More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4846 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4846  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  699    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.1 
 
 		 343 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2901  LacI family transcription regulator  54.65 
 
 		 343 aa  384  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244378  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2481  LacI family transcription regulator  52.52 
 
 		 337 aa  378  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596122 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0432  LacI family transcription regulator  53.62 
 
 		 343 aa  378  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0975  transcriptional regulator  52.75 
 
 		 344 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.400141  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.44 
 
 		 345 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.549737  normal  0.637375 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.84 
 
 		 346 aa  319  5e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.136757  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5214  transcriptional regulator, LacI family  47.38 
 
 		 344 aa  316  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.657938 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5477  transcriptional regulator, LacI family  47.09 
 
 		 344 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.225917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3105  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.98 
 
 		 334 aa  245  9e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0253563  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  30.29 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  30.29 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  30.29 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  30.29 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.88 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.87 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.23 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.88 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31.38 
 
 		 338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  29.67 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.67 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  29.59 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.83 
 
 		 342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.84 
 
 		 338 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  29.62 
 
 		 343 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  29.62 
 
 		 343 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  29.62 
 
 		 343 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  29.62 
 
 		 343 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  29.5 
 
 		 343 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  30.03 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  30.03 
 
 		 332 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  31.08 
 
 		 346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  28.75 
 
 		 334 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.63 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.68 
 
 		 353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.38 
 
 		 347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  30.5 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  29.67 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  29.77 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  29.41 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  29.73 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 		 386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  29.38 
 
 		 338 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 346 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  27.91 
 
 		 337 aa  126  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.99 
 
 		 335 aa  126  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  29.79 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.97 
 
 		 352 aa  125  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  30.21 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  30.06 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.53 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  28.82 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  29.46 
 
 		 337 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  28.53 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  28.53 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.43 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  29.77 
 
 		 336 aa  123  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  29.53 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.49 
 
 		 340 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.37 
 
 		 347 aa  123  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.48 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.48 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.48 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.48 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.48 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  31.58 
 
 		 340 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  28.1 
 
 		 343 aa  122  9e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.4 
 
 		 331 aa  122  9e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  28.82 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  31.55 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  28.53 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.84 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  28.4 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  28.24 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  28.24 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  29.58 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.08 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1024  LacI family transcription regulator  27.91 
 
 		 342 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.61 
 
 		 347 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 340 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6389  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  25.45 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  28.28 
 
 		 346 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.9 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.09 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.86 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  27.83 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  27.7 
 
 		 336 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  28.65 
 
 		 346 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  30.69 
 
 		 340 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.77 
 
 		 330 aa  116  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.03 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  28.03 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.03 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  28.03 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.03 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.03 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>