More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6221 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6221  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 282 aa  555  1e-157  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5901  transcriptional regulator, LysR family  43.57 
 
 		 279 aa  198  9e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0856  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287687  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5127  transcriptional regulator, LysR family  41.49 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3228  transcriptional regulator, LysR family  40.79 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.493428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3900  transcriptional regulator, LysR family  39.92 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2452  transcriptional regulator, LysR family  42.7 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.429303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3307  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3491  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3529  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.741174 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4893  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 280 aa  115  6.9999999999999995e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0696189  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  32.19 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  38.24 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4518  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.18 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1102  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.8 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.8 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.8 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.8 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 299 aa  102  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 299 aa  102  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  102  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.8 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 323 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  38.22 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 329 aa  100  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 296 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  29.19 
 
 		 299 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  29.19 
 
 		 299 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  29.19 
 
 		 299 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  29.19 
 
 		 299 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  33.68 
 
 		 330 aa  99.8  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  29.19 
 
 		 299 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 294 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 316 aa  99.4  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 300 aa  98.6  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 294 aa  98.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  28.18 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.18 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.18 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.18 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  34.43 
 
 		 331 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.18 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.18 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  28.18 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  34.78 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  34.78 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  34.78 
 
 		 329 aa  97.1  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  34.78 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 337 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.45 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2980  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.932772 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  34.08 
 
 		 337 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 297 aa  96.3  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 307 aa  96.3  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 296 aa  95.9  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 299 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>