More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2481 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2481  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 337 aa  691    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596122 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.16 
 
 		 343 aa  399  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4846  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.52 
 
 		 340 aa  378  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50 
 
 		 345 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.549737  normal  0.637375 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0975  transcriptional regulator  48.82 
 
 		 344 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.400141  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5477  transcriptional regulator, LacI family  48.26 
 
 		 344 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.225917 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5214  transcriptional regulator, LacI family  47.67 
 
 		 344 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.657938 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.44 
 
 		 346 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.136757  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2901  LacI family transcription regulator  45.43 
 
 		 343 aa  310  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244378  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0432  LacI family transcription regulator  45.59 
 
 		 343 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3105  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  240  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0253563  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.37 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  29.24 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.85 
 
 		 335 aa  129  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  28.91 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  28.44 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.36 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.96 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  28.36 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  28.96 
 
 		 335 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.16 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  28.87 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  28.87 
 
 		 343 aa  123  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  27.76 
 
 		 340 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  28.87 
 
 		 343 aa  123  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  28.87 
 
 		 343 aa  123  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 342 aa  123  5e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  28.27 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.53 
 
 		 347 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.53 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  26.73 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  27.43 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  28.87 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  28.87 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  28.2 
 
 		 353 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.53 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.94 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  30.27 
 
 		 357 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  29.17 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13230  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.161567  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  28.86 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.49 
 
 		 342 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  28.92 
 
 		 346 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  28.32 
 
 		 346 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 331 aa  116  5e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  28.24 
 
 		 337 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 346 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  26.39 
 
 		 386 aa  115  8.999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  26.74 
 
 		 327 aa  115  8.999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  25 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  28.02 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 341 aa  115  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  27.27 
 
 		 348 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  26.9 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  29.6 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  24.78 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 350 aa  113  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  27.38 
 
 		 334 aa  113  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  28.66 
 
 		 336 aa  113  6e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  26.88 
 
 		 344 aa  112  9e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0519  LacI family transcription regulator  27.07 
 
 		 334 aa  112  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.94 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  27.94 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  27.94 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.94 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.94 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.94 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.94 
 
 		 343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.94 
 
 		 343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  25.89 
 
 		 341 aa  111  1.0000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  26.25 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.02 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  24.78 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  26.39 
 
 		 333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0593  transcriptional regulator, LacI family  26.38 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3571  transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.8 
 
 		 342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4618  regulatory protein LacI  27.46 
 
 		 332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.784708  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  26.74 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.8 
 
 		 342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  28.49 
 
 		 332 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  27.3 
 
 		 338 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  28.06 
 
 		 332 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  25.37 
 
 		 336 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  26.93 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  26.93 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  28.53 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  28.37 
 
 		 347 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  27.91 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>