More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2413 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_2747  DNA repair protein RecN  67.09 
 
 		 549 aa  646    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2413  DNA repair protein  100 
 
 		 553 aa  1056    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00688711  normal  0.675409 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0692  DNA repair protein RecN  66.42 
 
 		 549 aa  632  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0261152  decreased coverage  0.000301908 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0793  DNA repair protein RecN  67.53 
 
 		 546 aa  627  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.628008 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2118  DNA repair protein RecN  67.71 
 
 		 546 aa  624  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.513575  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0703  DNA repair protein RecN  67.78 
 
 		 546 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4484  DNA repair protein RecN  67.39 
 
 		 547 aa  602  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0331  DNA repair protein RecN  50.44 
 
 		 565 aa  442  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2347  DNA repair protein RecN  51.84 
 
 		 557 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.724371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6694  DNA repair protein RecN  51.75 
 
 		 557 aa  425  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.478556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3497  DNA repair protein RecN  48.48 
 
 		 553 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.185224 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2879  DNA repair protein RecN  47.71 
 
 		 557 aa  424  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3295  DNA repair protein RecN  48.31 
 
 		 561 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2431  DNA repair protein RecN  52.51 
 
 		 557 aa  425  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2071  DNA repair protein RecN  46.34 
 
 		 557 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240609  hitchhiker  0.00158855 
 
 
-
 
NC_004310  BR1421  DNA repair protein RecN  48.9 
 
 		 559 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.564129  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1377  DNA repair protein RecN  48.9 
 
 		 559 aa  418  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1061  DNA repair protein RecN  48.48 
 
 		 561 aa  412  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.73431 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4037  DNA repair protein RecN  49.11 
 
 		 562 aa  415  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2007  DNA repair protein RecN  47.87 
 
 		 561 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.518502 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2067  DNA repair protein RecN  50.09 
 
 		 565 aa  412  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.614381 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1289  DNA repair protein RecN  47.77 
 
 		 561 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2842  DNA repair protein RecN  46.8 
 
 		 557 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.049374  hitchhiker  0.0050611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6163  DNA repair protein RecN (recombination protein N)  48.65 
 
 		 557 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0430688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2583  DNA repair protein RecN  46.8 
 
 		 557 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0083659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3383  DNA repair protein RecN  48.05 
 
 		 561 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.342411  normal  0.0146677 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7433  DNA repair protein RecN  51.71 
 
 		 557 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.146948  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1753  DNA repair protein RecN  47.44 
 
 		 554 aa  398  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1998  DNA repair protein RecN  47.28 
 
 		 558 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4729  DNA repair protein RecN  51.53 
 
 		 553 aa  392  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.574204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2954  DNA repair protein RecN  50.9 
 
 		 566 aa  388  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0217727 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3180  DNA repair protein RecN  50.9 
 
 		 566 aa  385  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0938  DNA repair protein RecN  42.83 
 
 		 555 aa  383  1e-105  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000961269  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3137  DNA repair protein RecN  50.45 
 
 		 565 aa  382  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.103261 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0940  DNA repair protein RecN  48.84 
 
 		 577 aa  377  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.693692  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0700  DNA repair protein RecN  47.83 
 
 		 554 aa  379  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.415077 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3161  DNA repair protein RecN  45.01 
 
 		 570 aa  373  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.957491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1736  DNA repair protein RecN  46.42 
 
 		 554 aa  357  1.9999999999999998e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0149698  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0546  DNA repair protein RecN  49.91 
 
 		 556 aa  329  9e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.419857 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0756  DNA repair protein RecN  47.58 
 
 		 559 aa  327  5e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3099  DNA repair protein RecN  44.4 
 
 		 564 aa  322  8e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.545519  normal  0.794323 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3364  DNA repair protein RecN  37.25 
 
 		 559 aa  319  7e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.276138  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1763  DNA repair protein RecN  38.06 
 
 		 560 aa  318  2e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137867  normal  0.0495571 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1191  DNA repair protein RecN  38.42 
 
 		 559 aa  317  4e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1904  DNA repair protein RecN  40.6 
 
 		 564 aa  306  5.0000000000000004e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1774  DNA repair protein RecN  36.87 
 
 		 556 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1446  DNA repair protein RecN  33.57 
 
 		 556 aa  305  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000211173  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1385  DNA repair protein  33.57 
 
 		 608 aa  305  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276871  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2475  recombination and repair protein  33.75 
 
