More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2879 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR1421  DNA repair protein RecN  67.4 
 
 
559 aa  682    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.564129  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2842  DNA repair protein RecN  80.51 
 
 
557 aa  859    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.049374  hitchhiker  0.0050611 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2583  DNA repair protein RecN  80.33 
 
 
557 aa  854    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0083659  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1998  DNA repair protein RecN  68.17 
 
 
558 aa  685    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2071  DNA repair protein RecN  79.52 
 
 
557 aa  850    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240609  hitchhiker  0.00158855 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1753  DNA repair protein RecN  67.77 
 
 
554 aa  682    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2879  DNA repair protein RecN  100 
 
 
557 aa  1098    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1377  DNA repair protein RecN  67.4 
 
 
559 aa  684    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0938  DNA repair protein RecN  60.65 
 
 
555 aa  624  1e-177  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000961269  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4037  DNA repair protein RecN  61.9 
 
 
562 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2347  DNA repair protein RecN  60.48 
 
 
557 aa  615  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.724371 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0331  DNA repair protein RecN  59 
 
 
565 aa  617  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398153  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6694  DNA repair protein RecN  60.33 
 
 
557 aa  615  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.478556  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2007  DNA repair protein RecN  61.29 
 
 
561 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.518502 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1289  DNA repair protein RecN  59.32 
 
 
561 aa  605  9.999999999999999e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3295  DNA repair protein RecN  59.32 
 
 
561 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6163  DNA repair protein RecN (recombination protein N)  60.4 
 
 
557 aa  596  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0430688 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3383  DNA repair protein RecN  61.11 
 
 
561 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.342411  normal  0.0146677 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7433  DNA repair protein RecN  60.89 
 
 
557 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.146948  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3497  DNA repair protein RecN  57.69 
 
 
553 aa  585  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.185224 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1061  DNA repair protein RecN  58.6 
 
 
561 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.73431 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2954  DNA repair protein RecN  58.33 
 
 
566 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0217727 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3180  DNA repair protein RecN  58.33 
 
 
566 aa  570  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0700  DNA repair protein RecN  57.66 
 
 
554 aa  561  1.0000000000000001e-159  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.415077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3137  DNA repair protein RecN  57.53 
 
 
565 aa  559  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.103261 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2431  DNA repair protein RecN  53.48 
 
 
557 aa  493  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320289  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1736  DNA repair protein RecN  48.11 
 
 
554 aa  421  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0149698  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3161  DNA repair protein RecN  48.17 
 
 
570 aa  418  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.957491  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0793  DNA repair protein RecN  49.08 
 
 
546 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.628008 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2118  DNA repair protein RecN  48.9 
 
 
546 aa  405  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.513575  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4729  DNA repair protein RecN  48.29 
 
 
553 aa  401  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.574204  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0940  DNA repair protein RecN  48.34 
 
 
577 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.693692  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0692  DNA repair protein RecN  45.59 
 
 
549 aa  398  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0261152  decreased coverage  0.000301908 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2747  DNA repair protein RecN  44.86 
 
 
549 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0703  DNA repair protein RecN  48.35 
 
 
546 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4484  DNA repair protein RecN  47.56 
 
 
547 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2413  DNA repair protein  47.62 
 
 
553 aa  375  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00688711  normal  0.675409 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2067  DNA repair protein RecN  46.05 
 
 
565 aa  372  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.614381 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0756  DNA repair protein RecN  46.98 
 
 
559 aa  369  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0775  DNA repair protein RecN  39.18 
 
 
552 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000179189 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0546  DNA repair protein RecN  48.75 
 
 
556 aa  353  5e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.419857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3099  DNA repair protein RecN  44.48 
 
 
564 aa  347  2e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.545519  normal  0.794323 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5483  DNA repair protein RecN  38.52 
 
 
558 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.582199  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63010  DNA repair protein RecN  38.52 
 
 
558 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4197  DNA repair protein RecN  37.43 
 
 
557 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312426  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3364  DNA repair protein RecN  35.55 
 
 
559 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.276138  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1763  DNA repair protein RecN  39.05 
 
 
560 aa  328  1.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137867  normal  0.0495571 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3096  DNA repair protein RecN  37 
 
 
557 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1774  DNA repair protein RecN  38.37 
 
