More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0580 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_29780  translation elongation factor 1A (EF-1A/EF-Tu)  80.35 
 
 		 396 aa  660    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.573725 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2692  elongation factor Tu  79.09 
 
 		 396 aa  646    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.487048 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6051  elongation factor Tu  96.73 
 
 		 397 aa  746    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.198403  normal  0.396578 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2648  elongation factor Tu  85.39 
 
 		 397 aa  716    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.428976  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1084  elongation factor Tu  86.4 
 
 		 397 aa  681    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172914 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2661  translation elongation factor Tu  81.61 
 
 		 397 aa  672    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4509  translation elongation factor Tu  90.18 
 
 		 397 aa  713    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.936276  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20900  translation elongation factor 1A (EF-1A/EF-Tu)  83.84 
 
 		 397 aa  701    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.191388  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3466  translation elongation factor Tu  81.82 
 
 		 396 aa  675    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0246546  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1183  translation elongation factor Tu  82.62 
 
 		 397 aa  687    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.120688 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5122  translation elongation factor Tu  86.65 
 
 		 397 aa  718    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.821409 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1119  translation elongation factor Tu  82.12 
 
 		 396 aa  647    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0580  elongation factor Tu  100 
 
 		 397 aa  804    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.700966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10699  elongation factor Tu  82.37 
 
 		 396 aa  650    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1015  elongation factor Tu  82.37 
 
 		 396 aa  657    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.345465 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03960  translation elongation factor 1A (EF-1A/EF-Tu)  81.36 
 
 		 397 aa  681    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0924  translation elongation factor Tu  88.92 
 
 		 397 aa  709    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0489446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0585  translation elongation factor Tu  78.34 
 
 		 396 aa  650    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.344387  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3925  elongation factor Tu  84.89 
 
 		 397 aa  677    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3803  translation elongation factor Tu  81.86 
 
 		 396 aa  671    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.875507  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0625  translation elongation factor Tu  78.61 
 
 		 401 aa  645    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0987  elongation factor Tu  82.37 
 
 		 396 aa  657    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0685  elongation factor Tu  84.13 
 
 		 397 aa  672    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.731809 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0560  translation elongation factor Tu  82.87 
 
 		 397 aa  669    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4323  translation elongation factor Tu  84.63 
 
 		 397 aa  685    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3145  elongation factor Tu  81.06 
 
 		 396 aa  664    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2979  elongation factor Tu  79.35 
 
 		 396 aa  647    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.990994  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6616  translation elongation factor Tu  87.41 
 
 		 397 aa  697    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0304  elongation factor Tu  87.15 
 
 		 397 aa  713    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273769 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3922  elongation factor Tu  83.63 
 
 		 397 aa  696    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1005  elongation factor Tu  82.37 
 
 		 396 aa  657    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1282  elongation factor Tu  82.37 
 
 		 396 aa  678    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0674069  normal  0.99115 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5075  elongation factor Tu  81.86 
 
 		 396 aa  661    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.602594  normal  0.915347 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4317  elongation factor Tu  84.89 
 
 		 397 aa  674    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00391297 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2713  translation elongation factor Tu  76.57 
 
 		 395 aa  628  1e-179  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000152961  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0396  translation elongation factor Tu  79.85 
 
 		 395 aa  625  1e-178  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2722  elongation factor Tu  77.44 
 
 		 396 aa  623  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0752612  normal  0.841998 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2734  elongation factor Tu  77.44 
 
 		 396 aa  623  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102462 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0185  elongation factor Tu  75 
 
 		 394 aa  621  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000202802  normal  0.069078 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0197  elongation factor Tu  75 
 
 		 394 aa  621  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000214684  hitchhiker  0.0000000334083 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23870  translation elongation factor 1A (EF-1A/EF-Tu)  75.57 
 
 		 395 aa  623  1e-177  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1059  elongation factor Tu  74.94 
 
 		 396 aa  620  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0877336  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2374  elongation factor Tu  74.94 
 
 		 396 aa  620  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0185  elongation factor Tu  74.75 
 
 		 394 aa  619  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000201579  hitchhiker  0.00891044 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0180  elongation factor Tu  74.75 
 
 		 394 aa  619  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000449049  hitchhiker  0.00322221 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2183  translation elongation factor Tu  75.94 
 
 		 396 aa  617  1e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.557033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1932  elongation factor Tu  75.69 
 
 		 396 aa  614  1e-175  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1362  elongation factor Tu  76.19 
 
