423 aa  289  5.0000000000000004e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0843  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  53.41 
 
 
418 aa  286  4e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1251  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.97 
 
 
423 aa  285  7e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000233074  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2622  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  56.11 
 
 
427 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0678  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.6 
 
 
424 aa  280  2e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0514333  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1972  radical SAM domain-containing protein  48.11 
 
 
275 aa  280  3e-74  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.396519  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3098  radical SAM domain-containing protein  55.47 
 
 
473 aa  278  7e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1634  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.35 
 
 
424 aa  275  7e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00241084  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1956  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.86 
 
 
423 aa  273  3e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1961  radical SAM domain-containing protein  56.39 
 
 
293 aa  273  3e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0251824  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1758  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.13 
 
 
424 aa  271  8.000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0688077  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2814  radical SAM domain-containing protein  46.62 
 
 
299 aa  263  3e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0665  radical SAM domain-containing protein  45.66 
 
 
297 aa  262  6.999999999999999e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.513594 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3202  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  54.64 
 
 
482 aa  258  8e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3646  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.41 
 
 
519 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  48.52 
 
 
520 aa  256  5e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.987458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5904  nitrogenase FeMo cofactor biosynthesis protein NifB  48.52 
 
 
520 aa  255  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1535  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.6 
 
 
420 aa  255  8e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1030  Radical SAM domain protein  46.04 
 
 
304 aa  255  9e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0513  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  51.49 
 
 
468 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0300  Radical SAM domain protein  47.55 
 
 
303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.308872 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3912  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.04 
 
 
475 aa  253  3e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6871  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  48.91 
 
 
655 aa  253  3e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4478  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  48.54 
 
 
527 aa  253  3e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0277889  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1454  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.39 
 
 
500 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0654  radical SAM domain-containing protein  45.86 
 
 
303 aa  252  8.000000000000001e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00641861  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3463  radical SAM domain-containing protein  50.74 
 
 
289 aa  251  9.000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2124  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.41 
 
 
483 aa  251  9.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477225 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1268  radical SAM family Fe-S protein  44.53 
 
 
312 aa  251  1e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.45793  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1206  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  48.88 
 
 
464 aa  251  1e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.65726  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4472  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.41 
 
 
518 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1209  radical SAM domain-containing protein  49.44 
 
 
288 aa  250  3e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.279615  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2107  MoaA/NifB/PqqE family nitrogen fixation protein  52.99 
 
 
297 aa  249  4e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1358  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.3 
 
 
479 aa  249  4e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1245  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.04 
 
 
522 aa  249  4e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.720089  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1529  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.04 
 
 
499 aa  249  5e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1063  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.04 
 
 
519 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0204  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.3 
 
 
522 aa  248  9e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.037885  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0944  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.15 
 
 
469 aa  247  2e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0409704  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51010  Nitrogenase cofactor biosynthesis protein  47.04 
 
 
503 aa  246  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0231468  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0396  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.35 
 
 
527 aa  246  4e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.452553  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.04 
 
 
518 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4244  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.09 
 
 
484 aa  245  8e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2361  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.13 
 
 
495 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.968196  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1808  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.56 
 
 
491 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0679  hypothetical protein  45.66 
 
 
310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1780  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.56 
 
 
491 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0281  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  50 
 
 
351 aa  243  3e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.144373  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1446  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.41 
 
 
531 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756004 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4133  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.99 
 
 
489 aa  240  2e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250662  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0422  radical SAM domain-containing protein  46.01 
 
 
299 aa  241  2e-62  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.2652  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0959  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.93 
 
 
518 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.438509  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0133  nitrogen fixation protein  44.91 
 
 
321 aa  239  5e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2083  Radical SAM domain protein  45.76 
 
 
285 aa  238  9e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0681  radical SAM family protein  47.64 
 
 
290 aa  238  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.414867 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0994  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  48.88 
 
 
503 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1148  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB, putative  47.06 
 
 
276 aa  236  4e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0813  radical SAM family protein  43.02 
 
 
298 aa  236  4e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.152673  normal  0.316109 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0149  radical SAM domain-containing protein  51.71 
 
 
285 aa  236  5.0000000000000005e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0546  NifB family--FeMo cofactor biosynthesis protein  47.86 
 
 
491 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2906  Radical SAM domain protein  48.88 
 
 
296 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2197  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.86 
 
 
491 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.157561  normal  0.878423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2799  radical SAM domain-containing protein  48.9 
 
 
290 aa  235  8e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2135  Radical SAM domain protein  46.13 
 
 
285 aa  235  9e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000451795 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1241  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  48.21 
 
 
491 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.420081  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1404  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.19 
 
 
529 aa  233  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0422  Radical SAM domain protein  48.68 
 
 
273 aa  233  3e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0069051  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1200  radical SAM domain-containing protein  47.43 
 
 
313 aa  231  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7742  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.27 
 
 
535 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.379245  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3024  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  50 
 
 
495 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1576  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.52 
 
 
490 aa  229  7e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5043  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.36 
 
 
363 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0411446  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3602  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.32 
 
 
498 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.95628  normal  0.038494 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4042  radical SAM domain-containing protein  45.3 
 
 
313 aa  226  3e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00822978 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1574  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.96 
 
 
531 aa  226  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.274095  normal  0.786135 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6233  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.41 
 
 
490 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4924  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.01 
 
 
490 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4005  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.64 
 
 
498 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0796  radical SAM family protein  48.87 
 
 
331 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1568  radical SAM family protein  40.86 
 
 
291 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1056  Radical SAM domain protein  44.32 
 
 
280 aa  217  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0229  radical SAM domain-containing protein  40.58 
 
 
297 aa  207  3e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.819086  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1684  radical SAM domain-containing protein  40.58 
 
 
297 aa  205  8e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1360  Radical SAM domain protein  43.61 
 
 
318 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0586  radical SAM domain-containing protein  37.87 
 
 
318 aa  202  5e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1533  radical SAM domain-containing protein  38.41 
 
 
297 aa  199  6e-50  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0917  radical SAM domain-containing protein  38.35 
 
 
297 aa  196  5.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354984  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2598  Radical SAM domain protein  45.22 
 
 
307 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0138317  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1610  Radical SAM domain protein  31.2 
 
 
269 aa  169  5e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2618  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  42.26 
 
 
419 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1230  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.72 
 
 
361 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0359079 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1269  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.18 
 
 
344 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00918784  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2372  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.5 
 
 
341 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.760376  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1990  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.9 
 
 
335 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0159  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.08 
 
 
322 aa  63.2  0.000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000610838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1354  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.62 
 
 
326 aa  62.8  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.935737  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2231  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.94 
 
 
345 aa  62  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.813022  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>