More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2897 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2897  small multidrug resistance protein  100 
 
 		 104 aa  205  2e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.904986 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1095  SMR drug efflux transporter  52.08 
 
 		 108 aa  99.4  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.1863  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1102  small multidrug resistance protein  50.52 
 
 		 107 aa  97.8  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4755  small multidrug resistance protein  52.58 
 
 		 136 aa  97.8  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.504307  normal  0.07446 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1863  small multidrug resistance protein  44 
 
 		 123 aa  93.2  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38630  cation/cationic drug transporter  46.46 
 
 		 108 aa  89.7  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1319  small multidrug resistance protein  48.98 
 
 		 106 aa  85.1  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0145783  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2259  small multidrug resistance protein  45.26 
 
 		 110 aa  84.7  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.646833  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3353  small multidrug resistance protein  43.62 
 
 		 106 aa  84.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0172  small multidrug resistance protein  47.47 
 
 		 111 aa  84.3  6e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.644659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2328  small multidrug resistance protein  40.62 
 
 		 113 aa  81.3  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1177  small multidrug resistance protein  39.8 
 
 		 109 aa  80.9  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000160416  normal  0.247056 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0339  small multidrug resistance protein  41.41 
 
 		 111 aa  80.9  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0627  small multidrug resistance protein  45.54 
 
 		 109 aa  80.5  0.000000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0987  small multidrug resistance efflux protein  40.19 
 
 		 107 aa  79.7  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.25874  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1088  small multidrug resistance protein  39.58 
 
 		 109 aa  79.3  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3093  SMR family multidrug efflux pump  38.32 
 
 		 120 aa  79  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.112708  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0928  quaternary ammonium compound-resistance protein  40 
 
 		 110 aa  78.6  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.117588  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0921  quaternary ammonium compound-resistance protein  40 
 
 		 110 aa  78.6  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476665  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0708  multidrug resistance protein  39.39 
 
 		 110 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.500426  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3323  multidrug resistance protein, Smr family  37.38 
 
 		 120 aa  78.2  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3325  multidrug resistance protein, Smr family  37.86 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1719  small multidrug resistance protein  44.79 
 
 		 116 aa  77  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241026 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3107  SMR family multidrug efflux pump  37.86 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841001  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3353  SMR family multidrug efflux pump  37.86 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3312  SMR family multidrug efflux pump  38.95 
 
 		 120 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.464243  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0807  small multidrug resistance protein  40.82 
 
 		 109 aa  76.3  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3077  small multidrug resistance protein  38.95 
 
 		 106 aa  76.3  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4585  small multidrug resistance protein  52 
 
 		 110 aa  75.5  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.631388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3289  small multidrug resistance protein  37.62 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4202  small multidrug resistance protein  40 
 
 		 105 aa  75.1  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2779  multidrug resistance protein  33.68 
 
 		 110 aa  74.7  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2235  small multidrug resistance protein  35.29 
 
 		 106 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8161  small multidrug resistance protein  38 
 
 		 114 aa  74.3  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.32554 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3312  small multidrug resistance protein  40.21 
 
 		 106 aa  73.6  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0627719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0774  SMR family multidrug efflux pump  40 
 
 		 112 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15362  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1245  SMR family multidrug efflux pump  40 
 
 		 112 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1984  SMR family multidrug efflux pump  40 
 
 		 112 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1730  SMR family multidrug efflux pump  40 
 
 		 112 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0388  SMR family multidrug efflux pump  40 
 
 		 112 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1815  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  40 
 
 		 112 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.701999  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1832  quaternary ammonium compound-resistance protein QacE  40 
 
 		 112 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.935098  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0455  multidrug resistance protein SugE, putative  43.16 
 
 		 105 aa  73.2  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0657  small multidrug resistance protein  40.43 
 
 		 113 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2325  small multidrug resistance protein  35.42 
 
 		 107 aa  73.2  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1236  small multidrug resistance protein  39.36 
 
 		 109 aa  73.2  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4057  small multidrug resistance protein  39.36 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.797471  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0730  small multidrug resistance protein  37 
 