 		 565 aa  304  3.0000000000000004e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1178  DNA repair protein RecN  35.11 
 
 		 559 aa  303  7.000000000000001e-81  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000946399  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1170  recombination and repair protein  35.74 
 
 		 552 aa  301  3e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1480  DNA repair protein RecN  39.36 
 
 		 556 aa  300  5e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1104  recombination and repair protein  35.56 
 
 		 552 aa  299  7e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.562592 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004296  DNA repair protein RecN  34.54 
 
 		 554 aa  299  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.782069  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1281  recombination and repair protein  34.29 
 
 		 553 aa  298  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000117137 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1104  recombination and repair protein  35.38 
 
 		 552 aa  299  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239344  normal  0.154382 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1026  recombination and repair protein  36.53 
 
 		 554 aa  298  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01130  recombination and repair protein  34.72 
 
 		 554 aa  297  4e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1179  DNA repair and genetic recombination protein  33.15 
 
 		 556 aa  296  5e-79  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2735  alkylhydroperoxidase AhpD core  35.61 
 
 		 557 aa  296  7e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0271976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1196  recombination and repair protein  35.25 
 
 		 553 aa  296  9e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3462  recombination and repair protein  34.9 
 
 		 552 aa  295  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2771  recombination and repair protein  34.9 
 
 		 552 aa  294  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4507  DNA repair protein RecN  35.78 
 
 		 557 aa  294  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3096  DNA repair protein RecN  36.3 
 
 		 574 aa  294  3e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.155422 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0378  recombination and repair protein  34.34 
 
 		 554 aa  293  7e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.116911  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1475  DNA repair protein RecN  36.1 
 
 		 554 aa  292  8e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.460183  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3218  recombination and repair protein  34.36 
 
 		 553 aa  292  9e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3096  DNA repair protein RecN  36.46 
 
 		 557 aa  292  9e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1169  recombination and repair protein  34.48 
 
 		 553 aa  292  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3856  recombination and repair protein  35.01 
 
 		 553 aa  291  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00344363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2867  DNA repair protein RecN  31.83 
 
 		 579 aa  291  2e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3359  recombination and repair protein  34.24 
 
 		 553 aa  291  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0341558 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2768  recombination and repair protein  34.66 
 
 		 553 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00054696  normal  0.107417 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3298  recombination and repair protein  35.3 
 
 		 553 aa  291  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121559  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4197  DNA repair protein RecN  35.25 
 
 		 557 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1043  recombination and repair protein  35.55 
 
 		 552 aa  290  3e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1059  DNA repair protein RecN  35.01 
 
 		 553 aa  290  4e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0987529  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2900  recombination and repair protein  34.66 
 
 		 553 aa  290  4e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004413  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2774  recombination and repair protein  35.01 
 
 		 553 aa  290  4e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1068  recombination and repair protein  35.01 
 
 		 553 aa  290  4e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0569436  normal  0.137036 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01182  DNA repair protein RecN  37.59 
 
 		 554 aa  290  4e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.239665  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02504  recombination and repair protein  34.66 
 
 		 553 aa  290  6e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0788874  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02468  hypothetical protein  34.66 
 
 		 553 aa  290  6e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116899  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1714  DNA repair protein RecN  32.5 
 
 		 557 aa  289  8e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3096  recombination and repair protein  34.18 
 
 		 553 aa  289  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.316238  normal  0.467754 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3005  recombination and repair protein  35.42 
 
 		 553 aa  288  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658292  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0968  DNA repair protein RecN  36.51 
 
 		 567 aa  288  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.858596  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0998  DNA repair protein RecN  38.05 
 
 		 589 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3153  recombination and repair protein  34.72 
 
 		 552 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000145597  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1218  recombination and repair protein  34.72 
 
 		 552 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187963  normal  0.0934404 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3296  recombination and repair protein  34.72 
 
 		 552 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182341  decreased coverage  0.000158665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3151  recombination and repair protein  34.72 
 
 		 552 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0961248  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42990  DNA repair protein RecN  37.88 
 
 		 557 aa  286  5.999999999999999e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3011  recombination and repair protein  34.3 
 
 		 553 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4595  DNA repair protein RecN  36.76 
 
 		 557 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.202375 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5421  DNA repair protein RecN  37.46 
 
 		 591 aa  284  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3626  DNA repair protein RecN  36.35 
 
 		 558 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0456  DNA repair protein RecN  38.27 
 
 		 553 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2829  recombination and repair protein  34.3 
 
 		 553 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00407233  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>