More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2768 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2768  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  100 
 
 
417 aa  844    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  35.55 
 
 
376 aa  203  4e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.09 
 
 
404 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
404 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
376 aa  159  7e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
404 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
381 aa  155  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  28.71 
 
 
386 aa  155  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
402 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
378 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
384 aa  147  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
394 aa  143  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
375 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
371 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
374 aa  140  4.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
398 aa  140  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
419 aa  140  6e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
399 aa  139  8.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 
380 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
381 aa  136  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 
375 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
390 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
370 aa  132  9e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
370 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
369 aa  129  9.000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  24.86 
 
 
392 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1469  extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
370 aa  124  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000103418  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
396 aa  122  9e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.58 
 
 
396 aa  121  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
387 aa  117  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
405 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
376 aa  113  5e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
388 aa  109  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
387 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
392 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1111  branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  21.75 
 
 
371 aa  108  2e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
380 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
384 aa  107  3e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.37 
 
 
395 aa  107  6e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
397 aa  106  9e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  25.68 
 
 
383 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
395 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
375 aa  103  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
393 aa  103  8e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
381 aa  103  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
378 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  26.64 
 
 
389 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
378 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
378 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 
389 aa  100  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.67 
 
 
428 aa  100  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
392 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
392 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
393 aa  99.4  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
392 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.48 
 
 
388 aa  98.6  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
371 aa  98.2  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 
398 aa  97.8  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  23.12 
 
 
336 aa  97.4  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
378 aa  97.1  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
401 aa  96.7  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1490  Extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000299787  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
399 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 
393 aa  95.5  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.84 
 
 
399 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1110  branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.83 
 
 
370 aa  95.5  2e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0399  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  23.08 
 
 
372 aa  94.7  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
382 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
377 aa  93.6  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.87 
 
 
467 aa  93.6  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1037  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.93 
 
 
369 aa  93.2  7e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.148346  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1162  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.93 
 
 
369 aa  93.2  7e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.438916  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  22.39 
 
 
382 aa  93.2  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
461 aa  92.8  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
382 aa  92.8  9e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
461 aa  92.8  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1163  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.26 
 
 
371 aa  92.4  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.860982  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0770  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.64 
 
 
369 aa  92.4  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.132066  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1038  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.26 
 
 
371 aa  92.4  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0869251  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 
460 aa  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  23.01 
 
 
384 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2331  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
377 aa  91.7  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3084  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
386 aa  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0552294  normal  0.474312 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  24.7 
 
 
382 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.37 
 
 
380 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.7 
 
 
382 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4969  extracellular ligand-binding receptor  24.49 
 
 
371 aa  91.3  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.935688  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  24.37 
 
 
372 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.7 
 
 
382 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.7 
 
 
382 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.7 
 
 
382 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.37 
 
 
380 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.37 
 
 
380 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  22.37 
 
 
399 aa  91.3  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
375 aa  91.3  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>