 		 107 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2410  small multidrug resistance protein  39.8 
 
 		 111 aa  72  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4701  small multidrug resistance protein  40 
 
 		 112 aa  72  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1398  small multidrug resistance protein  36 
 
 		 106 aa  71.6  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2505  SMR family multidrug efflux pump  38.95 
 
 		 112 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5038  small multidrug resistance protein  35.79 
 
 		 111 aa  71.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0352813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1535  small multidrug resistance protein  40 
 
 		 112 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2731  small multidrug resistance protein  38.14 
 
 		 108 aa  71.2  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000850052  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1079  small multidrug resistance protein  40 
 
 		 112 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1559  small multidrug resistance protein  40 
 
 		 112 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219332  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6952  small multidrug resistance protein  45.26 
 
 		 109 aa  71.2  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0883  small multidrug resistance protein  36.84 
 
 		 110 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.034297 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1027  small multidrug resistance protein  36.84 
 
 		 110 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.927874  normal  0.0571856 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2512  small multidrug resistance protein  37.62 
 
 		 108 aa  70.9  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.890082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0802  quaternary ammonium compound-resistance protein  33.33 
 
 		 108 aa  70.5  0.000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1141  small multidrug resistance protein  35.71 
 
 		 105 aa  70.5  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.564702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1313  small multidrug resistance protein  35.71 
 
 		 106 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.177322 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2802  multidrug resistance protein, SMR family  36.27 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2428  small multidrug resistance protein  36.27 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0107845  hitchhiker  0.000083233 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1476  SMR drug efflux transporter  43.75 
 
 		 108 aa  70.1  0.000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04020  multidrug efflux system protein  33.67 
 
 		 105 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3842  small multidrug resistance protein  33.67 
 
 		 155 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4681  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  33.67 
 
 		 105 aa  69.7  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3862  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  33.67 
 
 		 105 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.131807 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4620  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  33.67 
 
 		 105 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0974286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5837  quaternary ammonium compound-resistance protein sugE  35 
 
 		 108 aa  70.1  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5069  small multidrug resistance protein  38.24 
 
 		 107 aa  69.7  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03982  hypothetical protein  33.67 
 
 		 105 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4392  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  33.67 
 
 		 105 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5667  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  33.67 
 
 		 105 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0511297 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4708  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  33.67 
 
 		 105 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0707  sugE protein  32.65 
 
 		 106 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.411222  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2083  small multidrug resistance protein  39.13 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000894022  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2330  small multidrug resistance protein  43.04 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0281  small multidrug resistance protein  36.27 
 
 		 105 aa  68.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1403  small multidrug resistance protein  34.69 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0526825  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1481  small multidrug resistance protein  37.89 
 
 		 112 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.545995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0796  small multidrug resistance protein  36.56 
 
 		 107 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3008  small multidrug resistance protein  37.23 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1392  small multidrug resistance protein  33.67 
 
 		 106 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0308  small multidrug resistance protein  30 
 
 		 107 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0982  small multidrug resistance protein  35.56 
 
 		 105 aa  68.6  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.900184  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1460  small multidrug resistance protein  37.89 
 
 		 112 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1397  small multidrug resistance protein  33.33 
 
 		 106 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0118337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1672  small multidrug resistance protein  33.33 
 
 		 106 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.737958  normal  0.915426 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1617  small multidrug resistance protein  32.63 
 
 		 110 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0307  small multidrug resistance protein  29.29 
 
 		 107 aa  67.8  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2692  small multidrug resistance protein  45.36 
 
 		 106 aa  67.8  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1673  small multidrug resistance protein  38.95 
 
 		 112 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.107144 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3259  small multidrug resistance protein  37.23 
 
 		 113 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.318162 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0601  small multidrug resistance protein  37.62 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.94236  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3247  small multidrug efflux pump  33.67 
 
 		 106 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2257  small multidrug resistance protein  31.58 
 
 		 110 aa  67.4  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.709004  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>