 
556 aa  327  5e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4507  DNA repair protein RecN  36.91 
 
 
557 aa  325  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1191  DNA repair protein RecN  36.09 
 
 
559 aa  323  3e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1480  DNA repair protein RecN  37.83 
 
 
556 aa  322  9.000000000000001e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2739  DNA repair protein recN  33.33 
 
 
555 aa  320  3e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2888  DNA repair protein RecN  38.49 
 
 
568 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2877  DNA repair protein recN  33.16 
 
 
555 aa  320  5e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2482  DNA repair protein RecN  38.31 
 
 
568 aa  319  7e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1026  recombination and repair protein  35.52 
 
 
554 aa  318  2e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4730  DNA repair protein RecN  37.99 
 
 
557 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46357  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1043  recombination and repair protein  33.81 
 
 
552 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0932  DNA repair protein RecN  39.32 
 
 
557 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.613915 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3626  DNA repair protein RecN  37.46 
 
 
558 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0998  DNA repair protein RecN  37.22 
 
 
589 aa  313  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4595  DNA repair protein RecN  37.61 
 
 
557 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.202375 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2735  alkylhydroperoxidase AhpD core  35.73 
 
 
557 aa  313  5.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0271976  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42990  DNA repair protein RecN  37.17 
 
 
557 aa  313  5.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4729  DNA repair protein RecN  37.61 
 
 
557 aa  313  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00366375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3359  recombination and repair protein  34.46 
 
 
553 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0341558 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1196  recombination and repair protein  33.99 
 
 
553 aa  311  1e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2421  DNA repair protein RecN  35.93 
 
 
563 aa  311  2e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.955613  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1034  DNA repair protein RecN  37.77 
 
 
576 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0761  DNA repair protein RecN  37.1 
 
 
557 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345087  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0703  DNA repair protein RecN  37.63 
 
 
557 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.926549  hitchhiker  0.000359109 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2651  DNA repair protein  38.1 
 
 
569 aa  310  5e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.829393  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0903  DNA repair protein RecN  36.65 
 
 
554 aa  310  5e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3462  recombination and repair protein  34.53 
 
 
552 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1281  recombination and repair protein  33.93 
 
 
553 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000117137 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1104  recombination and repair protein  34.4 
 
 
552 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239344  normal  0.154382 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1104  recombination and repair protein  34.7 
 
 
552 aa  309  8e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.562592 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0950  DNA repair protein RecN  32.29 
 
 
579 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0157368  hitchhiker  0.0000335441 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0832  DNA repair protein RecN  36.83 
 
 
554 aa  309  1.0000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.013795  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4026  DNA repair protein RecN  32.46 
 
 
579 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0028037  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1170  recombination and repair protein  34.4 
 
 
552 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1385  DNA repair protein  32.09 
 
 
608 aa  308  1.0000000000000001e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1151  recombination and repair protein  34.86 
 
 
554 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.901201  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1446  DNA repair protein RecN  32.26 
 
 
556 aa  308  2.0000000000000002e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000211173  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2976  recombination and repair protein  33.33 
 
 
553 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0819489  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4304  DNA repair protein RecN  32.46 
 
 
579 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000470862  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1376  recombination and repair protein  33.33 
 
 
553 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100313  normal  0.0248594 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3011  recombination and repair protein  33.93 
 
 
553 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4246  DNA repair protein RecN  32.29 
 
 
583 aa  307  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00786878  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0866  DNA repair protein RecN  34.29 
 
 
555 aa  307  4.0000000000000004e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3856  recombination and repair protein  33.27 
 
 
553 aa  307  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00344363  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2879  recombination and repair protein  33.93 
 
 
553 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.158329 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2897  recombination and repair protein  33.93 
 
 
553 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0378  recombination and repair protein  33.33 
 
 
554 aa  306  5.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.116911  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2829  recombination and repair protein  33.93 
 
 
553 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00407233  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2899  recombination and repair protein  33.93 
 
 
553 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2889  recombination and repair protein  33.33 
 
 
553 aa  306  5.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000988342  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4284  DNA repair protein RecN  32.29 
 
 
579 aa  306  6e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0425411  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3096  recombination and repair protein  33.03 
 
 
553 aa  306  7e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.316238  normal  0.467754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>