More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1783 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1783  50S ribosomal protein L13  100 
 
 		 145 aa  293  5e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000118025  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0794  50S ribosomal protein L13  75.52 
 
 		 144 aa  235  2e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000346357  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0211  50S ribosomal protein L13  71.63 
 
 		 142 aa  210  4.9999999999999996e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000131451  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0901  50S ribosomal protein L13  70.21 
 
 		 143 aa  209  1e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000118039  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0229  50S ribosomal protein L13  70.42 
 
 		 143 aa  203  5e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000356517  normal  0.82089 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2070  50S ribosomal protein L13  70.21 
 
 		 142 aa  202  1e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000721803  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0256  50S ribosomal protein L13  66.91 
 
 		 143 aa  201  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000758972  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2679  50S ribosomal protein L13  68.09 
 
 		 144 aa  199  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200743  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2364  50S ribosomal protein L13  68.09 
 
 		 144 aa  199  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000697609  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2298  50S ribosomal protein L13  65.96 
 
 		 144 aa  198  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000160952  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0144  50S ribosomal protein L13  67.13 
 
 		 145 aa  195  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000514694  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0140  50S ribosomal protein L13  67.83 
 
 		 145 aa  196  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0292  50S ribosomal protein L13  63.83 
 
 		 142 aa  194  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000415233  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0299  50S ribosomal protein L13  63.83 
 
 		 142 aa  194  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000151129  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2789  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  194  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000137696  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  65.25 
 
 		 142 aa  193  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000333795  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3797  50S ribosomal protein L13  63.83 
 
 		 142 aa  193  6e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000189229  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3545  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  193  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.43146e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  65.25 
 
 		 142 aa  193  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000152627  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  67.86 
 
 		 142 aa  192  9e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  67.86 
 
 		 142 aa  192  9e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000118525  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5005  50S ribosomal protein L13  61.7 
 
 		 142 aa  192  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00170298  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3639  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0081105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  61.7 
 
 		 142 aa  192  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03091  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000630317  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0475  ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000038374  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3537  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000244686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4548  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000032614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3420  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.0043600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3527  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000295186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3608  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000171486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2015  50S ribosomal protein L13  66.2 
 
 		 150 aa  191  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.624053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1346  50S ribosomal protein L13  65.03 
 
 		 149 aa  192  2e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000278561  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03042  hypothetical protein  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000311613  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1340  50S ribosomal protein L13  65.03 
 
 		 149 aa  192  2e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100491  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3643  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000310969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00881  50S ribosomal protein L13  64.54 
 
 		 142 aa  191  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0475  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000136634  normal  0.174588 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000482392  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3536  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000942951  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3705  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000756717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1134  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2355  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 149 aa  191  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.310176  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4349  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000122799  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0524  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0459  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  191  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000127467  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1812  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 		 149 aa  191  4e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.181539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0320  ribosomal protein L13  66.42 
 
 		 148 aa  191  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2206  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 151 aa  190  6e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3666  50S ribosomal protein L13  63.83 
 
 		 142 aa  190  7e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000138225  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  190  7e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000158843  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0726  50S ribosomal protein L13  64.29 
 
 		 143 aa  189  8e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000578919  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  63.83 
 
 		 142 aa  189  8e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123224  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  189  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  189  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  189  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4284  ribosomal protein L13  64.08 
 
 		 147 aa  189  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  189  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2664  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  188  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000266621  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004511  LSU ribosomal protein L13p (L13Ae)  63.12 
 
 		 142 aa  187  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000254571  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1650  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 		 151 aa  188  2.9999999999999997e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  187  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111952  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3360  50S ribosomal protein L13  63.12 
 
 		 142 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000892865  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  187  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000518641  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0422  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 		 149 aa  187  4e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00538272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3269  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000128707  hitchhiker  0.00000918521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0678  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000445483  hitchhiker  0.000251831 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  decreased coverage  0.00000194665 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2877  50S ribosomal protein L13  60.99 
 
 		 142 aa  187  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114707  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  60.28 
 
 		 142 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  60.28 
 
 		 142 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  60.28 
 
 		 142 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  60.28 
 
 		 142 aa  186  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  61.7 
 
 		 142 aa  187  5.999999999999999e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  59.57 
 
 		 142 aa  186  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2614  50S ribosomal protein L13  64.08 
 
 		 149 aa  186  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.784186  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  60.28 
 
 		 142 aa  186  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0747  50S ribosomal protein L13  61.54 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000197035  normal  0.0408198 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3595  50S ribosomal protein L13  60.84 
 
 		 143 aa  186  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000249881  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3628  50S ribosomal protein L13  60.99 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000132589  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2762  50S ribosomal protein L13  61.7 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2635  50S ribosomal protein L13  60.99 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  58.87 
 
 		 142 aa  185  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2425  50S ribosomal protein L13  62.86 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000419018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  62.41 
 
 		 142 aa  185  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000271958  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4222  50S ribosomal protein L13  61.54 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000936521  hitchhiker  0.00032903 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5158  ribosomal protein L13  62.68 
 
 		 149 aa  184  3e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.282835 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0222  50S ribosomal protein L13  61.38 
 
 		 151 aa  184  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0145687  normal  0.0118859 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0137  50S ribosomal protein L13  62.94 
 
 		 145 aa  184  3e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000751399  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0225  50S ribosomal protein L13  61.38 
 
 		 151 aa  184  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1014  50S ribosomal protein L13  64.54 
 
 		 142 aa  184  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00728449  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1451  50S ribosomal protein L13  63.19 
 
 		 147 aa  184  5e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158182  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0401  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 149 aa  184  5e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3294  50S ribosomal protein L13  60.84 
 
 		 143 aa  184  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000182384  hitchhiker  0.00115677 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0922  50S ribosomal protein L13  61.43 
 
 		 147 aa  183  6e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2994  50S ribosomal protein L13  61.31 
 
 		 143 aa  183  7e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.348957  hitchhiker  0.00829551 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  61.7 
 
 		 142 aa  183  8e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 142 aa  182  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0341  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 		 147 aa  182  1.0000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0522563  hitchhiker  0.00384234 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>