More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2083 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2083  Radical SAM domain protein  100 
 
 
285 aa  587  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2135  Radical SAM domain protein  92.98 
 
 
285 aa  551  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000451795 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2799  radical SAM domain-containing protein  73.93 
 
 
290 aa  447  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1209  radical SAM domain-containing protein  73.84 
 
 
288 aa  444  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.279615  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0681  radical SAM family protein  75.82 
 
 
290 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.414867 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3463  radical SAM domain-containing protein  71.07 
 
 
289 aa  432  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0422  Radical SAM domain protein  65.2 
 
 
273 aa  409  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0069051  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1268  radical SAM family Fe-S protein  54.95 
 
 
312 aa  322  6e-87  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.45793  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0133  nitrogen fixation protein  51.66 
 
 
321 aa  310  2e-83  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0300  Radical SAM domain protein  54.15 
 
 
303 aa  308  9e-83  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.308872 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0422  radical SAM domain-containing protein  52.55 
 
 
299 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.2652  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0813  radical SAM family protein  51.46 
 
 
298 aa  298  5e-80  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.152673  normal  0.316109 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2107  MoaA/NifB/PqqE family nitrogen fixation protein  51.28 
 
 
297 aa  296  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0654  radical SAM domain-containing protein  50.54 
 
 
303 aa  290  2e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00641861  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0679  hypothetical protein  50.36 
 
 
310 aa  289  3e-77  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1056  Radical SAM domain protein  53.05 
 
 
280 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1148  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB, putative  52.63 
 
 
276 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1200  radical SAM domain-containing protein  48.67 
 
 
313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4042  radical SAM domain-containing protein  47.96 
 
 
313 aa  281  1e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00822978 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0665  radical SAM domain-containing protein  48.35 
 
 
297 aa  280  2e-74  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.513594 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0149  radical SAM domain-containing protein  48.16 
 
 
285 aa  275  7e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0204  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.95 
 
 
522 aa  264  1e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.037885  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2622  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  49.27 
 
 
427 aa  264  1e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5904  nitrogenase FeMo cofactor biosynthesis protein NifB  45.88 
 
 
520 aa  262  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0396  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.24 
 
 
527 aa  262  4.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.452553  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3646  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.24 
 
 
519 aa  261  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1206  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.64 
 
 
464 aa  260  2e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.65726  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.52 
 
 
520 aa  259  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.987458 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0229  radical SAM domain-containing protein  48.5 
 
 
297 aa  259  4e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.819086  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0917  radical SAM domain-containing protein  47.58 
 
 
297 aa  258  7e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354984  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5111  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.88 
 
 
518 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1245  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.44 
 
 
522 aa  257  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.720089  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1529  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.44 
 
 
499 aa  257  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2814  radical SAM domain-containing protein  46.21 
 
 
299 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1684  radical SAM domain-containing protein  47.74 
 
 
297 aa  257  2e-67  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4472  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.44 
 
 
518 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6871  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  47.39 
 
 
655 aa  256  3e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1358  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.71 
 
 
479 aa  255  7e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4478  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.55 
 
 
527 aa  254  9e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0277889  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3912  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.01 
 
 
475 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0959  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.8 
 
 
518 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.438509  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1063  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.13 
 
 
519 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0513  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  46.4 
 
 
468 aa  251  8.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0586  radical SAM domain-containing protein  45.19 
 
 
318 aa  251  1e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0843  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.62 
 
 
418 aa  250  2e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1030  Radical SAM domain protein  46.21 
 
 
304 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1533  radical SAM domain-containing protein  45.19 
 
 
297 aa  249  5e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4244  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.36 
 
 
484 aa  248  7e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1535  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.56 
 
 
420 aa  246  4e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1404  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.52 
 
 
529 aa  246  4e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1454  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.09 
 
 
500 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0944  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.89 
 
 
469 aa  244  9.999999999999999e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0409704  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1360  Radical SAM domain protein  45.52 
 
 
318 aa  243  3e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5043  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.42 
 
 
363 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0411446  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3602  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.77 
 
 
498 aa  242  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.95628  normal  0.038494 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1251  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.44 
 
 
423 aa  241  7.999999999999999e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000233074  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0994  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.86 
 
 
503 aa  241  9e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2124  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.4 
 
 
483 aa  241  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477225 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1446  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.09 
 
 
531 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756004 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1574  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.73 
 
 
531 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.274095  normal  0.786135 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0678  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.49 
 
 
424 aa  241  1e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0514333  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1956  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.59 
 
 
423 aa  238  5.999999999999999e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3202  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.37 
 
 
482 aa  238  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0737  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.22 
 
 
423 aa  238  8e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6233  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  45.49 
 
 
490 aa  238  9e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2361  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.68 
 
 
495 aa  237  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.968196  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7742  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.09 
 
 
535 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.379245  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2906  Radical SAM domain protein  43.12 
 
 
296 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0281  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.64 
 
 
351 aa  236  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.144373  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1568  radical SAM family protein  43.22 
 
 
291 aa  236  4e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1972  radical SAM domain-containing protein  44.61 
 
 
275 aa  236  4e-61  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.396519  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4005  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.68 
 
 
498 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1634  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  41.95 
 
 
424 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00241084  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0546  NifB family--FeMo cofactor biosynthesis protein  43.01 
 
 
491 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2197  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.01 
 
 
491 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.157561  normal  0.878423 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1758  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.38 
 
 
424 aa  231  7.000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0688077  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1808  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.75 
 
 
491 aa  231  8.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1780  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.75 
 
 
491 aa  231  8.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4133  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.68 
 
 
489 aa  231  1e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250662  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51010  Nitrogenase cofactor biosynthesis protein  42.55 
 
 
503 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0231468  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1576  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  41.99 
 
 
490 aa  230  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3024  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  44.53 
 
 
495 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1241  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.65 
 
 
491 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.420081  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4924  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  42.75 
 
 
490 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0796  radical SAM family protein  44.27 
 
 
331 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1011  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  43.66 
 
 
423 aa  222  4e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.930234  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3054  Radical SAM domain protein  46.36 
 
 
325 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.164409 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3098  radical SAM domain-containing protein  40.51 
 
 
473 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0575  Radical SAM domain protein  42.96 
 
 
296 aa  218  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2598  Radical SAM domain protein  43.89 
 
 
307 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0138317  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1961  radical SAM domain-containing protein  42.7 
 
 
293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0251824  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1610  Radical SAM domain protein  34.46 
 
 
269 aa  158  8e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2618  Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein  29.69 
 
 
419 aa  102  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1762  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.71 
 
 
333 aa  68.2  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.114768 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0951  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.78 
 
 
338 aa  68.2  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1269  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.74 
 
 
344 aa  67  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00918784  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7063  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.1 
 
 
374 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00651561  normal  0.935573 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0322  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.23 
 
 
298 aa  66.2  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1486  radical SAM family protein  29.18 
 
 
292 aa  65.5  0.0000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0373  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.11 
 
 
323 aa  65.5  0.0000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>