 		 396 aa  615  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.641297 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2326  elongation factor Tu  74.94 
 
 		 396 aa  617  1e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000632593  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2338  elongation factor Tu  74.94 
 
 		 396 aa  617  1e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000797106  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0309  translation elongation factor Tu  75.19 
 
 		 396 aa  615  1e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000161177  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2279  elongation factor Tu  75.69 
 
 		 396 aa  614  1e-175  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2017  elongation factor Tu  75.69 
 
 		 396 aa  614  1e-175  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0321  translation elongation factor Tu  75.19 
 
 		 396 aa  614  1e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000705932  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0495  elongation factor Tu  74.56 
 
 		 394 aa  616  1e-175  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2367  elongation factor Tu  75.69 
 
 		 396 aa  614  1e-175  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.709055  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0872  elongation factor Tu  75.63 
 
 		 396 aa  614  1e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08650  translation elongation factor 1A (EF-1A/EF-Tu)  72.52 
 
 		 400 aa  616  1e-175  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000915749  hitchhiker  0.000000299529 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2171  translation elongation factor Tu  75.94 
 
 		 396 aa  617  1e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00686859  normal  0.373473 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0217  elongation factor Tu  75 
 
 		 394 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0229  elongation factor Tu  75 
 
 		 394 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01010  elongation factor Tu  75 
 
 		 397 aa  613  9.999999999999999e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000907786  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0355  elongation factor Tu  76.83 
 
 		 396 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.967159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01150  elongation factor Tu  75 
 
 		 397 aa  613  9.999999999999999e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.58645e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2266  elongation factor Tu  75.94 
 
 		 396 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2293  elongation factor Tu  75.94 
 
 		 396 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.404032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2776  translation elongation factor Tu  75.63 
 
 		 397 aa  614  9.999999999999999e-175  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.105082  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3186  elongation factor Tu  76.19 
 
 		 396 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3204  elongation factor Tu  76.19 
 
 		 396 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2788  translation elongation factor Tu  75.25 
 
 		 397 aa  613  9.999999999999999e-175  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.117991  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1906  elongation factor Tu  76.57 
 
 		 396 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00245882  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1892  elongation factor Tu  76.57 
 
 		 396 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0860  elongation factor Tu  75.19 
 
 		 396 aa  613  9.999999999999999e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.412967  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0440  elongation factor Tu  72.89 
 
 		 399 aa  613  9.999999999999999e-175  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000285931  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0371  elongation factor Tu  76.83 
 
 		 396 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.299108 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03190  protein chain elongation factor EF-Tu (duplicate of tufB)  78.03 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00381408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03856  protein chain elongation factor EF-Tu (duplicate of tufA)  77.83 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000229508  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0374  translation elongation factor Tu  78.03 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155333  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4213  elongation factor Tu  77.83 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  7.910989999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3669  elongation factor Tu  75.69 
 
 		 396 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0401  elongation factor Tu  78.28 
 
 		 394 aa  610  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000273455  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06090  elongation factor Tu  74.5 
 
 		 397 aa  610  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.878067  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3738  elongation factor Tu  78.28 
 
 		 394 aa  610  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00744191  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0166  elongation factor Tu  73.07 
 
 		 399 aa  608  1e-173  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000496784  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3808  elongation factor Tu  78.03 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000017346  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0173  elongation factor Tu  73.07 
 
 		 399 aa  608  1e-173  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000168704  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03141  hypothetical protein  78.03 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3450  elongation factor Tu  75.69 
 
 		 396 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.939477 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1543  elongation factor Tu  75.69 
 
 		 396 aa  610  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1224  elongation factor Tu  74.24 
 
 		 395 aa  608  1e-173  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000327734  unclonable  0.0000129395 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4684  elongation factor Tu  74.24 
 
 		 395 aa  608  1e-173  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000125263  normal  0.0270964 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3535  elongation factor Tu  78.03 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000296499  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3620  elongation factor Tu  78.03 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000372822  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4428  elongation factor Tu  77.83 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000375004  hitchhiker  0.00000974336 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06230  elongation factor Tu  74.5 
 
 		 397 aa  610  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.141067  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17200  elongation factor Tu  77.83 
 
 		 396 aa  607  1e-173  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.232418  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1325  elongation factor Tu  72.57 
 
 		 399 aa  609  1e-173  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000100394  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3713  elongation factor Tu  78.03 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000994167  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4468  elongation factor Tu  77.83 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000722056  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3703  elongation factor Tu  75.69 
 
 		 396 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>