More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3134 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1780  dihydrolipoamide dehydrogenase  79.52 
 
 
460 aa  714    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00606157  normal  0.191358 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3134  dihydrolipoamide dehydrogenase  100 
 
 
460 aa  911    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.011293  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3360  dihydrolipoamide dehydrogenase  73.29 
 
 
459 aa  650    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0595207  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1270  dihydrolipoamide dehydrogenase  71.81 
 
 
459 aa  656    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.211526  normal  0.789259 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0936  dihydrolipoamide dehydrogenase  73.39 
 
 
459 aa  647    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.05659  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0944  dihydrolipoamide dehydrogenase  72.21 
 
 
458 aa  625  1e-178  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0941075  normal  0.125714 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2645  alpha keto acid dehydrogenase complex, E3 component, lipoamide dehydrogenase  67.84 
 
 
459 aa  625  1e-178  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0617764  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1830  dihydrolipoamide dehydrogenase  67.25 
 
 
466 aa  626  1e-178  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803775  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0994  dihydrolipoamide dehydrogenase  68.05 
 
 
459 aa  607  9.999999999999999e-173  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.000667663  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2304  dihydrolipoamide dehydrogenase  67.92 
 
 
459 aa  594  1e-168  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.903569  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3278  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.14 
 
 
477 aa  586  1e-166  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.355374  normal  0.178239 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1351  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.08 
 
 
456 aa  582  1.0000000000000001e-165  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4199  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.47 
 
 
461 aa  576  1.0000000000000001e-163  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0596689  normal  0.0231786 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3092  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.43 
 
 
463 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00347569  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3551  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.78 
 
 
462 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.324382  normal  0.104142 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3319  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.23 
 
 
481 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15470  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.82 
 
 
461 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.33518  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2100  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.27 
 
 
460 aa  570  1e-161  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.243913  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1475  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.91 
 
 
461 aa  565  1e-160  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.301325  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10500  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.81 
 
 
457 aa  555  1e-157  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.107097  normal  0.115157 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16340  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.56 
 
 
458 aa  537  1e-151  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0637268  normal  0.367355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1612  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.87 
 
 
460 aa  537  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.0020481  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1606  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.43 
 
 
460 aa  534  1e-150  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000137616 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1865  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.89 
 
 
458 aa  532  1e-150  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00112442  decreased coverage  0.000152881 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4469  dihydrolipoamide dehydrogenase  58.94 
 
 
455 aa  515  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4300  dihydrolipoamide dehydrogenase  58.94 
 
 
455 aa  515  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.943446  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4200  dihydrolipoamide dehydrogenase  58.94 
 
 
455 aa  515  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1863  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.39 
 
 
469 aa  513  1e-144  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13320  dihydrolipoamide dehydrogenase  54.13 
 
 
459 aa  474  1e-132  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00904125  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16430  dihydrolipoamide dehydrogenase  55.03 
 
 
467 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1128  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.67 
 
 
470 aa  347  3e-94  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.025111 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1086  dihydrolipoyl dehydrogenase (dihydrolipoamide dehydrogenase)  42.92 
 
 
464 aa  346  4e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.912162  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4304  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.52 
 
 
471 aa  342  8e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4513  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.65 
 
 
465 aa  341  1e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0173943  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4108  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.51 
 
 
466 aa  339  5.9999999999999996e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.181045  normal  0.0667058 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2857  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.4 
 
 
473 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4068  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.4 
 
 
473 aa  332  1e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3906  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.4 
 
 
473 aa  332  1e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3915  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.4 
 
 
473 aa  332  1e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.616169  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4293  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.4 
 
 
473 aa  332  1e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00988319  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4385  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.4 
 
 
473 aa  332  1e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4183  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.4 
 
 
473 aa  332  1e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000040405 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12463  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.27 
 
 
462 aa  332  1e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.931129  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4235  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.4 
 
 
473 aa  330  2e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4273  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.19 
 
 
473 aa  329  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0515  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.04 
 
 
463 aa  329  6e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.023508  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0961  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.19 
 
 
473 aa  329  7e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0328165 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0264  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.76 
 
 
473 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4004  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.9 
 
 
473 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.617077  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2306  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.25 
 
 
473 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4676  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.83 
 
 
462 aa  318  1e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6263  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.35 
 
 
468 aa  318  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.202471 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2549  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.79 
 
 
471 aa  317  3e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3705  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.04 
 
 
468 aa  315  9.999999999999999e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.215491 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1456  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.22 
 
 
463 aa  314  1.9999999999999998e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3003  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.41 
 
 
471 aa  314  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2155  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.83 
 
 
465 aa  313  2.9999999999999996e-84  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3995  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.08 
 
 
465 aa  312  9e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0162306  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3138  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.74 
 
 
465 aa  310  4e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5752  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.97 
 
 
466 aa  307  2.0000000000000002e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2104  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.34 
 
 
471 aa  306  6e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0884852  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1237  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.65 
 
 
465 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319499  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1972  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.17 
 
 
474 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1365  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.13 
 
 
465 aa  300  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0890108  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5367  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.3 
 
 
467 aa  298  1e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.352154  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0717  dihydrolipoamide dehydrogenase  44.25 
 
 
459 aa  297  2e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.277334  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0507  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.83 
 
 
464 aa  297  3e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0745  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.51 
 
 
461 aa  296  4e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1945  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.38 
 
 
459 aa  295  9e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.341599  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1745  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.27 
 
 
476 aa  295  9e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00176702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0550  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.87 
 
 
467 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00865571  normal  0.262982 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1432  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.48 
 
 
476 aa  295  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21637  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0425  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.15 
 
 
467 aa  294  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3001  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.34 
 
 
462 aa  294  2e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0472874  normal  0.642083 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0274  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.01 
 
 
467 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.499041  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0398  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.36 
 
 
467 aa  294  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.175439 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1978  hypothetical protein  36.09 
 
 
462 aa  295  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0365  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.9 
 
 
458 aa  293  3e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1392  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.05 
 
 
476 aa  293  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1486  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.05 
 
 
476 aa  293  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.975022  hitchhiker  0.00623097 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4651  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.05 
 
 
476 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183592  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1030  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.05 
 
 
476 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.784148  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1510  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.05 
 
 
476 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.647996  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0881  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  38.13 
 
 
585 aa  291  2e-77  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1130  dihydrolipoamide dehydrogenase  39.01 
 
 
466 aa  290  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.392309  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1752  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.42 
 
 
476 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2493  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.28 
 
 
472 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.43654  normal  0.597636 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0537  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.28 
 
 
480 aa  290  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1774  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.42 
 
 
476 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2810  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.65 
 
 
476 aa  290  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0361111  normal  0.13581 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0608  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.4 
 
 
458 aa  289  8e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2554  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.42 
 
 
476 aa  289  9e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.40022  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0026  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.92 
 
 
563 aa  288  1e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000184744  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3769  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.92 
 
 
562 aa  288  1e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0551  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.91 
 
 
464 aa  288  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1296  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.83 
 
 
463 aa  288  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1945  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.49 
 
 
470 aa  288  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.605056  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3609  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.68 
 
 
469 aa  288  2e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40318  normal  0.0347499 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3815  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.13 
 
 
468 aa  287  2e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.585527  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2120  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.74 
 
 
481 aa  288  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>