More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1879 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1879  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 177 aa  355  2.9999999999999997e-97  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0286424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  98.3 
 
 		 333 aa  348  3e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  46.82 
 
 		 355 aa  157  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.66 
 
 		 336 aa  147  9e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  41.38 
 
 		 325 aa  136  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.63 
 
 		 346 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.05 
 
 		 346 aa  134  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  35.84 
 
 		 346 aa  134  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  36.42 
 
 		 343 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  36.42 
 
 		 343 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  36.42 
 
 		 343 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  36.42 
 
 		 343 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  36.63 
 
 		 346 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  35.84 
 
 		 343 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  45.62 
 
 		 335 aa  132  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.63 
 
 		 347 aa  131  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 340 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  35.26 
 
 		 340 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  35.26 
 
 		 340 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  39.31 
 
 		 333 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  36.99 
 
 		 330 aa  129  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  37.71 
 
 		 338 aa  129  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 340 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6362  transcriptional regulator, LacI family  40.57 
 
 		 349 aa  128  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  37.79 
 
 		 339 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  36.57 
 
 		 337 aa  127  6e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 343 aa  127  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 343 aa  127  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 343 aa  127  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  41.28 
 
 		 340 aa  127  7.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  42.68 
 
 		 324 aa  127  7.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1220  transcriptional regulator, LacI family  36.72 
 
 		 376 aa  127  8.000000000000001e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.485348 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  34.86 
 
 		 349 aa  127  8.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  36.99 
 
 		 338 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 343 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 		 340 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 343 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  36.21 
 
 		 348 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 343 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1780  sucrose operon repressor  41.71 
 
 		 330 aa  126  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000248781 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 343 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  37.21 
 
 		 334 aa  125  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  42.58 
 
 		 345 aa  125  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3944  transcriptional regulator, LacI family  39.87 
 
 		 346 aa  125  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.912483  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  39.07 
 
 		 336 aa  124  6e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  35.8 
 
 		 340 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  36.18 
 
 		 344 aa  124  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  34.86 
 
 		 346 aa  123  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.63 
 
 		 332 aa  122  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3761  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.29 
 
 		 338 aa  122  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.193562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 336 aa  122  4e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 		 342 aa  121  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  40.83 
 
 		 338 aa  121  5e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  35.26 
 
 		 337 aa  120  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.73 
 
 		 333 aa  120  7e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  38.73 
 
 		 333 aa  121  7e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  35.26 
 
 		 337 aa  120  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  36.05 
 
 		 338 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  36.99 
 
 		 333 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  33.15 
 
 		 353 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.73 
 
 		 337 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  39.47 
 
 		 347 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3632  transcriptional regulator, LacI family  43.14 
 
 		 340 aa  119  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 346 aa  119  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  35.06 
 
 		 332 aa  119  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  41.38 
 
 		 336 aa  119  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 329 aa  119  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  36.42 
 
 		 333 aa  118  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 333 aa  118  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  36.42 
 
 		 333 aa  118  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 333 aa  118  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  36.21 
 
 		 331 aa  118  6e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  36.99 
 
 		 334 aa  117  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.47 
 
 		 352 aa  117  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 341 aa  117  7e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  37.32 
 
 		 334 aa  117  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  36.93 
 
 		 337 aa  117  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  36.99 
 
 		 332 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 		 326 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0759  transcriptional regulator, LacI family  34.1 
 
 		 354 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.153259 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.06 
 
 		 337 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  36.05 
 
 		 333 aa  115  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  40.41 
 
 		 360 aa  115  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  40.13 
 
 		 334 aa  115  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 354 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  36.42 
 
 		 337 aa  114  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 		 339 aa  114  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4042  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.6 
 
 		 338 aa  114  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0300  transcriptional regulator, LacI family  34.68 
 
 		 339 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.742054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  35.03 
 
 		 337 aa  114  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  42.29 
 
 		 336 aa  114  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0271  transcriptional regulator, LacI family  34.68 
 
 		 342 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.96 
 
 		 334 aa  114  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.311643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.72 
 
 		 356 aa  114  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  35.5 
 
 		 336 aa  114  8.999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  44.59 
 
 		 344 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  37.57 
 
 		 323 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6517  putative transcriptional regulator, LacI family protein  31.43 
 
 		 332 aa  113  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  37.57 
 
 		 323 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 327 aa  113  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>